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于乐政;郭彦之;李益洲;李公兵;李梦龙;罗杰斯;熊文佳;秦文丽

分泌物P：通过将新特征融合到Chou的伪氨基酸成分中来识别细菌分泌的蛋白质。 （英语） Zbl 1410.92040号

J.西奥。生物。 267，编号1，1-6（2010）.
摘要：蛋白质分泌在细菌的生活方式中起着重要作用。分泌蛋白通过使细菌与环境相互作用，特别是将致病菌和共生菌传递到真核宿主中，对细菌致病至关重要。因此，细菌分泌蛋白的鉴定成为研究各种疾病和相应药物的重要过程。本文将几个新特征融合到Chou的伪氨基酸组成（PseAAC）中，开发了两个基于支持向量机（SVM）的三元分类器来预测革兰氏阴性菌和革兰氏阳性菌的分泌蛋白，该方法对经典分泌型、非经典分泌型和非分泌型蛋白质的识别准确率分别为94.03%和94.36%。为了比较我们的方法与六种已发表的方法在鉴定细菌分泌蛋白方面的实用能力大肠杆菌和枯草芽孢杆菌收集样本构建革兰氏阴性菌和革兰氏阳性菌的测试集，我们的方法的预测结果与现有方法的预测效果相当。当对两个公共独立数据集进行预测NCSP时，它也对革兰氏阴性细菌蛋白质产生了令人满意的结果。可以访问预测服务器SecretPhttp://cic.scu.edu.cn/bioinformatics/secretPV2/index.htm.

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MSC公司：

92C40型 生物化学、分子生物学
62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用；元分析
92立方37 细胞生物学
68T05型 人工智能中的学习和自适应系统

关键词：

革兰氏阴性菌;革兰氏阳性菌;伪氨基酸组成;支持向量机

软件：

GPCR-GIA公司;GPCR-CA公司;信号-CF;菲比乌斯;折叠索引;ExPASy公司;爆炸;欧盟-mPLoc;PSI-爆炸;机密P;信号-3L;Psortb公司
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\textit{L.Yu}等人，J.Theor。生物学267，编号1，1--6（2010；Zbl 1410.92040）
全文： 内政部

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