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葛、李;刘嘉国;张玉森;马蒂亚斯·德梅尔

利用广义混沌博弈表示识别抗癌肽。 （英文） Zbl 1410.92083号

数学杂志。生物。 78，编号1-2441-463（2019）.
小结：我们将混沌博弈表示（CGR）推广到高维空间，同时保持其双射性，与以往的尝试相比，这种方法具有足够的代表性和数学严密性。我们首先陈述并证明了CGR和我们的广义混沌博弈表示（GCGR）方法的渐近性质。预测结果表明，具有相同子序列但位置不同的序列的相异性将以指数方式降低相同子序列的长度；研究人员并不知道这种效应的发生。现在，我们重点关注它，它从根本上支持（G）CGR作为一种相似性度量或特征提取技术。我们开发了两种特征提取技术：GCGR-Centroid和GCGR-Variance。我们使用GCGR-Centroid通过数据集9 ND5、24 TF和50β-珠蛋白分析蛋白质序列之间的相似性。与以往的研究相比，我们得到了一致的结果，这证明了其重要性。最后，通过使用支持向量机，我们利用GCGR-Centroid和GCGR-Variance训练了抗癌肽预测模型，并通过使用3个研究良好的抗癌肽数据集实现了显著更高的预测性能。

MSC公司：

92D20型 蛋白质序列，DNA序列
92-08 生物问题的计算方法
91A80型 博弈论的应用

关键词：

混沌博弈表示;相似性分析;抗癌肽;支持向量机

软件：

Cd命中;ClustalW公司;国际有色人种协进会;伦敦银行支持向量机;IsoRank公司;e1071号;猿
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{L.Ge}等人，《数学杂志》。生物78，编号1--2，441--463（2019；Zbl 1410.92083）
全文： 内政部

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