×
J.Arsuaga。；Diao，Y。；克林贝尔，M。；罗德里格斯，V。

柔性多边形链拓扑网络的性质。 （英语） Zbl 1412.92235号

计算。数学。生物物理学。 2，第1期，98-106（2014）.
摘要：锥虫科寄生虫，如锥虫和利什曼原虫，是许多第三世界国家致命疾病的原因。线粒体DNA的三维结构被称为动粒体DNA（kDNA），是独特的，因为它被组织成数千个拓扑连接的小圆圈。微型圆环是如何以及为什么形成这样一个网络的，仍然没有答案。在我们之前的工作中，我们提出了一个网络形成模型，该模型假设网络完全由小圆圈的限制驱动。我们的模型表明，在限制条件下，会形成渗流网络。在进一步限制小圆后，该网络发展成为一个充满空间的网络，称为饱和网络。我们的模型还表明，与实验数据一致，网络的平均价（即与网络中任何小圆拓扑连接的小圆的平均数）随小圆密度线性增长。然而，在我们之前的研究中，我们忽视了DNA的灵活性，并使用刚性的小圆来模拟DNA，这里我们通过允许小圆具有灵活性来解决这个限制。我们的数值结果表明，描述小圆网络的生长和拓扑的拓扑特征与刚性小圆的拓扑特征具有相似的值，这表明这些特征是稳健的，因此可能是对锥虫体内观察到的网络的充分描述。

引用于1审查
引用于2文件

MSC公司：

92D20型 蛋白质序列，DNA序列
57平方米 球体中的结和链接（MSC2010）

关键词：

kDNA；微型圆环；小圆网；随机小圆网络；链接

软件：

KnotPlot打结器
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{J.Arsuaga}等人，计算。数学。生物物理学。2，第1号，98--106（2014；Zbl 1412.92235）
全文： 内政部

参考文献：

[1] J.Arsuaga、Y.Diao和K.Hinson。角度限制对小圆网络拓扑特性的影响。J.统计。物理。，146(2):434-445, 2012.; ·兹比尔1235.82103
[2] J.Chen、P.T.Englund和N.R.Cozzarelli。动粒体DNA复制过程中网络拓扑的变化。EMBO J.，14（24）：6339-63471995。；
[3] J.Chen、C.A.Rauch、J.H.White、P.T.Englund和N.R.Cozzarelli。动粒体DNA网络的拓扑结构。细胞，80（1）：61-691995。；
[4] Y.Diao、K.Hinson和J.Arsuaga。规则格上的小圆网络的增长。《物理学杂志》。A： 数学。Theor，45:doi:·Zbl 1234.92022号
[5] Y.Diao、K.Hinson、R.Kaplan、M.Vazquez和J.Arsuaga。小圆密度对锥虫线粒体DNA拓扑结构的影响。数学杂志。生物学，64（6）：1087-11082012·兹比尔1311.92145
[6] M.Ferguson、A.F.Torri、D.C.Ward和P.T.Englund。束状克里特虫动粒体的原位杂交揭示了参与动粒体DNA复制的两个反足位点。Cell，70:621-6291992年。；
[7] Rafael Lozano等人，1990年和2010年20个年龄组235种死因的全球和区域死亡率：2010年全球疾病负担研究的系统分析。《柳叶刀》，380（9859）：2095-21282013。；
[8] C.A.Rauch、D.Perez-Morga、N.R.Cozzarelli和P.T.Englund。动粒体DNA小环中没有超螺旋。EMBO J.，12（2）：403-411993。；
[9] V Rodriguez、Y Diao和J Arsuaga。无序拓扑网络中的渗流现象。物理学报：会议系列，454（1）：0120702013。；
[10] 罗伯特·G·沙雷。打结图。http://www.knotplot.com。用于绘制、可视化、操作和能量最小化结的程序。；
[11] T.A.Shapiro和P.T.Englund。动粒体DNA的结构和复制。每年。微生物评论。，49:117-143, 1995.;
[12] 佩雷·西蒙罗（Pere P Simarro）、朱利亚诺·切基（Giuliano Cecchi）、何塞·弗兰科（JoséR Franco）、马西莫·保恩（Massimo Paone）、阿卜杜拉耶·迪亚拉（Abdoulaye Diarra）、何塞·安东尼奥·鲁伊斯·波斯蒂戈（JosáAntonio Ruiz-Postigo）、埃里克·梅夫。估计和绘制有昏睡病风险的人群。公共科学图书馆忽视的热带疾病，6（10）：e18592012。；
[13] M.斯佩拉。关于联系数的微分几何和辛几何的综述。Milan J.数学。，74:139-197, 2006.; ·Zbl 1165.58004号
[14] R.Varela、K.Hinson、J.Arsuaga和Y.Diao。生成等边随机多边形集合的快速遍历算法。《物理学杂志》。A、 42（9）：2009年1月13日·Zbl 1158.92019年9月
[15] A.V.Vologodskii公司。DNA超螺旋有助于在复制后解开姐妹双工体的链接。生物论文，32:9-122010。；
[16] A.V.Vologodskii和N.R.Cozzarelli。DNA链烷构象的蒙特卡罗分析。分子生物学杂志。，232:1130- 1140, 1993.;
[17] A.V.Vologodskii和V.Rybenkov。DNA链的模拟。物理。化学。化学。物理。，11:10543-10552, 2009.;
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。