布拉德利·沃利;弗洛伦特·德尔霍梅尔;科迪尔，佛罗伦萨;Thérèse E.马利亚文。;本杰明·巴迪奥;尼古拉斯·沃尔夫;迈克尔·尼尔斯;卡莱尔·拉沃尔;利贝蒂，利奥 调整区间分支和修剪以确定蛋白质结构。 （英语） Zbl 1422.92109号 J.全球。最佳方案。 72，第1号，109-127（2018）. 摘要：获得区间离散分子距离几何问题（i）DMDGP解的区间分支和剪枝BP算法已经证明是一种确定分子结构的强大方法。然而，在将BP用作现有结构确定算法的易处理通用替代方法之前，仍需克服大量障碍。这项工作引入了（i）BP算法的一种迭代变体，该算法利用蛋白质结构的现有知识，以将有效搜索空间的大小减少许多数量级。这些改进包括在最新发布的BP软件实现中，该软件旨在为DMDGP的研究和应用提供一个坚实的平台。 引用于12文件 MSC公司： 第92天20分 蛋白质序列，DNA序列 92-08 生物学问题的计算方法 关键词：距离几何图形;蛋白质结构;核磁共振;枝条和梅干 软件：查姆;中枢神经系统;iBP公司;咏叹调;Xplor-NIH公司 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{B.Worley}等人，J.Glob。最佳方案。72，编号1，109--127（2018；Zbl 1422.92109） 全文： 内政部 哈尔 参考文献： [1] 伯克霍尔茨，DS；滴头，CM；MV沙波瓦洛夫；邓布雷克，RL；Karplus、PA、非平面肽键是常见且保守的，但不偏向活性位点，Proc。国家。阿卡德。科学。美国，109449-453，（2012）·doi:10.1073/pnas.1107115108 [2] 布鲁克斯，BR；抹灰，RE；奥拉夫森，BD；州，DJ；斯瓦米纳坦，S。；Karplus，M.，CHARMM：高分子能量、最小化和动力学计算程序，J.Compute。化学。，4, 187-217, (1983) ·doi:10.1002/jcc.540040211文件 [3] AT Brünger；亚当斯，PD；通用汽车公司Clore；德拉诺，WL；格罗斯，P。；格罗塞·昆斯特里夫，RW；江，JS；Kuszewski，J。；Nilges，M。；潘努，NS；读，RJ；水稻，LM；Simonson，T。；Warren，GL，《晶体学和核磁共振系统：高分子结构测定的新软件套件》，Acta Cryst。，D54905-921（1998） [4] AT Brünger；Nilges，M.，通过X射线晶体学和溶液NMR光谱测定大分子结构的计算挑战，Q.Rev.Biophys。，26, 49-125, (1993) ·doi:10.1017/S0033583500003966 [5] Cassioli，A。；Bardiaux，B。；Bouvier，G。；Mucherino，A。；阿尔维斯，R。；自由，L。；Nilges，M。；拉沃尔，C。；Malliavin，TE，一种枚举所有可能的蛋白质构象的算法，用于验证一组距离约束，BMC Bioninform。，16, 23-37, (2015) ·doi:10.1186/s12859-015-0451-1 [6] Cassioli，A。；Günlük，O。；拉沃尔，C。；Liberti，L.，距离几何中的离散化顶点顺序，离散应用。数学。，197, 27-41, (2015) ·Zbl 1321.05029号 ·doi:10.1016/j.dam.2014.08.035 [7] 科斯塔，V。；Mucherino，A。；拉沃尔，C。；卡西奥利，A。；卡瓦略，LM；Maculan，N.，蛋白质侧链的离散化顺序，J.Glob。最佳。，60, 333-349, (2014) ·Zbl 1312.90069号 ·doi:10.1007/s10898-013-0135-1 [8] 吉尔·卡巴列罗，S。；法维尔，A。；Brutscher，B.、HNCA（+）、HNCO（+）和HNCACB（+）实验：通过同时检测正交相干转移路径提高性能，J.Biomol。核磁共振，60，1-9，（2014）·数字对象标识代码：10.1007/s10858-014-9847-x [9] 贡卡尔维斯，DS；Mucherino，A。；拉沃尔，C。；Liberti，L.，区间距离几何问题的最新进展，J.Glob。最佳。，63, 1-21, (2017) ·Zbl 1382.90084号 [10] 海因森，K。；胡，S。；克内勒，GR；Niemi，AJ，《描述蛋白质结构的简化坐标集的比较》，J.Chem。物理学，139124115，（2013）·doi:10.1063/1.4821598 [11] Ikura，M。；凯，LE；Bax，A.，蛋白质的（^1）H、（^{13}）C和（^{15}）N光谱序列分配的新方法：异核三量子共振三维核磁共振谱。钙调素的应用，生物化学，15，4659-4667，（1990）·doi:10.1021/bi00471a022 [12] 拉沃尔，C。；阿尔维斯，R。；Figueiredo，W。；Petraglia，A。；Maculan，N.，Clifford代数和可离散的分子距离几何问题，高级应用。克利福德代数，25925-942，（2015）·Zbl 1327.15052号 ·doi:10.1007/s00006-015-0532-2 [13] 拉沃尔，C。；自由，L。；Mucherino，A.，具有不精确距离的可离散分子距离几何问题的区间Branch-and-Prune算法，J.Glob。最佳。，56, 855-871, (2013) ·兹比尔1272.90074 ·doi:10.1007/s10898-011-9799-6 [14] Lescop，E。；Schanda，P。；Brutscher，B.，一组用于时间优化蛋白质共振分配的最佳三重共振实验，J.Magn。资源。，187, 163-169, (2007) ·doi:10.1016/j.jmr.2007.04002 [15] 莱维特，M.H.：《自旋动力学：核磁共振基础》。威利，纽约（2008） [16] 自由，L。；拉沃尔，C。；北马库兰。；Mucherino，A.，欧几里德距离几何和应用，SIAM Rev.，56，3-69，（2014）·Zbl 1292.51010号 ·doi:10.1137/120875909 [17] Liberti，L.，Lavor，C.，Mucherino，A.：蛋白质上的离散分子距离几何问题似乎更容易，第47-60页。施普林格，纽约（2013）·Zbl 1366.92094号 [18] Mucherino，A.，Lavor，C.，Liberti，L.，Maculan，N.：通过离散方法寻找低能量均聚物构象。参加：2012年全球优化研讨会，Natal（2012） [19] 拉马钱德兰，GN；罗马克里希南，C。；Sasisekharan，V.，多肽链构型的立体化学，分子生物学杂志。，7, 95-99, (1963) ·doi:10.1016/S0022-2836（63）80023-6 [20] 西里平。；哈贝克，M。；Bardiaux，B。；伯纳德，A。；Malliavin，TE；Nilges，M.，ARIA2:核磁共振结构计算中的自动NOE分配和数据集成，生物信息学，23，381-382，（2007）·doi:10.1093/bioinformatics/btl589 [21] 罗萨托，A。；瓦兰肯，W。；雾，右侧；拉根，TJ；特杰罗，R。；Pederson，K。；Lee，HW；普雷斯特加，JH；Yee，A。；吴，B。；Lemak，A。；霍利斯顿，S。；阿罗史密斯，CH；M.肯尼迪。；阿克顿，结核病；Xiao，R。；刘，G。；蒙特利奥内，GT；Vuister，GW，第二轮核磁共振蛋白质自动结构测定的关键评估：CASD-NMR-2013，生物分子杂志。核磁共振，622728-2733，（2013） [22] Schwieters，CD；JJ库什夫斯基；北加德拉。；Clore，GM，The Xplor-NIH NMR分子结构测定软件包，J.Magn。资源。，160, 66-74, (2003) ·doi:10.1016/S1090-7807（02）00014-9 [23] 沈毅。；Bax，A.，《利用人工神经网络从核磁共振化学位移预测蛋白质主链和侧链扭转角》，J.Biomol。核磁共振，56227-241，（2013）·doi:10.1007/s10858-013-9741-y [24] 汤普森，HB，《从分子内坐标计算笛卡尔坐标及其导数》，J.Chem。物理。，47, 3407-3410, (1967) ·doi:10.1063/1.1712406 [25] Vuister，GW；Bax，A.，《定量J相关性：测量富氮蛋白质中同核三键（J_{HN{H\alpha}}）偶联常数的新方法》，美国化学杂志。Soc.，115，7772-7777，（1993年）·doi:10.1021/ja00070a024 [26] 韦纳，PK；宾夕法尼亚州科尔曼（Kollman，PA，AMBER）：通过能源优化辅助建模。模拟分子及其相互作用的通用程序，J.Compute。化学。，2, 287-303, (1981) ·doi:10.1002/jcc.540020311 [27] Wüthrich，K.：蛋白质和核酸的核磁共振。威利，纽约（1986） 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。