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季国力;吴晓辉;沈英佳;黄，江阴;李庆顺

信使RNA多聚腺苷化位点的分类预测模型。 （英文） Zbl 1460.92157号

J.西奥。生物。 265，第3期，287-296（2010）.
信使RNA多聚腺苷酸化是真核基因表达过程中的重要加工步骤之一。聚腺苷酸化位点[（poly（A）site]标志着转录本的结束，也就是基因的结束。一个能够识别poly（A）位点的计算程序不仅将被证明对基因组注释在寻找基因末端方面有用，而且还可以预测其他poly（A）位点。现在可以从poly（A）站点数据集中提取定义poly（A）站点的特征来构建此类预测模型。利用K图模式、Z曲线、特定位置评分矩阵和一阶非齐次马尔可夫子模型等方法，生成了大量特征，并将其放置在原始特征空间中。为了选择最有用的特征，采用了信息增益和熵等属性选择算法。然后基于贝叶斯网络建立训练模型，确定最优特征子集。建立了与训练模型相对应的测试模型，以预测聚（A）位点拟南芥还有大米。因此，构建了一个称为Poly（a）位点分类器或PAC的预测模型。模型的唯一性在于其结构，每个子模型都可以被替换或扩展，而特征生成、选择和分类都是独立的过程。它的模块化设计使它很容易适应不同的物种或数据集。通过对多个数据集的测试，证明了该算法的高度特异性和敏感性，在最佳组合下，它们都达到了95%。该软件包可用于基因组注释和优化转基因结构。

引用于2文件

MSC公司：

92D20型 蛋白质序列，DNA序列

关键词：

拟南芥;基于分类的建模;基因组注释;聚腺苷化;预测建模

软件：

ProtIdent公司;哼-mPLoc;GPCR-GIA公司;GPCR-CA公司;位置传感器
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{G.Ji}等人，J.Theor。生物学265，第3期，287--296（2010；Zbl 1460.92157）
全文： 内政部

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