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陈国栋;曹，伙计;于佳林;郭新云;史少平

通过将六种特征合并到Chou的通用PseAAC中，对原核生物赖氨酸乙酰化位点进行预测和功能分析。 （英语） Zbl 1406.92172号

J.西奥。生物。 461, 92-101 (2019).
摘要：赖氨酸乙酰化是蛋白质翻译后修饰（PTM）最重要的类型之一，广泛参与细胞调节过程。为了充分了解乙酰化的调控机制，乙酰化位点的鉴定是首要也是最重要的。然而，蛋白质乙酰化位点的实验鉴定往往耗时且昂贵。因此，近年来通过计算方法预测PTM位点是很流行的。在这里，我们开发了一种新的方法ProAcePred 2.0，用于预测物种特异的原核赖氨酸乙酰化位点。在本研究中，我们采用一种有效的位置特异性分析策略信息获取方法来构建乙酰化肽的位置特异窗口，然后结合不同类型的特征，采用弹性网算法优化特征向量以进行模型学习。该预测模型得到了训练数据集中6个物种的接收机工作特性曲线值下的面积，分别为0.78、0.752、0.783、0.718、0.839和0.826大肠杆菌、谷氨酸棒杆菌、结核分枝杆菌、枯草芽孢杆菌、鼠伤寒沙门氏菌和嗜热土杆菌分别是。与使用独立测试数据集的其他方法相比，我们的方法对大多数物种具有高度竞争力。此外，功能分析表明，不同的生物体优先参与不同的生物过程和途径。本文的详细分析有助于我们进一步了解乙酰化机理，并为相关实验验证提供指导。ProAcePred 2.0的用户友好在线web服务可在以下网站免费获得：http://computbiol.ncu.edu.cn/PAPred.

引用于1文件

MSC公司：

92C40型 生物化学、分子生物学
92D20型 蛋白质序列，DNA序列

关键词：

信息增益;弹性网;翻译后修饰;预测器

软件：

综合布线;iRSpot-Pse6NC;iProt-Sub（iProt-Sub）;iPro54-PseKNC;戴维;前言;PLMLA公司;iHSP-PseRAAAC系统;iKcr-PseEns公司;iUbiq-Lys系统;iRSpot-PseDNC公司;Cd命中;iHyd-PseAAC公司;iDNA6mA-PseKNC公司;iSNO-PseAAC公司;iRNA心理健康;信号群邮件;iPromoter-2L型;iMethyl-PseAAC（异甲基苯丙酮）;iSNO-AAP航空公司;邻硝基-Tyr;pLoc-动物;iATC-mHyb公司;pLoc-m病毒
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\textit{G.Chen}等人，J.Theor。生物学461，92-101（2019；Zbl 1406.92172）
全文： 内政部

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