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李，春；Yang，Yan（杨燕）；费文超；何平安；于小青；张德福；易树民；李学鹏；朱、金；王长忠；王志福

使用马尔可夫最大阶模型和支持向量机预测聚合酶链反应的成功。 （英语） Zbl 1406.92194号

J.西奥。生物。 369, 51-58 (2015).
摘要：聚合酶链式反应（PCR）被誉为二十世纪不朽的科学技术之一，并已成为许多领域中常见且往往不可或缺的技术。然而，研究人员仍然经常发现一些DNA模板很难用PCR进行扩增，尽管已经采取了多种措施来优化扩增。事实上，在过去的几十年里，PCR的实验过程一直是人们关注的焦点，而对DNA模板（PCR实验对象本身）的分析几乎被忽视。到目前为止，没有人能够确定是否可以使用传统的基于Taq DNA聚合酶的PCR协议简单地扩增DNA片段。因此，迫切需要对DNA模板进行表征，然后开发一种可靠而有效的方法来预测PCR反应的成功。
在本研究中，我们利用马尔可夫最大阶模型构造了一个48-D特征向量来表示DNA模板。然后使用支持向量机（SVM）帮助评估PCR结果。为了检验预测因子的预期成功率，采用了折刀交叉验证测试。我们的方法的总准确率达到93.12%，具有敏感性、特异性和电动机控制中心分别为94.68%、91.58%和0.863%。

MSC公司：

92C40型 生物化学、分子生物学
68T05型 人工智能中的学习和自适应系统
60J20型 马尔可夫链和离散时间马尔可夫过程在一般状态空间（社会流动、学习理论、工业过程等）上的应用

关键词：

放大器；DNA模板；马尔可夫链；聚合酶链反应；支持向量机

软件：

iRSpot-PseDNC公司；国际RSpot-TNCPseAAC；iSNO-PseAAC公司；伦敦银行支持向量机
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{C.Li}等人，J.Theor。生物志369，51-58（2015；兹比尔1406.92194）
全文： 内政部

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