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弗朗西斯科·戈梅斯·维拉;罗德里格斯·巴埃纳，多明戈·S。;瓦兹奎兹·诺格拉，何塞·路易斯

基于贪婪策略的大基因网络结构优化。 （英语） Zbl 1411.92095号

计算。数学。方法医学。 2018年，文章ID 9674108，11 p.（2018）.
摘要：在过去几年里，基因网络已经成为模拟生物过程的最重要工具之一。在其他实用程序中，这些网络直观地显示了基因之间的生物关系。然而，由于当前生成的大量遗传数据，它们的规模已经增长到无法管理的地步。为了解决这个问题，可以使用计算方法，例如基于启发式的方法，通过修剪无关关系来分析和优化基因网络的结构。本文提出了一种新的优化大基因网络结构的方法，称为GeSOp。该方法能够对构成输入网络的不相关关系进行大量剪枝。为此，该方法基于贪婪启发式，以获得最相关的子网络。通过从不同生物体获得的基因网络上的两个实验，测试了该方法的性能。第一个实验表明，GeSOp不仅能够显著缩小网络规模，而且能够保持生物信息比率。在第二个实验中，检查了改善网络生物指标的能力。因此，本文的结果表明，GeSOp是优化和改进大基因网络结构的可靠方法。

MSC公司：

92C40型 生物化学、分子生物学
第92页第42页 系统生物学、网络
92-04 生物相关问题的软件、源代码等

关键词：

大型基因网络;结构优化

软件：

通用汽车公司;阿拉伯联合酋长国-AP;OSG-KINC公司;GeSOp公司;采访者
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\textit{F.Gómez-Vela}等人，计算。数学。方法医学2018，文章ID 9674108，11 p.（2018；Zbl 1411.92095）
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