菲利普·本纳;马丁·文格伦 ModHMM：一种模块化超巴氏基因组分割方法。 （英语） Zbl 1412.92192号 Cowen，Lenore J.（编辑），《计算分子生物学研究》。第23届国际年会，RECOMB 2019，美国华盛顿特区，2019年5月5日至8日。诉讼程序。查姆：斯普林格。莱克特。注释计算。科学。11467，35-50（2019）。 摘要：基因组分割方法是获取细胞类型或组织特异性基因组注释的有力工具，常用于发现调控元件。然而，传统的分割方法预测精度较低，并且其数据驱动的注释具有一些不理想的特性。作为替代方案，我们开发了ModHMM，这是一种高度模块化的基因组分割方法。受超贝叶斯方法的启发，它结合了一组分类器的预测。这允许利用最先进的方法计算基因组分段。我们在ENCODE数据上演示了该方法，并表明它不仅在预测性能方面，而且在定性方面优于传统的分割方法。因此，ModHMM是研究细胞类型或组织之间和内部表观遗传和调控景观的一个有价值的替代方案。该软件可在以下网站免费获得：https://github.com/pbenner/modhmm网址.关于整个系列，请参见[Zbl 1408.92004号]. MSC公司： 92D10型 遗传学和表观遗传学 92-08 生物学问题的计算方法 软件：贝叶斯峰;github;铬HMM;深度工具2;ModHMM公司 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{P.Benner}和\textit{M.Vingron}，莱克特。注释计算。科学。11467，35-50（2019年；Zbl 1412.92192） 全文： 内政部 链接