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欧玉燕;米歇尔·格罗米哈;陈淑安;马基科·苏瓦

TMBETADISC-RBF：利用RBF网络和PSSM图谱鉴别β-桶膜蛋白。 （英语） Zbl 1403.92218号

计算。生物化学。 32，第3号，227-231（2008）.
摘要：区分外膜蛋白（OMP）与其他折叠类型的球状和膜蛋白是从基因组序列中识别OMP以及成功预测其二级和三级结构的重要任务。我们开发了一种基于径向基函数网络和PSI-BLAST和非冗余蛋白质数据库生成的位置特异性评分矩阵（PSSM）图谱的方法。我们的PSSM图谱方法在1251个蛋白质组中正确预测了OMP，交叉验证的准确率为96.4%，其中包含206个OMP、667个球状蛋白和378个（{α}）螺旋内膜蛋白。此外，我们将我们的方法应用于包含114个OMP、187个TMH蛋白和195个球状蛋白的数据集，获得的序列一致性小于20%，并且获得了95%的交叉验证准确度。这种识别OMP的准确性高于文献中的其他方法，我们的方法可以作为一种有效的工具用于从基因组序列中分离OMP。我们开发了一个预测服务器TMBETADISC-RBF，可在http://rbf.bioinfo.tw/sachen/OMP.html.

MSC公司：

92D20型 蛋白质序列，DNA序列

关键词：

外膜蛋白;歧视;径向基函数;PSSM配置文件

软件：

产品模板;防喷器;TMB-狩猎;PSI-爆炸;爆炸;LOCSVMPSI公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{Y.-Y.Ou}等人，计算。生物化学。32，第3号，227--231（2008；Zbl 1403.92218）
全文： 内政部

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