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寻找有意义标记图基序的快速分析方法。 (英语) Zbl 1411.68115号

摘要:网络基序发现是根据一些合理的零假设,发现网络中出现频率高于预期的子图的问题。这样的子图可能表明基因组相互作用网络中的小规模相互作用特征,或涉及行动者或航空公司之间关系的有趣关系。当节点被标记时,它们可以携带诸如正在研究的基因组实体或演员的主要类型等信息。因此,标记子图传递的信息超出了结构,因此可以获得更多的应用。为了识别给定网络中具有统计意义的基序,我们提出了一种分析方法(即无模拟),该方法扩展了F.皮卡德等【《评估网络基序的例外性》,《计算生物学杂志》第15期,第1期,第1-20页(2008;doi:10.1089/cmb.2007.0137)]和S.施巴斯等【《评估网络中彩色图案的例外性》,J.Bioninform.系统生物学,2009年,第1期,文章ID 616234,9 p.(2009;doi:10.1155/2009/616234)]标记依赖的无标度图模型。我们给出了期望度分布随机图模型下计数的均值和方差的解析表达式。我们的模型处理诱导和非诱导基序。我们已经在从蛋白质相互作用网络到电影网络的广泛图形集上测试了我们的方法。分析模型是模拟的快速替代方法(通常速度快几个数量级)。随着图形大小的增加,这种优势也会增加。

理学硕士:

68T05型 人工智能中的学习和自适应系统
05立方厘米80 随机图(图形理论方面)
05C85号 图形算法(图形理论方面)
68兰特 计算机科学中的图论(包括图形绘制)
92立方厘米 系统生物学、网络
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
全文: 内政部

参考文献:

[1] Adamic LA,Glance N(2005)《政治博客圈与2004年美国大选:分裂的博客》。摘自:第三届链接发现国际研讨会论文集,ACM,纽约,第36-43页
[2] Ahmed NK、Neville J、Rossi RA、Duffield NG、Willke TL(2017)《Graphlet分解:框架、算法和应用》。知识信息系统50(3):689-722
[3] Ashburner M,Ball CA,Blake JA(2000)《基因本体论:生物学统一的工具》。《自然遗传学》25(1):25-29
[4] Barabasi AL,Albert R(1999),随机网络中尺度的出现。科学286(5439):509-512·Zbl 1226.05223号
[5] Batagelj V、Mrvar M、Zavesnik M(2002)《词典的网络分析》。In:语言技术,第135-142页
[6] Bindea G,Mlecnik B,Hackl H(2009)ClueGO:一种细胞图景插件,用于解读功能分组的基因本体论和路径注释网络。生物信息学25(8):1091-1093
[7] 陈杰,袁B(2006)检测酵母蛋白相互作用网络中的功能模块。生物信息学22(18):2283-2290·Zbl 1119.83331号
[8] Chen J,Hsu W,Lee ML,Ng S(2006)NeMoFinder:剖析具有中尺度网络基序的全基因组蛋白质-蛋白质相互作用。摘自:第十二届ACM SIGKDD知识发现和数据挖掘国际会议记录,第106-115页
[9] Chung F,Lu L(2002)给定期望度的随机图的平均距离。国家科学院学报99(25):15879-15882·Zbl 1064.05137号
[10] Daudin JJ,Picard F,Robin S(2008)随机图的混合模型。统计计算18(2):173-183
[11] Davis M,Liu W,Miller P,Hunter RF,Kee F(2014)Agwan:带标签加权图的生成模型。摘自:采矿综合体模式的新前沿:第二届国际研讨会,2013年NFMCP,第181-200页
[12] De Domenico M,Omodei E,Arenas A(2016)《量化上个世纪的知识散居群体》。应用网络科学1:15
[13] Durak N,Pinar A,Kolda TG,Seshadhri C(2012),真实世界网络和图形模型中三角形的度关系。摘自:第21届ACM信息和知识管理国际会议记录(CIKM'12),第1712-1716页
[14] Erdös,P。;Rényi,A.,没有文章标题,关于随机图。《公共数学》,6290-297(1959)
[15] Johnson NL,Kotz S,Kemp AW(1992),单变量离散分布,第二版。纽约威利·Zbl 0773.62007号
[16] Kim M,Leskovec J(2011)使用乘法属性图模型对具有节点属性的社交网络进行建模。摘自:第二十七届人工智能不确定性会议记录,第400-409页
[17] Knuth DE(1993)斯坦福图形库:组合计算平台。纽约ACM出版社·Zbl 0806.68121号
[18] Ley M(2002)DBLP计算机科学参考书目:进化,研究问题,观点。摘自:字符串处理和信息检索国际研讨会论文集,第2476卷,第1-10页
[19] Maere S,Heymans K,Kuiper M(2005)BiNGO:评估生物网络中基因本体类别过度表达的细胞图插件。生物信息学21(16):3448-3449
[20] Meira LAA、Maximo VR、Fazenda AL、Conceicao AFD(2014)Acc-Motif:加速网络主题检测。IEEE/ACM Trans-Comput生物信息11(5):853-862
[21] Milo R、Shen-Orr S、Itzkovitz S等人(2002)《网络主题:复杂网络的简单构建块》。科学298(5594):824-827
[22] Milo R,Kashtan N,Itzkovitz S(2004)关于具有预定度序列的随机图的均匀生成。arXiv:cond-mat/0312028
[23] Newman MEJ,Strogatz SH,Watts DJ(2001)具有任意度分布的随机图及其应用。物理版E 64:026118
[24] Nowicki K,Snijders T(2001)《随机块体结构的估算和预测》。美国统计协会杂志96:1077-1087·Zbl 1072.62542号
[25] Opsahl T(2011)为什么锚固不那么重要:二元关系和样本选择。http://toreopsahl.com/2011/08/12
[26] Park J,Newman M(2003)互联网和其他网络中学位相关性的起源。物理版E 68:026112
[27] Park J,Newman MEJ(2004)《网络统计力学》。物理版E 70(6):066117
[28] Pfeiffer III JJ、Moreno S、La Fond T、Neville J、Gallagher B(2014)属性图模型:用相关属性建模网络结构。摘自:第23届万维网国际会议记录,第831-842页
[29] Picard F、Daudin JJ、Koskas M(2008)《网络主题的例外性评估》。计算机生物学杂志15(1):1-20
[30] Prasad TSK、Goel R、Kandasamy K、Keerthikumar S(2009)《2009年人类蛋白质参考数据库更新》。核酸研究37(1):D767-D772
[31] Prill R,Iglesias PA,Levchenko A(2005)网络基序的动态特性有助于生物网络组织。公共科学图书馆生物3(11):e343
[32] Ribeiro P,Silva F(2014)G-Tries:一种用于存储和查找子图的数据结构。数据最小知识发现28(2):337-377·Zbl 1281.68087号
[33] Ruepp A、Zollner A、Maier D、Albermann K、Hani J、Mokrejs M、Tetko I、Gldener U、Mannhaupt G、Mnsterktter M、Mewes HW(2004)《FunCat》,全基因组蛋白质系统分类的功能注释方案。核酸研究32(18):5539-5545
[34] Schbath S、Lacroix V、Sagot MF(2009)《网络中彩色图案的例外性评估》。生物信息系统生物学杂志2009(1):616234
[35] Seshadhri C、Kolda TG、Pinar A(2012)《Erdos-Renyi图的群落结构和无标度集合》。物理版E 85(5):056109
[36] Shen-Orr SS,Milo R,Mangan S(2002)《大肠杆菌转录调控网络中的网络基序》。自然遗传学。31:64-68
[37] Sinha A、Shen Z、Song Y、Ma H、Eide D、Hsu B、Wang K(2015)《微软学术服务(MAS)和应用概述》。摘自:第24届万维网国际会议记录(WWW 15 Companion),第243-246页
[38] Squartini T,Garlaschelli D(2011)检测实际网络中模式的分析最大似然法。《新物理学杂志》13(8):083001·Zbl 1448.91218号
[39] Varshney LR,Chen BL,Paniagua E(2011)秀丽隐杆线虫神经元网络的结构特性。公共科学图书馆计算生物学7(2):e1001066
[40] von Mering C、Krause R、Snel B、Cornell M、Oliver SG、Fields S、Bork P(2002)《蛋白质相互作用大规模数据集的比较评估》。自然417:399-403
[41] Wernicke S(2006)网络基序的高效检测。IEEE/ACM跨计算机生物信息3(4):347-359
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