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华、林；李东国；林，惠；李，林；李霞；刘志成

特征KEGG通路中基因表达和共同调控基因模式的相关性。 （英语） 兹比尔1407.92048

J.西奥。生物。 266，第2期，242-249（2010）.
摘要：在当前的工作中，人们对基于染色体和途径的基因组学数据分析技术非常感兴趣，以了解疾病的机制。然而，很少有研究涉及机器学习方法在整合路径信息以分析微阵列数据方面的能力。在本文中，我们将随机森林中带外（OOB）的分类错误率与路径信息相结合来识别特征路径。在每个特征路径上，研究基因表达的相关性，并通过挖掘属性剖面（MAP）算法挖掘不同生物条件下的共调控基因模式。利用平均连锁层次聚类技术对发现的共调控基因模式进行聚类。结果表明，同一特征通路上的基因表达是近似的。此外，发现了两条具有共同调控基因模式特征的通路，其中一条含有108个模式，另一条含有一个模式。聚类分析结果表明，聚类的最小相似系数大于0.623，表明在相同的特征路径下，不同生物条件下的共同调控模式更接近。本文讨论的方法可以为微阵列数据的研究提供额外的见解。

MSC公司：

92C40型 生物化学、分子生物学
68吨10 模式识别、语音识别

关键词：

基因表达；基因模式；识别分类；KEGG途径

软件：

弗莱克斯集群；KEGG公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{L.Hua}等人，J.Theor。生物学报266，第242-249号（2010年；兹比尔1407.92048）
全文： DOI程序

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