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陈，肖;彭庆科;韩立斌;钟、陶;徐涛

一种基于超图划分的有效单倍型组装算法。 （英文） Zbl 1412.92193号

J.西奥。生物。 358, 85-92 (2014).
摘要：单倍型组装问题已被证明是复杂的。启发式算法是解决问题的主要方法。当SNP片段无错误时，这些算法表现良好，但当错误率增加时，它们的准确性较差。片段错误导致的复杂关系是组装准确单倍型的主要障碍。因此，对复杂关系进行建模是解决问题的关键。在本研究中，我们使用超图分割公式对单倍型组装问题进行建模，并提出一种新的方法，称为HGHap（基于超图的单倍型装配方法）。HGHap分两个阶段处理单倍型组装问题。在第一阶段，构建一个超图，其中每个顶点对应于一个片段，并且顶点被多重连接以形成超边。在第二阶段，使用超图分割算法获得两组片段来构建单倍型。超边捕获片段之间的高阶关系，以便于后续分割。我们的结果表明，该方法在大多数情况下都优于其他方法，尤其是在错误率较高的情况下。

MSC公司：

92D10型 遗传学和表观遗传学
05C90年 图论的应用

关键词：

计算生物学;单个体单倍型;共享最近的邻居;单核苷酸多态性

软件：

HapCUT公司;iCDI-PseFpt公司;iNuc-PseKNC;信号-CF;埃克拉特;SpeedHap公司;iSNO-PseAAC公司;iNuc-PhysChem;iSNO-AAP航空公司;iEzy-药物;文祥;iRSpot-PseDNC公司;ReFHap公司;国际RSpot-TNCPseAAC
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{X.Chen}等人，J.Theor。生物学358，85-92（2014；Zbl 1412.92193）
全文： 内政部

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