×

遗传学在统计生态学中的一些应用。 (英语) Zbl 1443.62379号

概述:遗传数据在生态研究中得到了广泛的应用,对这类数据及其使用和解释的理解将很快成为生态统计学家的当务之急。在这里,我们为之前没有遗传学知识的统计学家介绍了这一主题。尽管有许多类型的遗传数据,但我们将注意力局限于来自微卫星基因座的多点基因型数据。我们着眼于两个广泛应用的应用领域:使用遗传分配和相关技术调查种群结构;并在捕获再捕获研究中使用基因型数据来估计人口规模和人口统计学参数。在每种情况下,我们概述了概念框架,并提请注意现有分析和解释方法的优缺点。

MSC公司:

62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用;元分析
92D40型 生态学
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
全文: 内政部

参考文献:

[1] 亚利桑那州亚当斯;Heezik,Y;迪金森,KJM;Robertson,BC,《确定入侵哺乳动物有害生物物种的根除单位》,Biol。《入侵》,第16期,1481-1496页,(2014年)
[2] 欧共体安德森;波纹,RS;Kalinowski,ST,预测遗传群体鉴定准确性的改进方法,加拿大。J.鱼类。阿奎特。科学。,65, 1475-1486, (2008) ·doi:10.1139/F08-049
[3] Bagasra,A;内森,HW;米切尔,理学硕士;罗素,JC,用系统生物标记物追踪侵入性大鼠运动,N.Z.J.Ecol。,40, 267-272, (2016) ·doi:10.20417/nzjecol.40.29
[4] 巴克,RJ;斯科菲尔德,MR;赖特,JA;弗兰茨,AC;Stevens,C,《一次提取一个样本的封闭人群捕获-再捕获建模》,《生物计量学》,70775-782,(2014)·Zbl 1393.62052号 ·doi:10.1111/biom.12241
[5] 波杜因,L;Lebrun,P,《使用分子标记鉴定有性繁殖交叉受精群体的贝叶斯操作方法》,《荷尔茨学报》。,546, 81-94, (2001) ·doi:10.17660/ActaHortic.2001.546.5
[6] Bell,E.A.,Bell,B.D.,Merton,D.:大南角的遗产:老鼠入侵对老鼠的消灭。N.Z.J.经济。40, 205-211 (2016)
[7] Bravington,M.V.、Grewe,P.G.、Davies,C.R.:通过使用遗传标记鉴定近亲,对南部蓝鳍金枪鱼产卵生物量进行渔业独立评估。FRDC报告2007/034,澳大利亚联邦科学与工业研究组织(2014)
[8] M.V.Bravington、H.J.Skaug、E.C.Anderson:近亲标记重新捕获。统计师。科学。31, 259-274 (2016) ·Zbl 1442.62287号
[9] 卡罗尔,EL;新泽西州帕特诺;儿童之家,SJ;克劳斯,SD;费斯特,RM;Baker,CS,《新西兰亚南极南露脊鲸种群丰度的光识别和基因型标记再捕获估算》,Mar.Biol。,158, 2565-2575, (2011) ·doi:10.1007/s00227-011-1757-9
[10] 卡罗尔,EL;儿童之家,SJ;费斯特,RM;新泽西州帕特诺;钢,D;邓谢,G;博伦,L;Baker,CS,《在超级种群捕获-再捕获框架中计算雌性生殖周期:对南方露脊鲸的应用》,Ecol。申请。,23, 1677-1690, (2013) ·doi:10.1890/12-1657.1
[11] 卡罗尔,EL;布鲁克斯,L;贝克,CS;伯恩斯,D;Garrigue,C;豪泽,N;JA杰克逊;普尔,MM;Fewster,RM,评估捕获-再捕获研究的设计和功效,以估计濒危大洋洲座头鲸种群的人口统计学参数,Endanger。物种研究,28,147-162,(2015)·doi:10.3354/esr00686
[12] 查普斯,M-P;Estoup,A,微卫星缺失等位基因和群体分化估计,分子生物学。演变。,24, 621-631, (2007) ·doi:10.1093/molbev/msl191
[13] 埃文诺,G;Regnaut,S;Goudet,J,使用软件STRUCTURE:a simulation study检测个体簇数,Mol.Ecol。,14, 2611-2620, (2005) ·doi:10.1111/j.1365-294X.2005.02553.x
[14] Evett,I.,Weir,B.:解读DNA证据:法医科学家的统计遗传学。桑德兰西诺(1998)
[15] 费斯特,RM;米勒,SD;Ritchie,J;Veitch,CR(编辑);Clout,MN(编辑);Towns,DR(编辑),DNA分析——消灭老鼠的管理工具,430-435,(2011年),《腺体》
[16] Frankham,R,《野生动物的有效种群规模/成年种群规模比率:综述》,Genet。决议,66,95-107,(1995)·doi:10.1017/S0016672300034455
[17] 胡尔森贝克,JP;Andolfatto,P,狄利克雷过程模型下的种群结构推断,遗传学,1751787-1802,(2007)·doi:10.1534/genetics.106.061317
[18] 雅各布,HJ;棕色,DM;煤仓,RK;Daly,MJ;Dzau,VJ;古德曼,A;Koike,G;克伦,V;科茨,T;勒恩马克,奥;莱文,G;毛,Y-P;彼得森,A;Pravenec,M;西蒙,JS;Szpirer,C;Szpirer,J;Trolliet,MR;Winer,ES;Lander,ES,实验鼠的遗传连锁图,褐家鼠、《国家遗传学》。,9, 63-69, (1995) ·doi:10.1038/ng0195-63
[19] Kalinowski,S.T.、Manlove,K.R.、Taper,M.L.:ONCOR:基因库鉴定的计算机程序,v.2。http://www.montana.edu/kalinowski/Software/ONCOR.htm。蒙大拿州立大学生态系,美国波兹曼(2008年)
[20] 华盛顿州Link;吉崎骏,J;Bailey,法学博士;Pollock,KH,《发现潜在多项式:识别错误的标记重捕获数据分析》,《生物统计学》,66178-185,(2010)·Zbl 1187.62193号 ·文件编号:10.1111/j.1541-0420.2009.01244.x
[21] Luikart,G;莱曼,N;DA塔尔蒙;MK施瓦茨;Allendorf,FW,《人口普查和有效人口规模估算:基于DNA的方法的日益有用》,《保护》。遗传学。,11, 355-373, (2010) ·doi:10.1007/s10592-010-0050-7
[22] 卢卡奇,PM;Burnham,KP,《利用基于DNA的闭合捕获-再捕获数据结合基因分型误差估算种群规模》,J.Wildl。管理。,69, 396-403, (2005) ·doi:10.2193/0022-541X(2005)069<0396:EPSFDC>2.0.CO;2
[23] 英国电信公司麦克林托克;Bailey,法学博士;英国石油公司Dreher;Link,WA,受不完美检测、个体异质性和错误识别影响的捕获-再捕获数据的Probit模型,Ann.Appl。统计,82461-2484,(2014)·Zbl 1454.62364号 ·doi:10.1214/14-AOAS783
[24] McMillan,L.F.,Fewster,R.M.:使用鞍点近似法可视化分配测试的遗传分布(综述中)
[25] 米勒,SD;麦金纳斯,HE;费斯特,RM;汤姆森,DL(编辑);Cooch,EG(编辑);Conroy,MJ(编辑),《检测无形移民:应用遗传方法估算移民率》,第3期,417-437,(2009),柏林·doi:10.1007/978-0-387-78151-8_18
[26] 奥的斯,DL;KP伯纳姆;白色,GC;Anderson,DR,从封闭动物种群捕获数据的统计推断,Wildl。单体。,62, 3-135, (1978) ·Zbl 0424.62077号
[27] Paetkau,D;Strobeck,C,黑熊种群遗传变异的微卫星分析,摩尔生态。,3, 489-495, (1994) ·doi:10.1111/j.1365-294X.1994.tb00127.x
[28] Paetkau,D;斯莱德,R;负荷,M;Estoup,A,直接实时估计迁移率的遗传分配方法:基于模拟的精度和功率探索,摩尔生态。,13, 55-65, (2004) ·doi:10.1046/j.1365-294X.2004.02008.x
[29] 佩拉,J;Masuda,M,The Gibbs and split-merge sampler for population mixture analysis from genetic data with complete baselines,加拿大。J.菲什。阿奎特。科学。,63, 576-596, (2006) ·doi:10.1139/f05-224
[30] 皮里,S;阿拉佩蒂,A;科努埃,J-M;Paetkau,D;波杜因,L;Estoup,A,Geneclass2:基因分配和第一代移民检测软件,J.Hered。,95, 536-539, (2004) ·doi:10.1093/jhered/esh074
[31] 蓬帕农,F;博宁,A;Bellemain,E;Taberlet,P,《基因分型错误:原因、后果和解决方案》,《自然遗传学评论》。,6, 847-859, (2005) ·数字对象标识代码:10.1038/nrg1707
[32] 普里查德,JK;斯蒂芬斯,M;唐纳利,P,利用多点基因型数据推断人口结构,遗传学,155945-959,(2000)
[33] Rannala,B;Mountain,JL,利用多点基因型检测移民,Proc。国家。阿卡德。科学。美国,949197-9201,(1997)·doi:10.1073/pnas.94.17.9197
[34] 罗宾斯,JH;米勒,SD;罗素,JC;佐治亚州哈珀;费斯特,RM,大南角岛的老鼠是从哪里来的?,N.Z.J.经济。,40, 229-234, (2016) ·doi:10.20417/nzjecol.40.26
[35] Rousset,F,Genepop’007:windows和Linux的Genepop软件的完全重新实现,Mol.Ecol。资源。,8, 103-106, (2008) ·文件编号:10.1111/j.1471-8286.2007.01931.x
[36] Russell,J.C.,Fewster,R.M.:估算有效人口规模的连锁不平衡方法评估。摘自:Thomson,D.L.,Cooch,E.G.,Conroy,M.J.(编辑)《标记人群中人口统计过程建模》,第291-320页。《环境与生态统计系列》,第3卷。柏林施普林格出版社(2009)
[37] 罗素,JC;DR城镇;安德森,SH;克洛特,明尼苏达州,《拦截上岸的第一只老鼠》,《自然》,4371107,(2005)·doi:10.1038/4371107a
[38] 罗素,JC;米勒,SD;佐治亚州哈珀;麦金纳斯,HE;MJ Wylie;少人、RM、幸存者还是驯鹿?使用基因分配来识别根除后的入侵害虫,Biol。入侵,121747-1757,(2010)·doi:10.1007/s10530-009-9586-1
[39] 斯科菲尔德,MR;Bonner,SJ,连接潜在多项式,生物统计学,711070-1080,(2015)·Zbl 1419.62436号 ·doi:10.1111/biom.12333
[40] Taberlet,P;Luikart,G,《非侵入性遗传取样和个体识别》,《生物学》。J.林恩。《社会学杂志》,68,41-55,(1999)·doi:10.1111/j.1095-8312.1999.tb01157.x
[41] 淡水河谷,RTR;费斯特,RM;卡罗尔,EL;Patenaude,NJ,识别错误的捕获-再捕获数据模型(M_{t,α})的最大似然估计,生物统计学,70962-971,(2014)·Zbl 1393.62104号 ·doi:10.1111/biom.12195
[42] 韦亚尔,AJ;边缘,K-A;McMurtrie,P;费斯特,RM;克洛伊特,明尼苏达州;Gleeson,DM,使用遗传技术量化控制操作期间的再灌注、存活和原位繁殖率,摩尔生态。,22, 5071-5083, (2013) ·doi:10.1111/mec.12453
[43] Weir,B.S.:遗传数据分析II。森德兰西诺(1996)
[44] 维基百科:按性别比例列出的国家。维基百科(2015)。http://en.wikipedia.org/wiki/List_of_countries_by_sex_ratio
[45] JA赖特;巴克,RJ;斯科菲尔德,MR;AC弗兰茨;拜伦,AE;Gleeson,DM,《将基因型不确定性纳入标记-再捕获型模型以使用DNA样本估计丰度》,生物统计学,65,833-840,(2009)·Zbl 1172.62067号 ·doi:10.1111/j.1541-0420.2008.0165.x
[46] 吉崎骏,J;布朗尼,C;波洛克,KH;华盛顿州林克,《捕获再捕获研究中使用基因标签导致的建模错误识别》,环境。经济。统计,18,27-55,(2011)·doi:10.1007/s10651-009-0116-1
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。