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西坎德·哈亚特；公园，永基；沃尔克哈德·赫尔姆斯

跨膜β-桶残留物的统计分析和暴露状态分类。 （英语） Zbl 1403.92204号

计算。生物化学。 35，第2期，96-107（2011）.
摘要：有几种计算方法可用于从序列中鉴定跨膜β-桶蛋白（TMB）。其中一些方法还提供了假定TMB的跨膜（TM）边界。本研究的目的是（1）推导TM残基暴露于脂质双层的倾向，（2）预测TMB残基的暴露状态（即暴露于双层或隐藏在蛋白质结构中）。针对外膜（OM）疏水核心区的TMB残基、OM的脂质-水界面区和内膜（IM）脂质-水接口区的螺旋膜蛋白（HMP）残基，分别导出了三种新的倾向量表，即BTMC、BTMI和HTMI。导出了单体和功能齐聚TMB的单独倾向标度。导出的倾向反映了各自膜双层区域的不同物理化学性质，并用于计算TMB残留物暴露状态的预测方法。基于这些倾向、守恒指数和残留物的频率分布，跨膜残留物分为埋藏/暴露残留物，膜芯和界面残留物准确度分别为77.91%和80.42%。还讨论了从AAIndex数据库中获得的衍生标度与不同物理化学性质的相关性。有关残余倾向和埋藏状态的知识将有助于注释未知结构的假定TMB。

MSC公司：

92D20型 蛋白质序列，DNA序列
第62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用；元分析

关键词：

跨膜β-桶蛋白；暴露状态；倾向量表

软件：

TMB专业；AA索引；AL2CO公司；ClustalW公司；MPRAP公司；对
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{S.Hayat}等人，计算。生物化学。35，第2号，96-107（2011；Zbl 1403.92204）
全文： 内政部

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