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内贾德，巴赫拉姆;拉明·米里;玛丽亚姆·埃利亚西

分段主成分分析-肽QSAR研究的回归方法。 （英语） Zbl 1397.92193号

J.西奥。生物。 305, 37-44 (2012).
摘要：作为定量构效关系（QSAR）的一种新方法，我们采用分段主成分分析和回归来定义新的氨基酸指数。首先将描述符分为不同的组（基于它们所拥有的信息内容的相似性），然后分别对每组进行主成分分析（PCA）。从每组描述子数据矩阵中提取的主成分（PC）可以被视为氨基酸指数的新来源。这些指标被用作两个二肽数据集（58个血管紧张素转换酶（ACE）抑制剂活性和48个苦味阈值（BTT）活性）的QSAR研究的输入变量。利用分段主成分回归（SPCR）和分段偏最小二乘（SPLS）方法实现了指标与生物活性之间的建模。这两种方法都产生了可靠的QSAR模型。与传统的主成分回归（PCR）和偏最小二乘（PLS）相比，分段回归得到了更多的预测模型。此外，对于相同的数据集，所开发的模型相对于先前报道的模型表现出更好的性能。可以得出这样的结论：通过对变量进行分割，将信息划分为信息部分和冗余部分，可以丢弃变量的冗余部分，从而获得更合适的模型。

MSC公司：

92C40型 生物化学、分子生物学
92D20型 蛋白质序列，DNA序列
62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用；元分析
62H25个 因子分析和主成分；对应分析

关键词：

氨基酸;二肽;偏最小二乘法;分段偏最小二乘法;分段主成分回归

软件：

位置传感器;AFP-Pred公司;机密P;AA索引;iLoc-Euk公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{B.Hemmateenejad}等人，J.Theor。生物学305，37-44（2012；Zbl 1397.92193）
全文： DOI程序

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