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一种从单个基因组预测基因组岛的有效基因组特征排序方法。 (英语) Zbl 1409.92170号

摘要:基因组岛与微生物适应有关,携带不同于宿主的基因组特征,因此提出了许多方法来从一系列生物体中选择信息基因组特征,并根据这些特征偏差将基因组岛与基因组的其他部分区分开来。然而,当没有密切相关的基因组时,它们的用途有限。在本研究中,我们提出了一种基于峰度的排序方法,从单个基因组中选择信息基因组特征。在模拟来自人工和真实基因组的外来片段时,所提出的基于峰度的排序方法有效地从单个基因组中选择信息丰富的基因组特征,而无需注释基因组信息或来自其他数据集的先验知识。这种理解有助于设计更强大的基因组岛检测方法。

MSC公司:

92D10型 遗传学和表观遗传学
62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用;元分析
62F07型 统计排名和选择程序
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全文: 内政部

参考文献:

[1] Altschul,S.F。;Madden,T.L。;Schaffer,A.A。;张杰。;张,Z。;Miller,W。;Lipman,D.J.,Gapped BLAST和PSI-BLAST:新一代蛋白质数据库搜索程序,核酸研究,25,17,3389-3402(1997)
[2] 阿维·A·J。;阿扎德,R.K。;拉瓦尔,A。;Lawrence,J.G.,通过分段基因组异质性检测基因组岛,核酸研究,37,16,5255-5266(2009)
[3] 阿扎德,R.K。;Lawrence,J.G.,《人工基因组在评估非典型基因检测方法中的应用》,Plos Compute。生物学,1,6,e56(2005)
[4] 阿扎德,R.K。;Lawrence,J.G.,《走向更稳健的外源基因检测方法》,《核酸研究》,39,9,e56(2011)
[5] 贝尔泰利,C。;FSL的Brinkman。;Valencia,A.,使用IslandPath-DIMOB改进基因组岛预测,生物信息学,34,13,2161-2167(2018)
[6] 奇亚佩洛,H。;布尔盖特,I。;Sourivong,F。;海肯·G。;Gendrault-Jacquemard,A。;M-A、P。;El,K.M.,《细菌基因组镶嵌结构的系统测定:物种主干与菌株特异环》,BMC Bioninform。,6, 171 (2005)
[7] 戴奇。;鲍,C。;Hai,Y。;马,S。;周,T。;王,C。;Wang,Y。;霍,W。;刘,X。;姚,Y。;宣,Z。;陈,M。;Zhang,MQ.,MTGIpick允许从单个基因组中稳健地识别基因组岛,Brief Bioninform。,19, 361-373 (2018)
[8] Darling,A.C.E。;Mau,B。;F.R.布拉特纳。;Perna,N.T.,Mauve:保守基因组序列与重排的多重比对,《基因组研究》,14,7,1394-1403(2004)
[9] Dhillon,B.K。;Chiu,T.A。;Laird,M.R。;M.G.I.兰吉尔。;Brinkman,F.S.L.,《IslandViewer update:improved genomic island discovery and visualization》,《核酸研究》,第41期,第129-W132页(2013年)
[10] 多布林特,美国。;Hochhut,B。;Hentschel,美国。;Hacker,J.,《病原微生物和环境微生物中的基因组岛》,《国家微生物学评论》。,2, 5, 414-424 (2004)
[11] 《信号检测理论与ROC分析》(1975年),学术出版社
[12] 芬利,B.B。;Falkow,S.,《重新审视微生物致病性的共同主题》,《微生物》。修订版,61、2、136-169(1997)
[13] R·D·芬恩。;约翰·T。;Jaina,M。;Coggill,P.C.公司。;约翰·S·S·。;Hans-Rudolf,H。;戈兰,C。;Kristoffer,F。;Eddy,S.R。;Sonnhammer,E.L.L.,Pfam蛋白质家族数据库,核酸研究,36,suppl_1,D281-D288(2008)
[14] Gal-Mor,O。;Finlay,B.B.,《致病性岛:细菌毒力的分子工具箱》,《细胞》。微生物。,8, 11, 1707-1719 (2006)
[15] Green,R.E。;Brenner,S.E.,《增强两两序列比较评估的Bootstrapping和归一化》,Proc。IEEE,90,12,1834-1847(2002)
[16] 哈克,J。;Bender,L。;奥特,M。;Wingender,J。;伦德,B。;玛丽·R。;Goebel,W.,编码菌毛和溶血素的染色体区域的缺失在体外和体内发生在各种肠外大肠杆菌分离物中,Microb。病理学。,8, 3, 213-225 (1990)
[17] 哈克,J。;Kaper,J.B.,《致病岛与微生物进化》,微生物学年鉴。,54, 1, 641-679 (2000)
[18] 小伟。;Wan,I。;Jones,S.J。;Brinkman,F.S.,《岛屿之路:帮助检测原核生物中的基因组岛》,生物信息学,19,3,418-420(2003)
[19] 小伟。;Ung,K。;艾希里曼,D。;布莱恩,J。;芬利,B.B。;Brinkman,F.S.,与原核基因组岛相关的大型新基因库的证据,Plos Genet。,1、5、e62(2005)
[20] Jaron,K.S。;Moravec,J.C。;Martínková,N.,SigHunt:针对真核生物基因组优化的水平基因转移探测器,生物信息学,30,8,1081-1086(2014)
[21] Karlin,S.,《检测不同细菌基因组中的异常基因簇和致病岛》,《微生物趋势》。,335-343年9月7日(2001年)
[22] Karlin,S。;Mrazek,J.,《大肠杆菌基因组不同基因类别中密码子的使用》,《分子微生物学》。,1341-1355年6月29日(1998年)
[23] Kingsley,R.A。;Van Amsterdam,K。;北克莱默。;Baumler,A.J.,shdA基因仅限于肠道沙门氏菌亚种I的血清型,有助于有效和延长粪便脱落,感染。免疫。,68, 5, 2720-2727 (2000)
[24] Langille,M.G。;Brinkman,F.S.,IslandViewer:基因组岛计算识别和可视化的集成接口,生物信息学,25,5,664-665(2009)
[25] Langille,M.G。;小伟。;Brinkman,F.S.,使用比较基因组学方法评估基因组岛预测因子,BMC生物信息。,9, 329 (2008)
[26] Lawrence,J.G.,《病原体基因组策略中的共同主题》,Curr。操作。遗传学。Dev.,15,6,584-588(2005)
[27] Li,J.等人。;Tai,C。;邓,Z。;钟伟。;何毅。;Ou,HY.,VRprofile:基于基因聚类检测的致病细菌基因组序列中编码的毒力和抗生素耐药性特征的分析,Brief Bioninform。,19, 566-574 (2018)
[28] 曼森,J.M。;Gilmore,M.S.,《致病岛整合酶串扰:毒力调节的潜在新工具》,《分子微生物学》。,61, 3, 555-559 (2006)
[29] 米登多夫,B。;Hochhut,B。;Leipold,K。;多布林特,美国。;Blumoehler,G。;Hacker,J.,尿致病性大肠杆菌536中致病性岛的不稳定性,细菌学杂志。,186, 10, 3086-3096 (2004)
[30] Y.中村。;伊藤,T。;Matsuda,H。;Gojobori,T.,原核生物基因组中水平转移基因的偏倚生物功能,《自然遗传学》。,36, 7, 760-766 (2004)
[31] Ou,H.Y。;Chen,L.L。;詹姆斯·L。;乔杜里,R.R。;Bin,T.A。;Rebecca,S。;新泽西州加顿。;杰伊·H。;马克·P。;Barer,M.R.,通过比较分析密切相关细菌中tRNA位点的含量和背景来鉴定基因组岛的新策略,核酸研究,34,1,e3(2006)
[32] Ragan,M.A.,微生物基因组间横向基因转移的检测,Curr。操作。遗传学。Dev.,11,6,620-626(2001)
[33] Rainer,M.,SIGI:基于评分的基因组岛鉴定,BMC生物信息学,5,22(2004)
[34] 拉詹,I。;Aravamuthan,S。;Mande,S.S.,使用质心方法识别基因组中的成分差异区域,生物信息学。,23, 20, 2672-2677 (2007)
[35] Richter,W.D。;圣路易斯安那州。;Ahmadinezhad,H。;Stehlík,M.,正态性和球形稳健测试的几何方面(2017),随机分析与应用·Zbl 1361.62031号
[36] 桑德伯格,R。;温伯格,G。;布伦登,C.I。;Kaske,A。;I.恩伯格。;Cöster,J.,使用天真的贝叶斯分类器捕获短序列中的全基因组特征,《基因组研究》,11,8,1404-1409(2001)
[37] Shrivastava,S。;变更登记。;Mande,S.S.,INDeGenIUS,一种高通量鉴定完全测序生物体中特殊功能岛的新方法,J.Biosci。,35, 3, 351-364 (2010)
[38] 斯特利克,M。;圣路易斯安那州。;Thulin,M.,《关于化学计量学中正态性的稳健测试》,《化学》。智力。实验室系统。,130, 98-108 (2014)
[39] 齐里戈斯,A。;Rigoutsos,I.,检测水平基因转移事件的新计算方法,核酸研究,33,3,922-933(2005)
[40] Vernikos,G。;Parkhill,J.,用于识别水平获取DNA的内插可变序基序:重访沙门氏菌致病岛,生物信息学,22,18,2196-2203(2006)
[41] Vernikos,G.S。;Parkhill,J.,《解决基因组岛的结构特征:机器学习方法》,《基因组研究》,18,2,331-342(2008)
[42] 瓦克,S。;O.凯勒。;阿斯珀,R。;布罗达,T。;达姆,C。;弗里克,W.F。;Surovcik,K.公司。;梅尼克,P。;Merkl,R.,使用隐马尔可夫模型对原核生物基因组中基因组岛进行基于分数的预测,BMC Bioninform。,7142(2006年)
[43] 魏伟(Wei,W.)。;高,F。;杜,MZ。;Hua,HL。;Wang,J。;郭,FB。,Zisland Explorer:通过结合同质性和异质性属性检测基因组岛,Brief Bioninform。,18, 357-366 (2017)
[44] Yoon,S.H。;Hur,C.G。;Kang,H.Y。;Kim,Y.H。;哦,T.K。;Kim,J.F.,《识别原核基因组中致病性岛的计算方法》,BMC Bioninform。,6, 184 (2005)
[45] Yoon,S.H。;Park,Y.K。;Kim,J.F.,PAIDB v2.0:致病性和抗性岛的探索与分析,核酸研究,43,D624-D630(2015)
[46] Yoon,S.H。;Park,Y.K。;Lee,S。;Choi,D。;哦,T.K。;Hur,C.G。;Kim,J.F.,《走向病理组学:致病性岛的网络资源》,核酸研究,35,数据库,D395-D400(2007)
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