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pLocüu bal-mGneg:通过准平衡训练数据集和通用PseAAC预测革兰氏阴性细菌蛋白质的亚细胞定位。(英语) Zbl 1406.92173
摘要:分子细胞生物学中最热门的课题之一是确定来自不同生物体的蛋白质的亚细胞定位。这是因为它对基础研究和药物开发都至关重要。最近,一种称为pLoc-mGneg的预测因子被开发出来,用于鉴定革兰氏阴性细菌蛋白质的亚细胞定位。它的性能比其他预测因子的性能要好得多,特别是在处理多标记系统时,其中一些被称为“多重蛋白质”的蛋白质可能同时出现在两个或多个亚细胞位置。虽然这确实是一个非常有力的预测因素,但仍需进一步努力来进一步改进。这是因为pLoc-mGneg是由一个非常倾斜的数据集训练的,其中一些子集(亚细胞位置)大约是其他子集大小的5到70倍。因此,它无法避免这种不均匀的训练数据集所造成的偏差后果。为了减轻这种后果,我们通过准平衡训练数据集,开发了一种新的减少偏差的预测因子pLoc \(-\)bal mGneg。在完全相同的实验证实的数据集上的交叉验证测试表明,所提出的新预测因子在识别革兰氏阴性细菌蛋白质亚细胞定位方面明显优于现有的最新预测因子pLoc-mGneg。为了最大限度地方便大多数实验科学家,我们在http://www.jci-bioinfo.cn/pLoc_bal-mGneg/,用户无需进行详细的数学运算,就可以很容易地得到他们想要的结果。

理学硕士:
92C40型 生物化学、分子生物学
92C37型 细胞生物学
第62页 统计学在生物学和医学科学中的应用;荟萃分析
PDF格式 BibTeX公司 XML 引用
全文: 内政部
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