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菲德尔·巴雷拉·克鲁兹;克莉丝汀·海奇;斯维特拉纳·波兹纳诺维奇

关于RNA分支多表位的结构。 （英语） Zbl 1401.92153号

SIAM J.应用。代数几何。 2，3号，444-461（2018）.
摘要：目前流行的预测单个序列RNA二级结构的方法是基于最近邻热力学模型（NNTM）的自由能最小化。模型中最不完善的部分之一是分配给多分支回路的能量函数。可以进行参数分析，以阐明预测对NNTM中使用的分支参数的依赖性。由于目标函数是线性的，这归结为分析分支多胞体的正规扇形。这里我们表明，由于NNTM下多分支循环的计分方式，所有序列都可能存在某些分支模式。我们通过描述通过查看正常风扇的相关部分获得的参数空间的主要部分来实现这一点；因此，我们得出结论，自然界中通常存在的结构是通过相对较小的参数集获得的。

MSC公司：

92D20型 蛋白质序列，DNA序列

关键词：

RNA二级结构;多面体;多分支回路;参数优化

软件：

uShuffle（洗牌）;NNDB公司;百万倍
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{F.Barrera-Cruz}等人，SIAM J.Appl。代数几何。2，第3号，444--461（2018；Zbl 1401.92153）
全文： DOI程序 arXiv公司

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