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沈洪斌;周国晨

Gneg-mPLoc：一种自上而下的策略，用于提高预测革兰氏阴性细菌蛋白亚细胞定位的质量。 （英语） Zbl 1406.92211号

J.西奥。生物学。 264，第2期，326-333（2010）.
摘要：通过结合基因本体、功能域和序列进化的信息，开发了一种新的预测因子Gneg-mPLoc。它可用于在以下八个位置鉴定革兰氏阴性细菌蛋白质：（1）细胞质，（2）细胞外，（3）菌毛，（4）鞭毛，（5）内膜，（6）核仁，（7）外膜，和（8）周质。它还可以用于处理查询蛋白可能同时存在于多个位置的情况。与最初的Gneg-PLoc预测器相比，新的预测器更加强大和灵活。对于一个新构建的严格基准数据集，其中包含的所有蛋白质都没有与同一子集（位置）中的任何其他蛋白质具有配对序列一致性，Gneg-mPLoc实现的总折刀成功率为85.5%，比Gneg-PLoc的相应成功率高出14%以上。作为一个用户友好的web服务器，Gneg-mPLoc可以在http://www.csbio.sjtu.edu.cn/bioinf/Gneg-multi/.

引用于16文件

MSC公司：

92C40型 生物化学、分子生物学
92立方37 细胞生物学
62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用；元分析

关键词：

复合蛋白;同源搜索;代表性蛋白质;基因本体;功能域;顺序进化;集成分类器;融合方法

软件：

Psortb公司;Pfam公司;Gneg mPLoc公司;欧盟-mPLoc;智能;哼-mPLoc;位置传感器
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\textit{H.-B.Shen}和\textit{K.-C.Chou}，J.Theor。生物学264，第2期，326--333（2010；Zbl 1406.92211）
全文： DOI程序

参考文献：

[1] 阿什伯恩，M。；鲍尔，C.A。；布雷克·J·A。；博茨坦，D。；巴特勒，H。；Cherry，J.M。；Davis，A.P。；Dolinski，K。；德怀特，S.S。；埃皮格，J.T。；Harris，医学硕士。；希尔，D.P。；Issel-Tarver，L。；Kasarskis，A。；刘易斯，S。；Matese，J.C。；理查德森·J·E。；M.Ringwald。；鲁宾，G.M。；Sherlock，G.，《基因本体论：生物学统一的工具》，《自然遗传学》。，25, 25-29 (2000)
[2] 卡蒙，E。；Magrane，M。；巴雷尔，D。；宾斯，D。；弗莱什曼，W。；科尔西，P。；Mulder，N。；Oinn，T。；马塞伦，J。；考克斯，A。；Apweiler，R.，基因本体注释（GOA）项目：GO在SWISS-PROT、TrEMBL和InterPro中的实施，基因组研究，13，662-672（2003）
[3] 陈，C。；Chen，L。；邹，X。；Cai，P.，利用周氏伪氨基酸组成概念和支持向量机预测蛋白质二级结构含量，protein Pept。莱特。，16, 27-31 (2009)
[4] Chou，K.C.，使用伪氨基酸成分预测蛋白质细胞属性，蛋白质：结构。功能。遗传学。，43，246-255（2001），（勘误表：同上，2001年，第44卷，第60页）
[5] Chou，K.C.，《综述：结构生物信息学及其对生物医学科学的影响》，Curr。医学化学。，11, 2105-2134 (2004)
[6] Chou，K.C.，《伪氨基酸组成及其在生物信息学、蛋白质组学和系统生物学中的应用》，Curr。蛋白质组学，6262-274（2009）
[7] Chou，K.C。；Zhang，C.T.，《综述：蛋白质结构类的预测》，《生物化学评论》。分子生物学。，30, 275-349 (1995)
[8] Chou，K.C。；Shen，H.B.，《革兰氏阴性细菌蛋白质亚细胞位置的大规模预测》，《蛋白质组研究杂志》，53420-3428（2006）
[9] Chou，K.C。；沈海波，大规模植物蛋白质亚细胞定位预测，细胞杂志。生物化学。，100, 665-678 (2007)
[10] Chou，K.C。；Shen，H.B.，Euk-mPLoc:通过合并多个位点进行大规模真核蛋白亚细胞定位预测的融合分类器，《蛋白质组研究》，第6期，1728-1734页（2007年）
[11] Chou，K.C。；沈海斌，《综述：蛋白质亚细胞定位预测的最新进展》，《分析》。生物化学。，370, 1-16 (2007)
[12] Chou，K.C。；Shen，H.B.，Cell PLoc:一个用于预测蛋白质在各种生物体中的亚细胞定位的网络服务器包，Nat.Protoc。，3, 153-162 (2008)
[13] 盖，T.M。；Hart，P.E.，最近邻模式分类，IEEE Trans。信息技术理论，13，21-27（1967）·Zbl 0154.44505号
[14] Denoeux，T.，基于Dempster-Shafer理论的k近邻分类规则，IEEE Trans。系统。人类网络。，25, 804-813 (1995)
[15] 丁，H。；罗，L。；Lin，H.，利用Chou的两亲性伪氨基酸成分预测细胞壁裂解酶，蛋白质肽Lett。，16, 351-355 (2009)
[16] 法夫尔，D。；Ngai，P.K。；Timmis，K.N.，嗜水气单胞菌的周质、宽特异性RNase与大肠杆菌真核核糖核酸酶家族，细菌J。，175, 3710-3722 (1993)
[17] R·D·芬恩。；Mistry，J。；Schuster-Bockler，B。；Griffiths-Jones，S。；Hollich，V。；拉斯曼，T。；Moxon，S。；马歇尔，M。；Khanna，A。；杜宾，R。；Eddy，S.R。；Sonnhammer，E.L。；贝特曼，A.，Pfam:部族，网络工具和服务，Nucleic。酸。Res.，34，D247-D251（2006年）
[18] Gardy，J.L。；Laird，M.R。；陈，F。；Rey，S。；沃尔什·C·J。；埃斯特，M。；Brinkman，F.S.，PSORTb v.2.0：细菌蛋白质亚细胞定位的扩展预测和从比较蛋白质组分析中获得的见解，生物信息学，21，617-623（2005）
[19] Gardy，J.L。；斯宾塞，C。；王凯。；埃斯特，M。；Tusnady，G.E。；西蒙，I。；华，S。；德费斯，K。；兰伯特，C。；Nakai，K。；Brinkman，F.S.，PSORT-B：改进革兰氏阴性菌的蛋白质亚细胞定位预测，核酸研究，31，3613-3617（2003）
[20] Gerstein，M。；桑顿，J.M.，《序列和拓扑》，当前。操作。结构。《生物学》，13，341-343（2003）
[21] Glory，E。；Murphy，R.F.，自动亚细胞定位和高通量显微镜，Dev.Cell，12，7-16（2007）
[22] Gonzalez-Diaz，H。；Gonzalez-Diaz，Y。；桑塔纳，L。；Ubeira，F.M。；Uriarte，E.，蛋白质组学，网络和连接指数，蛋白质组学，8，750-778（2008）
[23] Kedarisetti，K.D。；洛杉矶库根。；Dick，S.，《不同同源性蛋白质结构类预测的分类器集成》，《生物化学》。生物物理学。Res.Commun.公司。，348, 981-988 (2006)
[24] Letunic，I。；科普利，R.R。；桩，B。；平克特，S。；舒尔茨，J。；Bork，P.，SMART 5:基因组和网络背景下的域，核酸研究，34，D257-D260（2006）
[25] Lin，H.，利用周氏伪氨基酸成分预测外膜蛋白的改良马氏判别法，J.Theor。《生物学》，252350-356（2008）·Zbl 1398.92076号
[26] Loewenstein，Y。；雷蒙多，D。；加利福尼亚州雷德弗恩。；Watson，J。；弗里斯曼博士。；Linial，M。；奥伦戈，C。；桑顿，J。；Tramontano，A.，基于同源性推理的蛋白质功能注释，基因组。生物学，10207（2009）
[27] Marchler-Bauer，A。；安德森，J.B。；德比郡，M.K。；DeWeese-Scott，C。；新泽西州冈萨雷斯。；格瓦兹，M。；Hao，L。；He，S。；D.I.Hurwitz。；J.D.杰克逊。；Ke，Z。；Krylov，D。；Lanczycki，C.J。；Liebert，C.A。；刘，C。；卢·F。；卢，S。；Marchler，G.H。；Mullokandov，M。；Song，J.S。；Thanki，N。；山下，R.A。；尹建杰（音）。；张，D。；Bryant，S.H.，CDD：用于交互式域家族分析的保守域数据库，《核酸研究》，35，D237-D240（2007）
[28] Nakai，K.，蛋白质分类信号和亚细胞定位预测，高级蛋白质化学。，54, 277-344 (2000)
[29] Nakai，K。；Kanehisa，M.，预测革兰氏阴性菌中蛋白质定位位点的专家系统，蛋白质：结构。功能。遗传学。，11, 95-110 (1991)
[30] Nakai，K。；Horton，P.，PSORT：检测蛋白质中的分类信号并预测其亚细胞定位的程序，《趋势生物化学》。科学。，24, 34-36 (1999)
[31] Schaffer，A.A。；Aravind，L。；Madden，T.L。；沙维林，S。；斯普格，J.L。；Wolf，Y.I。；库宁，E.V。；Altschul，S.F.，《利用基于成分的统计数据和其他改进提高PSI-BLAST蛋白质数据库搜索的准确性》，《核酸研究》，29，2994-3005（2001）
[32] Shafer，G.，《证据的数学理论》（1976），普林斯顿大学出版社：普林斯顿大学出版，新泽西州普林斯顿·Zbl 0359.62002号
[33] Shen，H.B。；Chou，K.C.，Hum-mPLoc：一种集成分类器，用于通过合并多个位点的样本进行大规模人类蛋白质亚细胞位置预测，Biochem。生物物理学。Res.Commun.公司。，355, 1006-1011 (2007)
[34] Smith，C.，2008年。蛋白质和药物的亚细胞靶向性http://www.biocompare.com/Articles/TechnologySpotlight/976/Subcellular-Targeting-Of-Proteins-And-Drugs.html; Smith，C.，2008年。蛋白质和药物的亚细胞靶向性http://www.biocompare.com/Articles/TechnologySpotlight/97/Subcellular-Targeting-Of-Proteins-And-Drugs.html
[35] Tatusov，R.L。；Fedorova，N.D。；J.D.杰克逊。；雅各布斯，A.R。；基里尤廷，B。；Koonin，E.V。；Krylov，D.M。；Mazumder，R。；Mekhedov，S.L。；Nikolskaya，A.N。；Rao，B.S。；斯米尔诺夫，S。；斯维尔德洛夫公司。；Vasudevan，S。；Wolf，Y.I。；尹建杰（音）。；Natale，D.A.，COG数据库：更新版本包括真核生物，BMC Bioninform。，4, 41 (2003)
[36] 曾Y.H。；郭义忠。；肖瑞秋。；Yang，L。；Yu，L.Z。；Li，M.L.，J.Theor，使用增强的周伪氨基酸组成，基于自协方差方法预测蛋白质亚线粒体位置。生物学，259366-372（2009）·Zbl 1402.92193号
[37] 周国平，关于蛋白质结构类预测的有趣争议，蛋白质化学杂志。，17, 729-738 (1998)
[38] 邹哈尔，L.M。；Denoeux，T.，具有参数优化的证据理论K-NN规则，IEEE Trans。系统。人类网络。，28, 263-271 (1998)
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