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张强;李红（Li，Hong）;赵晓青;郑燕;周德良

外显子结合区和EJC结合区外显子和内含子序列匹配的分布偏差秀丽线虫. （英语） Zbl 1405.92223号

J.西奥。生物。 364, 295-304 (2015).
小结：我们提出了一种机制，即mRNA序列与相应的剪接后内含子之间存在匹配关系，内含子在基因表达过程中发挥重要作用。为了揭示序列匹配特征，在秀丽线虫mRNA序列以获得外显子-外显子序列与其对应内含子之间的最佳匹配片段。研究了外显子序列的匹配频率分布特征和最优匹配片段的序列特征。结果表明，外显子-外显子结合区的匹配频率分布存在明显差异，外显体边界被揭示。最佳匹配片段的长度和匹配率的分布与siRNA和miRNA的序列特征一致。与宿主序列相比，最佳匹配片段具有特殊的序列特征。对于第一内含子和长内含子，具有高GC含量、丰富CG二核苷酸和高（lambda{mathrm{CG}}）值的最佳匹配片段的匹配频率值在外显子连接复合体（EJC）结合区中的分布最小。最佳匹配片段中的高（lambda{mathrm{CG}}）值是区分EJC结合区的主要特征。结果表明，EJC和内含子在结合蛋白质编码序列的过程中具有竞争和合作关系。此外，内含子序列和蛋白质编码序列也有协同进化关系。

引用于2文件

MSC公司：

92D20型 蛋白质序列，DNA序列

关键词：

外显子序列;内含子;局部匹配对准;最佳匹配段;EJC公司

软件：

iHyd-PseAAC公司;iNuc-PseKNC;iCTX类型;国际RSpot-TNCPseAAC;PseKNC公司;iRSpot-PseDNC公司;iMethyl-PseAAC（异甲基苯丙酮）
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\textit｛Q.Zhang｝等人，J.Theor。生物学报364295-304（2015年；兹比尔1405.92223）
全文： 内政部

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