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萨布丽娜·埃伦伯格;斯特凡·舒斯特;约翰·Wöstemeyer

模式合子菌中三孢加工蛋白序列、结构和功能的相关性粘液粘液. （英文） Zbl 1406.92454号

J.西奥。生物。 320, 66-75 (2013).
摘要：萜类、类固醇、类胡萝卜素、植物烯和其他化学相关物质基团在生物体的所有领域都具有多种功能。该分析侧重于在毛霉素合子菌的系统发育古真菌群中作为信息素发挥作用的三倍体。三孢子作为信息素，用于识别互补交配伙伴，并诱导分化程序形成有性孢子。通过氧化降解β-胡萝卜素合成三孢类化合物。在结构上，它们与哺乳动物中的维甲酸和维管植物中的脱落酸有关。为了评估参与三倍体结合的蛋白质之间的进化关系，并通过序列和结构比较检查识别功能相关蛋白质的可能性，我们比较了不同来源的代表性蛋白质。为了实现这个目标，我们计算了4-二氢甲基三孢脱氢酶（TSP1）和4-二氢三孢脱氢酶（TSP2）的三维结构，这两种参与三孢酸合成的蛋白质与它们对模式合子菌的催化功能明确相关粘液毛霉TSP1是一种具有TIM结构的醛酮还原酶，TSP2属于短链脱氢酶，具有Rossmann折叠特征。显然，功能保守性，甚至意味着一个生物体内酶的底物非常相似和共底物完全相同，结果证明它基本上独立于基本蛋白质结构。通过对接研究确定了蛋白质中NADP和三孔配体的结合位点，揭示了那些影响底物特异性的区域。尽管氨基酸序列和三级结构存在显著差异，但TSP1和TSP2活性位点周围的表面具有可比性。确定了两个结合区域，一个是空间开放的，另一个是封闭的。与TSP1相反，TSP2的所有对接模型都将三孔体放置在第二个类似通道的区域。

MSC公司：

92D20型 蛋白质序列，DNA序列
92C40型 生物化学、分子生物学

关键词：

蛋白质-配体对接;维甲酸;性发育;结构预测;三孢酸

软件：

奇梅拉;ESyPred3D;PSI-爆炸;爆炸;自动停靠;EMBOS公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{S.Ellenberger}等人，J.Theor。生物.320，66-75（2013；Zbl 1406.92454）
全文： 内政部

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