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张同良；丁永生；周国晨

用伪氨基酸组成预测蛋白质结构类别：近似熵和疏水性模式。 （英语） Zbl 1397.92551号

J.西奥。生物。 250，第1期，186-193（2008）.
摘要：与传统氨基酸（AA）成分相比，最初用于蛋白质亚细胞定位预测的伪氨基酸（PseAA）成分可以包含更多蛋白质序列信息，从而显著增强了使用离散模型预测蛋白质各种属性的能力。在本研究中，基于PseAA组成的概念，利用蛋白质序列的近似熵和疏水性模式来表征PseAA组分。同时，应用免疫遗传算法（IGA）搜索生成PseAA组合物的最佳权重因子。因此，对于给定的蛋白质序列样本，生成27-D（维）PseAA组成作为其描述符。预测引擎采用模糊K近邻分类器。由此在蛋白质结构分类预测中获得的结果非常令人鼓舞，表明当前的方法也可以用于提高其他蛋白质属性的预测质量，或者至少可以在相关领域对现有方法起到补充作用。我们的算法是用Matlab编写的，可以通过联系通讯作者获得。

引用于24文件

MSC公司：

92D20型 蛋白质序列，DNA序列
68吨10 模式识别、语音识别
62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用；元分析

关键词：

蛋白质结构类别；伪氨基酸组成；近似熵；疏水性图案；模糊KNN分类器

软件：

AA索引；欧盟-mPLoc；信号-CF；欧洲公共图书馆；哼-mPLoc；Gpos-PLoc公司；Memtype-2L型；Matlab公司；病毒定位
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\textit{T.-L.Zhang}等人，J.Theor。生物学250，第1期，186--193（2008；Zbl 1397.92551）
全文： 内政部

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