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Elizabeth S.奥尔曼。;朗，科尔比;约翰·A·罗兹。

利用log-det距离从基因组序列推断物种树。 （英文） Zbl 1415.92127号

SIAM J.应用。代数几何。 3，第1号，107-127（2019）.
摘要：在简单的非混合序列进化模型下，引入两个对齐DNA序列之间的对数集距离作为基因树统计一致性推断的工具。在这里，我们证明了对数集距离，再加上基于距离的树构建方法，还允许在适合于对齐基因组尺度序列数据的混合模型下对物种树进行一致推断。数据可能包括来自许多遗传位点的位点，这些位点在不同的基因树上进化，这是由于超长物种树上不完全的谱系排序，具有不同的时间可逆替换过程。基于距离的推理的简单性和速度表明，基于对数集的方法应作为判断更精细和计算密集的物种树推理方法的基准。

引用于5文件

MSC公司：

92D15型 与进化有关的问题
92D20型 蛋白质序列，DNA序列
62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用；元分析

关键词：

基于距离的方法;多物种融合;混合物模型;一般时间可逆模型;二次型

软件：

阀杆hy;SVD四重奏;ASTRID公司;ASTRAL-II标准;贝叶斯先生
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{E.S.Allman}等人，SIAM J.Appl。代数几何。3、编号1、107-127（2019；Zbl 1415.92127）
全文： 内政部 arXiv公司

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