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病例对照和仅病例设计中基因-环境相互作用的稳健测试。 (英语) Zbl 1469.62175号

摘要:病例对照和仅病例设计常用于检测基因-环境(G-E)相互作用。原则上,基于这两种设计的测试需要预先指定的遗传模型,以达到检测G-E相互作用的预期能力。不幸的是,对于大多数复杂疾病来说,潜在的遗传模型尚不清楚。众所周知,遗传模型的特异性错误会导致检测主要遗传效应的能力大幅下降。然而,对G-E相互作用的研究却投入了有限的精力。本文对这一问题进行了研究,得出的结论是,遗传模型的错误特异性不仅会削弱在病例对照和仅病例设计中检测G-E相互作用的能力,而且会扭曲病例对照设计中的I型错误率。为了解决这个问题,针对案例控制和仅案例设计提出了一类鲁棒测试,即MAX3。所提出的测试可以很好地控制I型错误率,即使在遗传模型出现错误时也能产生令人满意的效果。还导出了MAX3的渐近分布和p值公式。使用这些分析工具对全基因组关联研究(GWAS)进行了全面的模拟研究和实际数据应用,结果表明所提议的稳健测试具有良好的操作特性。

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62-08 统计学相关问题的计算方法
第62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用;元分析

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参考文献:

[1] Armitage,P.,《比例和频率线性趋势测试》,《生物计量学》,第11期,第375-386页,(1955年)
[2] Boonstra,P.S。;穆克吉,B。;Gruber,S.B。;Ahn,J。;施密特,S.L。;Chatterjee,N.,《基因-环境相互作用和暴露误分类联合效应测试》,美国流行病学杂志。,183, 237-247, (2016)
[3] 弗赖德林,B。;郑庚。;Gastwirth,J.L.,遗传标记病例对照研究的趋势检验:功效、样本量和稳健性,Hum.Hered。,53, 3, 146-152, (2002)
[4] Gillespie,J.,《人口遗传学:简明指南》,(2004),约翰·霍普金斯大学
[5] Gonzalez,J.R。;Carrasco,J.L。;Dudbridge,F。;Armengol,L。;Estivill,X。;Moreno,V.,最大化遗传模型的关联统计,Genet。流行病。,32,3246-254,(2008年)
[6] Hunter,D.J.,《人类疾病中的基因-环境相互作用》,《自然遗传学评论》。,6, 287-298, (2005)
[7] Lee,S。;吴,M。;Lin,X.,测序关联研究中罕见变异效应的最佳测试,生物统计学,13762-775,(2012)
[8] 李,B。;Leal,S.M.,《检测常见疾病罕见变异相关性的方法:应用于序列数据分析》,美国人类遗传学杂志。,83, 311-321, (2008)
[9] 马德森,B.E。;Browning,S.R.,使用加权和统计对罕见突变进行分组关联测试,PLos Genet。,5,e1000384,(2009)
[10] 马里兰州马里戈塔。;Gibson,G.,GWAS中基因-环境相互作用的模拟研究暗示了大量的隐藏效应,Front。遗传学。,5, 225, (2014)
[11] 穆克吉,B。;Ahn,J。;Gruber,S.B。;Chatterjee,N.,《在大规模病例对照关联研究中测试基因与环境的相互作用:可能的选择和比较》,美国流行病学杂志。,175, 177-190, (2012)
[12] Piegorsch,W.W。;温伯格,C.R。;Taylor,J.,《基于人群的病例对照研究中评估易感性的非层次逻辑模型和仅病例设计》,Stat.Med.,13,153-162,(1994)
[13] 北罗斯曼。;Garcia-Closas,M。;Chatterjee,N.,《膀胱癌多阶段全基因组关联研究确定多个易感基因座》,《自然遗传学》,42,11,978-984,(2010)
[14] Sasieni,P.D.,《从基因型到基因:样本量翻倍》,生物计量学,531253-1261,(1997)·Zbl 0931.62099号
[15] 施密特,S。;Schaid,D.J.,评估基因-环境相互作用的个案研究的潜在误解,美国流行病学杂志。,150, 878-885, (1999)
[16] Umbach,D.M。;Weinberg,C.R.,《设计和分析病例对照研究以利用基因型和暴露的独立性》,《统计医学》,第16期,第1731-1743页,(1997年)
[17] 王凯。;Sheffield,V.C.,《标记-性状关联研究的约束-似然方法》,美国遗传学杂志。,77, 5, 768-780, (2005)
[18] 吴,M.C。;Lee,S。;蔡,T。;李毅。;Boehnke,M。;Lin,X.,利用序列核关联测试对测序数据进行Rare-variant关联测试,美国遗传学杂志。,89, 82-93, (2011)
[19] 山田,R。;Okada,Y.,SNP基因型表的最佳剂量效应模式趋势检验,Genet。流行病。,33, 2, 114-127, (2009)
[20] Zang,Y.,病例对照关联研究中遗传模型不确定性下的稳健检验,(2011),香港大学,(博士论文)
[21] 臧,Y。;Fung,W.K。;Zheng,G.,病例对照遗传关联研究中匹配趋势检验和稳健匹配趋势检验的渐近幂,计算。统计师。数据分析。,54, 65-77, (2010) ·Zbl 1284.62674号
[22] 臧,Y。;Fung,W.K。;Zheng,G.,在R,J.Stat.Softw的病例对照遗传关联研究中计算稳健检验的渐近零分布的简单算法。,33, 8, (2010)
[23] 郑庚。;弗莱德林,B。;Gastwirth,J.L.,关联研究的稳健基因组控制,美国人类遗传学杂志。,78, 2, 350-356, (2006)
[24] 郑庚。;弗莱德林,B。;李,Z。;Gastwirth,J.L.,《候选基因关联性病例对照研究趋势测试得分的选择》,Biom。J.,45,3,335-348,(2003)·Zbl 1441.62553号
[25] 郑庚。;Ng、HKT、。,病例对照关联研究两阶段分析中的遗传模型选择,生物统计学,9,3,391-399,(2008)·Zbl 1143.62088号
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