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RENET:从文献中提取基因疾病关联的深度学习方法。 (英语) Zbl 1412.92163号

Cowen,Lenore J.(编辑),《计算分子生物学研究》。第23届国际年会,RECOMB 2019,美国华盛顿特区,2019年5月5日至8日。诉讼程序。查姆:斯普林格。莱克特。注释计算。科学。11467, 272-284 (2019).
摘要:每年有超过一百万篇新的生物医学文章发表。迫切需要高效准确的文本挖掘工具来自动从这些文章中提取知识,以支持研究和基因测试。特别是,主要研究基因疾病关联的提取。然而,现有的提取基因-疾病关联的文本挖掘工具能力有限,因为每个句子都是单独考虑的。我们的实验表明,现有的最佳工具,如BeFree和DTMiner,达到了48%的准确率和最多78%的召回率。在本研究中,我们设计并实现了一种名为RENET的深度学习方法,该方法考虑了文章中句子之间的相关性,以提取基因-疾病关联。我们的方法显著提高了准确率和召回率,分别达到85.2%和81.8%。RENET的源代码位于https://bitbucket.org/alexwuhkucs/gda-extraction/src/master/.
关于整个系列,请参见[Zbl 1408.92004号].

MSC公司:

92 C50 医疗应用(通用)
68T05型 人工智能中的学习和自适应系统
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全文: 内政部