×

SPARC:精确高效的有限差分公式和密度泛函理论的并行实现:扩展系统。 (英语) Zbl 1411.81029号

摘要:作为SPARC的第二个组件(从头算起实空间计算),我们提出了一种精确有效的有限差分公式,并为扩展系统并行实现了密度泛函理论(DFT)。具体来说,利用静电学的局部公式、切比雪夫多项式滤波自洽场迭代和非局部力分量的重新公式,我们开发了一个有限差分框架,其中能量和原子力可以有效地计算到DFT中所需的精度内。我们证明,使用多种材料系统,SPARC在空间离散化参考平面波结果的能量和力方面实现了高收敛速度;板坯和线材真空尺寸的能量和力指数收敛;能量和力是一致的,显示出可以忽略不计的“蛋盒”效应;晶体、板条和线材的准确特性;和分子动力学模拟中可忽略的漂移。我们还证明,对于由数千个电子组成的系统,SPARC的弱标度和强标度行为类似于公认和优化的平面波实现,但前置因子显著减少。总的来说,SPARC代表了一种对扩展系统进行DFT模拟的平面波代码的有吸引力的替代方案。

MSC公司:

81-08 量子理论相关问题的计算方法
81V70型 多体理论;量子霍尔效应
78A30型 静电和磁力静力学
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用

参考文献:

[1] Hohenberg,P。;Kohn,W.和Phys。版本136,B864-B871(1964)
[2] 科恩,W。;Sham,L.J.,《物理学》。修订版,140,A1133-A1138(1965)
[3] Jones,R.O。;Gunnarsson,O.,《现代物理学评论》。,61, 689 (1989)
[4] 齐格勒,T.,化学。修订版,91,651-667(1991)
[5] 科恩,W。;贝克,A.D。;帕尔,R.G.,J.Phys。化学。,100, 12974-12980 (1996)
[6] Jones,R.O.,《现代物理学评论》。,87, 897 (2015)
[7] Kresse,G。;Furthmüller,J.,《物理学》。B版,54,11169-11186(1996)
[8] 医学博士Segall。;J·D·。Lindan,P。;Probert,M.J。;Pickard,C.J。;Hasnip,P.J。;克拉克·S·J。;Payne,M.C.,J.物理:康登斯。物质。,14, 2717-2744 (2002)
[9] Gonze,X。;Beuken,J.M。;加拉加斯,R。;Detraux,F.公司。;Fuchs,M。;里格纳内斯,G.M。;辛迪奇,L。;Verstraete,M。;谢拉,G。;Jollet,F。;托伦特,M。;罗伊,A。;Mikami,M。;Ghosez,P。;Raty,J.Y。;Allan,D.C.,计算。马特。科学。,25, 15, 478-492 (2002)
[10] Giannozzi,P。;巴罗尼,S。;北卡罗来纳州博尼尼。;卡兰德拉,M。;R车。;卡瓦佐尼,C。;Ceresoli,D。;Chiarotti,G.L。;科科奇奥尼,M。;达博,I。;Dal Corso,A。;de Gironcoli,S。;Fabris,S。;弗雷特斯,G。;格鲍尔,R。;格斯特曼,美国。;Gougoussis,C。;Kokalj,A。;拉泽里,M。;马丁·萨莫斯。;北马尔扎里。;Mauri,F。;马扎雷罗,R。;Paolini,S。;Pasquarello,A。;Paulatto,L。;斯布雷西亚,C。;Scandolo,S。;斯克劳泽罗,G。;Seitsonen,A.P。;Smogunov,A。;Umari,P。;温茨科维奇,R.M.,J.Phys.:康登斯。物质。,第21条,第395502页(2009年),第19页
[11] 伊斯梅尔·贝吉,S。;阿里亚斯,T.A.,计算。物理学。通信,128,1-45(2000)·Zbl 1003.81036号
[12] Gygi,F.,IBM J.Res.Dev.,52,137-144(2008)
[13] 库利,J。;Tukey,J.,数学。公司。,19, 297 (1965) ·Zbl 0127.09002号
[14] 佩恩,M.C。;特特,M.P。;阿伦·D.C。;阿里亚斯,T。;Joannopoulos,J.,《现代物理学评论》。,64, 1045-1097 (1992)
[15] Hutter,J。;吕蒂,H.P。;Parrinello,M.,《计算》。马特。科学。,2, 244-248 (1994)
[16] Natan,A。;A.本杰米尼。;纳维赫,D。;Kronik,L。;蒂亚戈,M.L。;贝克曼,S.P。;Chelikowsky,J.R.,物理学。B版,78,第075109条,pp.(2008)
[17] Suryanarayana,P。;巴塔查亚,K。;Ortiz,M.,J.机械。物理学。固体,61,38-60(2013)·Zbl 1258.81090号
[18] 博廷,F。;勒鲁,S。;克尼亚泽夫,A。;Zérah,G.,《计算》。马特。科学。,42, 329-336 (2008)
[19] 塔克曼,M.E。;纱线,D。;萨缪尔森,S.O。;Hughes,A.L。;Martyna,G.J.,《计算》。物理学。通信,128333-376(2000)·Zbl 1002.81056号
[20] Goedecker,S.,《现代物理学评论》。,71, 1085-1123 (1999)
[21] Bowler,D.R。;宫崎骏,T.,众议员。物理。,第75条,第036503页(2012年)
[22] 切里科夫斯基,J.R。;Troullier,N。;萨阿德,Y.,Phys。修订稿。,72, 1240 (1994)
[23] 卡斯特罗,A。;阿佩尔,H。;奥利维拉,M。;罗齐,C.A。;安德拉德,X。;Lorenzen,F。;马奎斯,M.A.L。;总量,E.K.U。;A.鲁比奥,《物理学》。Status Solidi B,2432465-2488(2006年)
[24] 布里格斯,E。;沙利文,D。;Bernholc,J.,《物理学》。B版,54,14362(1996)
[25] Fattebert,J.-L.,J.计算。物理。,149, 75-94 (1999) ·Zbl 0922.65079号
[26] Shimojo,F。;Kalia,R.K。;Nakano,A。;Vashishta,P.,计算。物理学。Comm.,140,303-314(2001)·Zbl 0989.81635号
[27] 岩手,J.-I。;高桥,D。;Oshiyama,A。;博库,T。;Shiraishi,K。;南冈田。;Yabana,K.,J.计算。物理。,229, 2339-2363 (2010) ·Zbl 1186.82005年
[28] 帕斯克,J.E。;Klein,B.M。;Fong,C.Y。;Sterne,P.A.,物理。版本B,59,12352-12358(1999)
[29] 怀特,S.R。;威尔金斯,J.W。;Teter,M.P.,物理学。B版,39,5819(1989)
[30] Tsuchida,E。;Tsukada,M.,物理学。修订版B,52,5573(1995)
[31] Suryanarayana,P。;加维尼,V。;布莱森,T。;巴塔查亚,K。;Ortiz,M.,J.机械。物理学。固体,58256-280(2010)·Zbl 1193.81006号
[32] Motamarri,P。;Iyer,M。;克纳普,J。;加维尼,V.,J.计算。物理。,231, 6596-6621 (2012) ·兹比尔1284.65171
[33] 方,J。;高,X。;Zhou,A.,J.计算。物理。,231, 3166-3180 (2012) ·Zbl 1245.82007年
[34] 阿里亚斯,T.A.,《现代物理学评论》。,71, 267 (1999)
[35] Cho,K。;阿里亚斯,T。;Joannopoulos,J。;Lam,P.K.,物理学。修订稿。,71, 1808 (1993)
[36] 基诺维斯。;Neelov,A。;Goedecker,S。;德国T。;加西米,S.A。;Willand,A。;卡利斯特,D。;齐尔伯格,O。;Rayson,M。;Bergman,A.,J.化学。物理。,129,第014109条pp.(2008)
[37] Skylaris,C.-K。;Haynes,P.D。;Mostofi,A.A。;佩恩,M.C.,J.化学。物理。,122,第084119条pp.(2005)
[38] Bowler,D.R。;乔杜里,R。;Gillan,M.J。;宫崎骏,T.,Phys。Solidi b地位,243989-1000(2006)
[39] 马苏德,A。;Kannan,R.,计算。方法应用。机械。工程,241112-127(2012)·Zbl 1353.82065号
[40] Suryanarayana,P。;巴塔查亚,K。;Ortiz,M.,J.计算。物理。,230, 5226-5238 (2011) ·Zbl 1219.65058号
[41] Ghosh,S。;Suryanarayana,P.,计算。物理学。通信,212189-204(2017)·Zbl 1376.78001号
[42] 小野,T。;海德,M。;Atodiresei,N。;鲍迈斯特,P。;筑本,S。;Blügel,S.,物理学。B版,82,第205115条pp.(2010)
[43] 新南威尔士州博比特。;斯科菲尔德,G。;Lena,C。;Chelikowsky,J.R.,物理学。化学。化学。物理。,17, 31542-31549 (2015)
[44] 安德拉德,X。;斯特鲁贝,D。;德乔瓦尼尼,美国。;Larsen,A.H。;奥利维拉,M.J。;Alberdi-Rodriguez,J。;瓦拉斯,A。;提奥菲罗,I。;赫尔比格,N。;Verstraete,M.J.,物理学。化学。化学。物理。,17, 31371-31396 (2015)
[45] 李,P。;刘,X。;陈,M。;林,P。;任,X。;林,L。;杨,C。;He,L.,计算。马特。科学。,112,B部分,503-517(2016)
[46] E.Artacho,原子轨道和N阶方法的周期线性组合,威利在线图书馆,第77-92页。;E.Artacho,原子轨道和N阶方法的周期线性组合,威利在线图书馆,第77-92页。
[47] 周,Y。;萨阿德,Y。;蒂亚戈,M.L。;Chelikowsky,J.R.,物理学。E版,74,第066704条,pp.(2006)
[48] Kleinman,L。;Bylander,D.,物理学。修订稿。,48, 1425 (1982)
[49] 帕斯克,J.E。;斯特恩,P.A.,物理学。B版,71,第113101条,pp.(2005)
[50] Ghosh,S。;Suryanarayana,P.,J.计算机。物理。,307, 634-652 (2016) ·Zbl 1351.82038号
[51] 布洛赫,F.,Z.Phys。,52, 555-600 (1929)
[52] Slater,J.C.,《分子和固体的自洽场》,第4卷(1974年),McGraw-Hill,纽约
[53] 方,H.-r。;Saad,Y.,数字。线性代数应用。,16, 197-221 (2009) ·Zbl 1224.65134号
[54] 林,L。;Yang,C.,SIAM J.科学。计算。,35,S277-S298(2013)·Zbl 1284.82009年
[55] Pratapa,P.P。;Suryanarayana,P.,化学。物理学。莱特。,63569-74(2015年)
[56] Banerjee,A.S。;Suryanarayana,P。;Pask,J.E.,化学。物理学。莱特。,647, 31-35 (2016)
[57] Suryanarayana,P.,化学。物理学。莱特。,584182-187(2013年)
[58] Suryanarayana,P.,化学。物理学。莱特。,555, 291-295 (2013)
[59] 哈里斯,J.,物理。B版,311770(1985)
[60] 福克斯,W.M.C。;Haydock,R.、Phys。B版,39,12520(1989)
[61] Suryanarayana,P。;Phanish,D.,J.计算。物理。,275, 524-538 (2014) ·Zbl 1349.65572号
[62] Hirose,K。;小野,T。;Y.藤本。;Tsukamoto,S.,《现实空间形式主义中的第一原则冲突》(2005),帝国理工大学出版社
[63] Pratapa,P.P。;Suryanarayana,P。;Pask,J.E.,《计算》。物理学。Comm.,200,96-107(2016)·Zbl 1351.82039号
[64] 小野,T。;Hirose,K.,《物理学》。修订稿。,82, 5016-5019 (1999)
[65] 巴莱,S。;Brown,J。;Buschelman,K。;埃伊霍特,V。;格罗普,W.D。;Kaushik博士。;Knepley,M.G。;麦金尼斯,L.C。;B.F.史密斯。;Zhang,H.,PETSc用户手册,技术报告ANL-95/11-3.4版(2013),阿贡国家实验室
[66] 巴莱,S。;格罗普,W.D。;麦金尼斯,L.C。;Smith,B.F.,(Arge,E.;Bruaset,A.M.;Langtangen,H.P.,《科学计算中的现代软件工具》(1997),Birkhäuser Press),163-202
[67] Mazziotti,D.A.,化学。物理学。莱特。,299, 473-480 (1999)
[68] Ahlberg,J.H。;尼尔森,E.N。;Walsh,J.L.,《科学与工程中的数学》,第1卷(1967年),学术出版社:纽约学术出版社·Zbl 0158.15901号
[69] 周,Y。;萨阿德,Y。;L.Tiago,M。;Chelikowsky,J.R.,J.计算。物理。,219, 172-184 (2006) ·Zbl 1105.65111号
[70] Knyazev,A.V.,SIAM J.科学。计算。,23, 517-541 (2001) ·Zbl 0992.65028号
[71] 周,Y。;切里科夫斯基,J.R。;Saad,Y.,J.计算。物理。,274770-782(2014年)·Zbl 1351.82098号
[72] 佩杜,J.P。;王,Y.,Phys。B版,4513244(1992)
[73] Ceperley,D.M。;奥尔德,B.J.,物理。修订稿。,45, 566-569 (1980)
[74] Troullier,N。;Martins,J.L.,《物理学》。B版,432993-2006(1991)
[75] Monkhorst,H.J。;帕克·J·D·物理学。B版,13,5188(1976)
[76] Golub,G.H。;Van Loan,C.F.,《矩阵计算》,第3卷(2012年),JHU出版社
[77] 佩奇,C.C。;桑德斯,M.A.,SIAM J.Numer。分析。,12, 617-629 (1975) ·Zbl 0319.65025号
[78] Lanczos,C.,解线性微分和积分算子特征值问题的迭代方法(1950),美国政府。新闻办公室·Zbl 0067.33703号
[79] 安德森,E。;Bai,Z。;比肖夫,C。;南卡罗来纳州布莱克福德。;德梅尔,J。;Dongarra,J。;杜克罗兹,J。;格林鲍姆,A。;Hammarling,S。;麦肯尼,A。;Sorensen,D.,《LAPACK用户指南》(1999年),工业和应用数学学会:宾夕法尼亚州费城工业和应用算术学会·Zbl 0934.65030号
[80] Watkins,D.S.,《矩阵计算基础》,第64卷(2004),John Wiley&Sons
[81] W.H.出版社,《数值配方第三版:科学计算的艺术》(2007),剑桥大学出版社·Zbl 1132.65001号
[82] 安德森,D.G.,J.ACM,12547-560(1965)·Zbl 0149.11503号
[83] J.R.Shewchuk,《无痛苦共轭梯度法简介》,1994年。;J.R.Shewchuk,《无痛苦共轭梯度法简介》,1994年。
[84] Rapaport,D.C.,《分子动力学模拟的艺术》(2004),剑桥大学出版社:剑桥大学出版社,美国纽约州纽约市·Zbl 1098.81009号
[85] Gonze,X。;阿马登,B。;Anglade,P.-M。;J.-M.布肯。;博廷,F。;Boulanger,P。;布鲁内瓦尔,F。;卡利斯特,D。;加拉加斯,R。;Cote,M.,计算。物理学。Comm.,180,2582-2615(2009)
[86] Gonze,X.,Z.Kristallogr。,220, 558-562 (2005)
[87] 布拉兹多娃(Brázdová),V。;Bowler,D.R.,《原子计算机模拟:实用指南》(2013),John Wiley&Sons·Zbl 1273.81003号
[88] Gillan,M.,J.物理学:康登斯。物质。,1, 689 (1989)
[89] 马克思,D。;Hutter,J.,量子化学的现代方法和算法,1301-449(2000)
[90] 帕斯克,J.E。;北苏库马尔。;穆萨维,S.E.,《国际多尺度计算杂志》。工程,1083-99(2012)
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。