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林浩

利用周氏伪氨基酸组成预测外膜蛋白的改良马氏判别式。 （英语） 兹比尔1398.92076

J.西奥。生物。 252，第2期，350-356（2008）.
摘要：外膜蛋白（OMP）是一种具有多种生物学功能的β-桶膜蛋白。区分OMP和其他非OMP对于理解某些生化过程是一项非常重要的任务。在本研究中，提出了一种将多样性增量与改良马氏判别法相结合的方法，称为IDQD，以Chou的伪氨基酸组成为参数，预测208个OMP、206个跨膜螺旋蛋白（TMHPs）和673个球状蛋白（GPs）。对于三个数据集（OMP、TMHP和GP）和两个数据集中（OMP和非OMP），折刀交叉验证的总体准确度分别为93.2%和96.1%。这些预测结果表明，该方法可以有效地用于区分OMP、TMHP和GP。与经典氨基酸组成相比，伪氨基酸组成能更好地反映膜蛋白的核心特征。

引用于48文件

MSC公司：

92C40型 生物化学、分子生物学
92立方37 细胞生物学
62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用；元分析

关键词：

外膜蛋白;跨膜螺旋蛋白;球蛋白;多样性增量;改进的马氏判别法;周氏伪氨基酸组成

软件：

病毒定位;哼-mPLoc;欧洲公共图书馆;GNBSL公司;Memtype-2L型;Hum-位置;Gpos-PLoc公司;欧盟-mPLoc;TMB-狩猎;Psortb公司
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\textit{H.Lin}，J.Theor。生物志252，编号2350-356（2008年；兹bl 1398.92076）
全文： 内政部

参考文献：

[1] 巴戈斯，P.G。；利亚科普洛斯，T.D。；Spyropoulos，I.C.公司。；Hamodrakas，S.J.，一种能够预测和区分β-桶外膜蛋白的隐马尔可夫模型方法，BMC生物信息学，5，29，（2004）
[2] H.M.伯曼。；韦斯特布鲁克，J。；Z.Feng。；Gilliland，G。；巴特，T.N。；韦西格，H。；Shindyalov，I.N。；Bourne，P.E.，蛋白质数据库，核酸研究，28，235-242，（2000）
[3] 比奇洛，H.R。；彼得雷，D.S。；刘，J。；Przybyski，D。；Rost，B.，预测蛋白质组中的跨膜β-桶，核酸研究，32，2566-2577，（2004）
[4] 蔡，Y.D。；周，G.P。；Chou，K.C.，利用功能域组成预测膜蛋白类型的支持向量机，Biophys。J.，84，3257-3263，（2003）
[5] 曹毅。；刘，S。；张，L。；秦，J。；Wang，J。；Tang，K.，用粗糙集预测蛋白质结构类，BMC生物信息学，7，20，（2006）
[6] Chen，Y.L.公司。；Li，Q.Z.，预测凋亡蛋白的亚细胞位置，J.theor。生物学，245775-783，（2007）·Zbl 1451.92112号
[7] Chen，Y.L.公司。；Li，Q.Z.，利用改进的杂交方法和伪氨基酸组成预测凋亡蛋白的亚细胞位置，J.theor。生物学，248377-381，（2007）·Zbl 1451.92113号
[8] 陈，C。；周，X。；田，Y。；邹，X。；Cai，P.，用伪氨基酸组成和支持向量机融合网络预测蛋白质结构类，Ana。生物化学。，357, 116-121, (2006)
[9] 陈，C。；田玉霞。；邹晓勇。；蔡，P.X。；Mo，J.Y.，使用伪氨基酸组成和支持向量机预测蛋白质结构类别，J.theor。生物学，243444-448，（2006）·Zbl 1447.92300号
[10] 陈，J。；刘，H。；杨，J。；Chou，K.C.，使用氨基酸对抗原性量表预测线性B细胞表位，氨基酸，33423-428，（2007）
[11] Chou，K.C.，预测（20-1）-D氨基酸组成空间中蛋白质结构类的新方法，蛋白质：结构。功能。基因。，21, 319-344, (1995)
[12] Chou，K.C.，使用伪氨基酸成分预测蛋白质细胞属性，蛋白质：结构。功能。基因。，43，246-255，（2001年），（勘误表：2001年，第44卷，第60页）
[13] Chou，K.C.，使用两亲性伪氨基酸组成预测酶亚家族类别，生物信息学，21，10-19，（2005）
[14] 周，K.C。；Cai，Y.D.，蛋白质亚细胞位置的预测和分类：序列序效应和伪氨基酸组成，J.cell。生物化学。，90，1250-1260，（2003），（补遗，同上，2004，91，1085）
[15] 周，K.C。；Cai，Y.D.，通过结合两亲效应预测膜蛋白类型，化学杂志。inf.型号。，45, 407-413, (2005)
[16] 周，K.C。；卡拉奇，L.，α/β桶折叠的能量方法，蛋白质：结构。功能。基因。，9, 280-295, (1991)
[17] 周，K.C。；Elrod，D.W.，膜蛋白类型和亚细胞位置预测，蛋白质：结构。功能。基因。，34137-153（1999年）
[18] 周，K.C。；Maggiora，G.M.，域结构类预测，蛋白质工程，11，523-538，（1998）
[19] 周，K.C。；Shen，H.B.，Hum-ploc：预测人类蛋白质亚细胞定位的新型集成分类器，生物化学。生物物理学。公共资源。，347, 150-157, (2006)
[20] 周，K.C。；Shen，H.B.，《革兰氏阴性细菌蛋白质亚细胞位置的大规模预测》，《蛋白质组研究杂志》，53420-3428，（2006）
[21] 周，K.C。；Shen，H.B.，Memtype-2L：通过pse-PSSM和Biochem结合进化信息预测膜蛋白及其类型的网络服务器。生物物理学。公共资源。，360, 339-345, (2007)
[22] 周，K.C。；Shen，H.B.，Euk-mploc:通过合并多个位点进行大规模真核蛋白质亚细胞定位预测的融合分类器，J.蛋白质组研究，61728-1734，（2007）
[23] 周，K.C。；Shen，H.B.，《大规模植物蛋白质亚细胞定位预测》，J.cell。生物化学。，100, 665-678, (2007)
[24] 周，K.C。；Shen，H.B.，《综述：蛋白质亚细胞定位预测的最新进展》，Ana。生物化学。，370, 1-16, (2007)
[25] 周，K.C。；Zhang，C.T.，《综述：蛋白质结构类的预测》，《生物化学评论》。微生物。，30, 275-349, (1995)
[26] 周，K.C。；卡拉奇。；Maggiora，G.M.，蛋白质中理想化β-桶的构象和几何性质，J.mol.biol。，213, 315-326, (1990)
[27] 周，K.C。；Nemethy，G。；Scheraga，H.A.，《综述：蛋白质中规则结构元素相互作用的能量学》，《化学账户》。第23号决议、第134-141号决议（1990年）
[28] 刁，Y。；李，M。；Z.Feng。；尹，J。；Pan，Y.，《人类细胞信号网络的社区结构》，J.theor。生物学，247608-615，（2007）·Zbl 1455.92057号
[29] Diao，Y。；马·D。；温，Z。；尹，J。；向，J。；Li，M.，使用伪氨基酸组成预测蛋白质的跨膜区域：细胞自动机和Lempel-Ziv复杂性，氨基酸，34，111-117，（2008）
[30] 丁，Y.S。；张，T.L。；Chou，K.C.，用伪氨基酸组成和模糊支持向量机网络预测蛋白质结构类，蛋白质pept。利特。，14, 811-815, (2007)
[31] 杜，P。；Li，Y.，通过将假氨基酸成分与分段序列的各种物理化学特征杂交来预测蛋白质亚线粒体位置，BMC生物信息学，7518，（2006）
[32] 埃马努埃松，O。；尼尔森，H。；布鲁纳克，S。；Heijne，G.，基于蛋白质n端氨基酸序列预测蛋白质的亚细胞定位，J.mol.biol。，300, 1005-1016, (2000)
[33] 方，Y。；郭毅。；Feng，Y。；Li，M.，《预测DNA结合蛋白：从周的伪氨基酸组成和其他特定序列特征探讨》，氨基酸，34，111-117，（2008）
[34] 高，Q.B。；Wang，Z.Z.，G蛋白偶联受体在四个水平上的分类，蛋白质工程。选择。，19, 511-516, (2006)
[35] 高，Q.B。；王，Z.Z。；严，C。；Du，Y.H.，使用序列组合特征预测蛋白质亚细胞位置，FEBS ett。，579, 3444-3448, (2005)
[36] 高，Y。；邵，S.H。；Xiao，X。；丁，Y.S。；黄，Y.S。；黄，Z.D。；Chou，K.C.，使用伪氨基酸组成预测蛋白质亚细胞位置：用Lyapunov指数、贝塞尔函数和切比雪夫滤波器进行探讨，氨基酸，28，373-376，（2005）
[37] Gardy，J.L。；斯宾塞，C。；王凯。；埃斯特，M。；Tusnády，通用电气公司。；西蒙，I。；华，S。；德费斯，K。；兰伯特，C。；Nakai，K。；Brinkman，F.S.L.，PSORT-B：改进革兰氏阴性菌的蛋白质亚细胞定位预测，核酸研究，31，3613-3617，（2003）
[38] 加罗，A.G。；阿格纽，A。；Westhead，D.R.，TMB hunt:一个用于筛选跨膜β-桶蛋白序列集的网络服务器，核酸研究，33，W188-W192，（2005）
[39] Gromiha，M.M.，《外膜蛋白序列中的基序：识别应用》，《生物物理》。化学。，117, 65-71, (2005)
[40] 格罗米哈，M.M。；Suwa，M.，《一种识别外膜蛋白的简单统计方法，具有更好的准确性》，生物信息学，21961-968，（2005）
[41] 格罗米哈，M.M。；Suwa，M.，使用机器学习算法识别外膜蛋白质，蛋白质：结构。功能。生物信息。，63, 1031-1037, (2006)
[42] 格罗米哈，M.M。；Suwa，M.，氨基酸特性对准确鉴别外膜蛋白的影响，生物化学。生物物理学。《学报》，17641493-1497，（2006）
[43] 格罗米哈，M.M。；马朱姆达尔，R。；Ponnuswamy，P.K.，细菌孔中跨膜β链的鉴定，蛋白质工程，10497-500，（1997）
[44] 格罗米哈，M.M。；艾哈迈德，S。；Suwa，M.，残留物沿序列分布在鉴别外膜蛋白中的应用，计算。生物化学。，29, 135-142, (2005) ·邮编1096.92015
[45] 郭杰。；林，Y。；Liu，X.，GNBSL：预测革兰氏阴性菌蛋白质亚细胞位置的新综合系统，蛋白质组学，65099-5105，（2006）
[46] 郭义忠。；李，M。；卢，M。；温，Z。；王凯。；李·G。；Wu，J.，基于快速傅里叶变换的蛋白质功率谱对G蛋白偶联受体和核受体进行分类，氨基酸，30397-402，（2006）
[47] 黄，Y。；Li，Y.，使用模糊k-NN方法预测蛋白质亚细胞位置，生物信息学，20，21-28，（2004）
[48] 贾汉迪德，S。；Abdolmaleki，P。；Jahandeh，M。；Asadabadi，E.B.，预测蛋白质结构类别的新型两阶段混合神经判别模型，Biophys。化学。，128, 87-93, (2007)
[49] Kedarisetti，K.D。；洛杉矶库尔干。；Dick，S.，用于不同同源性的蛋白质结构类预测的分类器集合，Biochem。生物物理学。公共资源。，348, 981-988, (2006)
[50] 柯布尼克，R。；罗彻，K.P。；Van Gelder，P.，《细菌外膜蛋白的结构和功能：果壳中的桶》，《微生物》。，37, 239-253, (2000)
[51] Laxton，R.R.，《多样性的衡量》，J.theor。生物学，71，51-67，（1978）
[52] 李，F.M。；Li，Q.Z.，用改进的杂交方法利用伪氨基酸组成预测蛋白质亚核位置，氨基酸，34103-109，（2008）
[53] 李庆珍。；吕志清，蛋白质结构类的预测：多样性测度的应用，理论J。生物学，213493-502，（2001）
[54] 林，H。；Li，Q.Z.，《使用伪氨基酸组成预测蛋白质结构类别：通过合并400个二肽组分的方法》，J.comput。化学。，28, 1463-1466, (2007)
[55] 林，H。；Li，Q.Z.，利用伪氨基酸组成和改良马氏判别法预测芋螺毒素超家族和家族，生物化学。生物物理学。公共资源。，354, 548-551, (2007)
[56] 刘，Q。；Zhu，Y。；王，B。；Li，Y.，基于氨基酸组成特性和预测二级结构的β-桶膜蛋白鉴定，计算机。生物化学。，27, 355-361, (2003)
[57] 刘，H。；王，M。；Chou，K.C.，预测膜蛋白类型的低频傅里叶光谱，生物化学。生物物理学。公共资源。，336, 737-739, (2005)
[58] Liu，D.Q。；刘，H。；Shen，H.B。；杨，J。；Chou，K.C.，通过融合全球比对标记预测分泌蛋白信号序列裂解位点，氨基酸，32，493-496，（2007）
[59] 卢，J。；Luo，L.F.，人类脊髓灰质炎启动子预测，Prog。生物化学。生物物理。，3211185-1191，（2005年）
[60] Martelli，P.L。；Fariselli，P。；Krogh，A。；Casadio，R.，用于预测和区分β桶膜蛋白的基于序列保护的HMM，生物信息学，18，S46-S53，（2002）
[61] 蒙达尔，S。；巴夫纳，R。；莫汉·巴布，R。；Ramakumar，S.，用于芋螺毒素超家族分类的伪氨基酸组成和多类支持向量机方法，J.theor。生物学，243，252-260，（2006）·Zbl 1447.92309号
[62] 蒙德拉，P。；库马尔，M。；库马尔，K.K。；Jayaraman，V.K。；Kulkarni，B.D.，使用伪氨基酸组成预测蛋白质亚核定位：用PSSM方法，模式识别。利特。，28, 1610-1615, (2007)
[63] 穆尔津，A.G。；S.E.布伦纳。；哈伯德，T。；Chothia，C.，SCOP：用于序列和结构研究的蛋白质结构分类数据库，J.mol.biol。，247, 536-540, (1995)
[64] 英国纳特。；Kaur，H。；Raghava，G.P.，使用基于ANN和SVM的方法预测β-桶蛋白的跨膜区域，蛋白质：结构。功能。生物信息。，56, 11-18, (2004)
[65] 牛，B。；蔡，Y.D。；卢，W.C。；郑国勇。；Chou，K.C.，用adaboost学习器预测蛋白质结构类，protein pept。利特。，13489-492，（2006年）
[66] 潘，Y.X。；张，Z.Z。；郭振美。；Feng，G.Y。；黄，Z.D。；He，L.，伪氨基酸组成在预测蛋白质亚细胞位置中的应用：随机信号处理方法，蛋白质化学杂志。，22, 395-402, (2003)
[67] 帕克，K.J。；格罗米哈，M.M。；霍顿，P。；Suwa，M.，使用支持向量机识别外膜蛋白，生物信息学，214223-4229，（2005）
[68] Schulz，G.E.，细菌外膜蛋白的结构，生物化学。生物物理学。《学报》，1565308-317，（2002）
[69] Shen，H.B。；Chou，K.C.，用优化的证据理论K最近分类器和伪氨基酸组成预测蛋白质亚核位置，生物化学。生物物理学。公共资源。，337, 752-756, (2005)
[70] Shen，H.B。；Chou，K.C.，使用集成分类器识别膜蛋白类型，氨基酸，32，483-488，（2007）
[71] Shen，H.B。；Chou，K.C.，Gpos-ploc:预测革兰氏阳性细菌蛋白质亚细胞定位的集成分类器，蛋白质工程。选择。，20, 39-46, (2007)
[72] Shen，H.B。；Chou，K.C.，Virus-ploc:预测宿主和病毒感染细胞内病毒蛋白亚细胞定位的融合分类器，生物聚合物，85，233-240，（2007）
[73] Shen，H.B。；Chou，K.C.，Hum-mploc：一种集成分类器，用于通过合并多个位点的样本进行大规模人类蛋白质亚细胞位置预测，Biochem。生物物理学。公共资源。，355, 1006-1011, (2007)
[74] Shen，H.B。；杨，J。；Chou，K.C.，Fuzzy KNN，用于从伪氨基酸组成预测膜蛋白类型，J.theor。生物学，240，9-13，（2006）·Zbl 1447.92312号
[75] Shen，H.B。；杨，J。；Chou，K.C.，Euk-ploc:大规模真核蛋白质亚细胞定位预测的集成分类器，氨基酸，33，57-67，（2007）
[76] 史J.Y。；张，S.W。；潘，Q。；Cheng，Y.M。；Xie，J.，使用多尺度能量和伪氨基酸组成的支持向量机预测蛋白质亚细胞定位，氨基酸，33，69-74，（2007）
[77] Sun，X.D。；Huang，R.B.，使用支持向量机预测蛋白质结构类，氨基酸，30469-475，（2006）
[78] 塔姆，K.L。；Arora，A。；Kleinschmidt，H.J.，β-桶膜蛋白的结构和组装，生物学杂志。化学。，276, 32399-32402, (2001)
[79] Tan，F。；X·冯。；方，Z。；李，M。；郭毅。；蒋磊，基于遗传算法-部分最小二乘和支持向量机的线粒体蛋白质预测，氨基酸，33669-675，（2007）
[80] 王，M。；杨，J。；刘，G.P。；徐志杰。；Chou，K.C.，基于伪氨基酸组成预测膜蛋白类型的加权支持向量机，蛋白质工程设计。选择。，第17页，第509-516页，（2004年）
[81] 王，M。；杨，J。；Chou，K.C.，基于亚基耦合模型用串核预测信号肽裂解位点，氨基酸，28395-402，（2005），（勘误表，同上，2005，29:301）
[82] 王，M。；杨，J。；徐志杰。；Chou，K.C.，SLLE预测膜蛋白类型，J.theor。生物学，232，7-15，（2005）·Zbl 1442.92118号
[83] 王胜强。；杨，J。；Chou，K.C.，利用叠加泛化法预测基于伪氨基酸组成的膜蛋白类型，J.theor。生物学，242941-946，（2006）·Zbl 1447.92315号
[84] 温，Z。；李，M。；李毅。；郭毅。；Wang，K.，Delaunay三角剖分与潜在结构的偏最小二乘投影：G蛋白偶联受体分类和快速结构识别模型，氨基酸，32，277-283，（2006）
[85] Wimley，W.C.，《关于β-桶膜蛋白的基因组鉴定：已知结构的组成和结构》，蛋白质科学。，11, 301-312, (2002)
[86] Xiao，X。；Chou，K.C.，基于疏水指数的氨基酸数字编码，蛋白质肽。利特。，14, 871-875, (2007)
[87] Xiao，X。；邵，S。；丁，Y。；黄，Z。；黄，Y。；Chou，K.C.，使用复杂性度量因子预测蛋白质亚细胞位置，氨基酸，28，57-61，（2005）
[88] Xiao，X。；邵，S.H。；丁，Y.S。；Huang，博士。；Chou，K.C.，使用细胞自动机图像和伪氨基酸组成预测蛋白质亚细胞位置，氨基酸，30，49-54，（2006）
[89] 张，T.L。；Ding，Y.S.，使用伪氨基酸组成和二元树支持向量机预测蛋白质结构类别，氨基酸，33，623-629，（2007）
[90] 张，L.R。；Luo，L.F.，利用多样性测度进行二次判别分析的拼接位点预测，核酸研究，31，6214-6220，（2003）
[91] 张，S.W。；潘，Q。；张，H.C。；邵，Z.C。；Shi，J.Y.，通过伪氨基酸组成预测蛋白质同源异构体类型：通过改进的特征提取和朴素贝叶斯特征融合进行探讨，氨基酸，30461-468，（2006）
[92] 张，Z.H。；王，Z.H。；Z.R.张。；Wang，Y.X.，基于分组权重和支持向量机的结合编码的凋亡蛋白亚细胞定位预测新方法，FEBS lett。，5806169-6174，（2006年）
[93] 周国平，《关于蛋白质结构类预测的有趣争议》，《蛋白质化学杂志》。，17, 729-738, (1998)
[94] 周，G.P。；Assa-Mount，N.，《蛋白质结构类预测的一些见解》，《蛋白质：结构》。功能。基因。，44, 57-59, (2001)
[95] 周，G.P。；Cai，Y.D.，通过杂交基因本体和伪氨基酸组成预测蛋白酶类型，蛋白质：结构。功能。生物信息。，63, 681-684, (2006)
[96] 周，G.P。；K.博士，凋亡蛋白的亚细胞定位预测，蛋白质：结构。功能。基因。，50, 44-48, (2003)
[97] 周，X.B。；陈，C。；李，Z.C。；邹晓勇，利用周氏两亲性伪氨基酸组成和支持向量机预测酶亚科类别，J.theor。生物学，248546-551，（2007）·Zbl 1451.92245号
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