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阿米尔·拉希米;阿明·马达卡·索巴尼;鲁兹贝·图瑟卡尼;巴林戈利艾

功能特异性3D-motifs根据其EC编号在酶分类中的功效。 （英语） 兹比尔1411.92236

J.西奥。生物。 336, 36-43 (2013).
摘要：由于结构基因组学项目产生了越来越多的功能未知的蛋白质结构，蛋白质功能预测已成为生物信息学的一个重要课题。在众多的功能预测方法中，探索与未知蛋白质结构中的功能元件相关的已知三维运动是最具生物学意义的方法之一。同源酶从共同的祖先那里继承了活性位点上的这种基序。然而，这些基序的性质略有不同，导致酶的反应和底物发生变化。在这项研究中，我们检验了通过三维运动根据其EC数区分高度相关的活性位点模式的可能性。对于每个EC编号，活动场地的空间布局（与具有相同功能的其他活动场地的平均距离最小）被选为具有代表性的三维运动。为了表征这些基序，测试了活性位点元素中的各个点。结果证明了通过三维运动预测酶的完整EC数的可能性。然而，3D-motifs的识别能力在不同的酶家族中不同，并且取决于选择合适的点和特征。

MSC公司：

92D20型 蛋白质序列，DNA序列

关键词：

同源酶;活动站点模式;空间排列;功能特定图案;功能预测

软件：

CMASA公司;iRSpot-PseDNC公司;EzyPred公司;iAMP-2L型;iLoc-动物;PyMOL公司;iLoc-Hum公司;iSNO-PseAAC公司;iNuc-PhysChem
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\textit{A.Rahimi}等人，J.Theor。生物.336，36-43（2013；Zbl 1411.92236）
全文： 内政部

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