×
安德烈亚·索菲亚·特谢拉；弗朗西斯科·费尔南德斯；亚历山大·P·弗朗西斯科。

拼接TAPyR–一种有效的转录组比对方法。 （英语） Zbl 1415.92140号

发现的国际期刊。计算。科学。 29，第8期，1297-1310（2018）.
概述：RNA-Seq是一种下一代测序（NGS）协议，用于对细胞中信使RNA进行测序，并在一次运行中生成数百万个短序列片段。这些读数可用于测量基因表达水平和识别新的基因剪接变体。RNA-Seq实验的关键步骤之一是将NGS读数映射到参考基因组。因为RNA-Seq读取可以跨越基因组中的多个外显子，所以这项任务具有挑战性。在过去的十年里，出现了用于RNA-Seq比对的工具，但大多数都分为两个阶段。首先，管道只映射引用中有直接匹配的读取，其余的被保留为初始未映射的读取。然后，他们使用基于启发式的方法、聚类甚至注释来决定在哪里对齐后者。这项工作为转录组比对问题提供了一个有效的计算解决方案，命名为SpliceTAPyR。它识别剪接连接的信号，并依靠压缩全文索引方法和简洁的数据结构在单个阶段有效地对齐RNA-Seq读取。通过这种方式，它可以实现与其他工具相同或更好的准确性，同时对最具竞争力的工具使用的内存和时间也少得多。

MSC公司：

92D20型 蛋白质序列，DNA序列
68瓦32 字符串上的算法

关键词：

转录组；RNA-Seq号；下一代测序；序列比对；拼接接头

软件：

MapSplice（贴图拼接）；STAR公司；顶帽；布瓦
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{A.S.Teixeira}等人，国际期刊发现。计算。科学。29，第8号，1297--1310（2018；Zbl 1415.92140）
全文： DOI程序

参考文献：

[1] Adams，M.等人，《互补DNA测序：表达序列标签和人类基因组计划》，《科学》252（5013）（1991）1651-1656。
[2] Baruzzo，G.等人，《基于模拟的RNA-seq对准器综合基准测试》，《自然方法》（2016）。
[3] Bentley，D.R.等人，《使用可逆终止剂化学进行准确的全人类基因组测序》，《自然》456（7218）（2008）53-59。
[4] Brown，P.O.和Botstein，D.，《用DNA微阵列探索基因组的新世界》，《自然遗传学》21（1999）33-37。
[5] M.Burrows和D.Wheeler，块排序无损数据压缩算法，数字SRC研究报告，Citeseer（1994）。
[6] Burset，M.、Seledtsov，I.和Solovyev，V.，《哺乳动物基因组中典型和非典型剪接位点的分析》，《核酸研究》28（21）（2000）4364-4375。
[7] Dobin，A.等人，《Star:超快速通用RNA-seq对准器》，《生物信息学》29（1）（2013）15-21。
[8] Engström，P.G.等人，《RNA-seq数据拼接比对程序的系统评估》，《自然方法》10（12）（2013）1185-1191。
[9] Fernandes，F.等人，用于重新测序应用的焦磷酸测序读数的有效比对，BMC生物信息12（1）（2011），第163页。
[10] Ferragina，P.和Manzini，G.，机会主义数据结构及其应用，计算机科学基础，2000年。诉讼程序。第41届年会，IEEE（2000），第390-398页。
[11] Ferragina，P.等人，序列和全文索引的压缩表示，ACM算法事务（TALG）3（2）（2007），第20页·Zbl 1321.68263号
[12] Fonseca，N.A.等人，《高通量测序数据映射工具》，生物信息学（2012），p.bts605。
[13] Langmead，B.等人，《短DNA序列与人类基因组的超快和记忆效率比对》，《基因组生物学》10（3）（2009年），第R25页。
[14] Li，H.和Durbin，R.，使用Burrows-Wheeler变换进行快速准确的短读对齐，生物信息学25（14）（2009）1754-1760。
[15] Manber，U.和Myers，G.，《后缀数组：在线字符串搜索的新方法》，《暹罗计算杂志》22（5）（1993）935-948·Zbl 0784.68027号
[16] Margulies，M.等人，《微细加工高密度微石反应器中的基因组测序》，《自然》437（7057）（2005）376-380。
[17] Needleman，S.B.和Wunsch，C.D.，《适用于搜索两种蛋白质氨基酸序列相似性的通用方法》，《分子生物学杂志》48（3）（1970）443-453。
[18] Rothberg，J.M.等人，《实现非光学基因组测序的集成半导体设备》，Nature475（7356）（2011）348-352。
[19] Sanger，F.、Nicklen，S.和Coulson，A.，用链终止抑制剂进行DNA测序，74（12）（1977）5463-5467。
[20] Trapnell，C.、Pachter，L.和Salzberg，S.L.，《Tophat：发现RNA-seq的剪接连接》，《生物信息学》25（9）（2009）1105-1111。
[21] Wang，K.et al.，Mapsplice:RNA-seq读数的精确映射，用于剪接连接发现，核酸研究（2010年），第gkq622页。
[22] Wang，Z.、Gerstein，M.和Snyder，M.，RNA-seq:转录组学的革命性工具，《自然评论遗传学》10（1）（2009）57-63。
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。