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基于新构建的二分网络预测疾病与lncRNA-miRNA对之间关联的新模型。 (英语) Zbl 1411.92127号

总结:动机越来越多的研究表明,许多人类复杂疾病不仅与微小RNA有关,还与长链非编码RNA(lncRNA)有关。LncRNA和microRNA在各种生物过程中发挥着重要作用。因此,开发有效的计算模型来预测疾病与lncRNA-miRNA对(LMPairs)之间的新关联,不仅有助于理解lncRNA-miRNA水平上的疾病机制,也有助于检测疾病生物标志物,以用于疾病诊断、治疗、预后和预防,也了解疾病和LMPairs在疾病层面的相互作用。结果众所周知,具有类似功能的基因往往与类似疾病相关。本文提出了一种新的预测疾病与LMPairs相关性的模型PADLMP。在该模型中,首先通过整合lncRNA-disease关联网络和miRNA-disaese关联网络,设计了疾病-lncRNA-miRNA(DLM)三方网络;然后基于DLM网络和lncRNA-miRNA关联网络构建了疾病-LMPairs二部关联网络;最后,我们基于新构建的disease-LMPair网络预测了疾病与LMPairs之间的潜在关联。模拟结果表明,PADLMP在LOOCV、2倍和5倍交叉验证框架中分别可以实现0.9318、0.9090(\pm)0.0264和0.8950(\pm\)0.0027的AUC,这证明了PADLMP的可靠预测性能。

MSC公司:

92立方厘米 系统生物学、网络
92C40型 生物化学、分子生物学
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