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罗伯特·吉格里奇;海莱内·图泽特

用逆耦合重写系统对序列和树上的动态规划问题进行建模。 （英文） Zbl 1461.68251号

算法（巴塞尔） 7，第1期，62-144（2014）.
摘要：动态规划是一种经典的算法范例，它通常允许在多项式时间内计算指数大小的搜索空间。递归问题分解、中间结果列表以供重复使用以及Bellman的最优原则是其众所周知的组成部分。然而，算法往往缺乏抽象性，难以实现，调试繁琐，修改困难。本文提出了一个用于指定动态编程问题的通用框架。该框架可以处理各种顺序输入以及树结构数据。生物序列分析、文档处理、分子结构分析、以层次结构方式组装的对象的比较，以及通常考虑的所有域，其中字符串和有序根树用作自然数据表示。新方法引入了逆耦合重写系统它们将组合优化问题的解决方案描述为一个项重写关系的逆映像，该关系将问题解决方案简化为问题输入。这个规范导致了动态编程算法的简明而透明的规范。它们的实际实现可能具有挑战性，但正如我们希望的那样，最终可以自动生成。本文通过描述计算生物学领域中出现的一组不同的动态规划问题，以及生物序列和分子结构分析中的示例，展示了这种新方法的范围。

引用于5文件

MSC公司：

68周05 非数值算法
2012年第68季度 语法和重写系统
90C27型 组合优化
90立方厘米 动态编程
92D20型 蛋白质序列，DNA序列

关键词：

生物序列分析;RNA结构;动态程序设计;树编辑距离;树对齐

软件：

法国皇家医学会;纳莫蒂夫;RNAforester公司;运动（Locomotif）;哈斯克尔;KiCS2系列;Dyna公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit｛R.Giegerich｝和\textit｛H.Touzet｝，算法（巴塞尔）7，第1号，62-144（2014；Zbl 1461.68251）
全文： 内政部

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