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循环外加剂力学模型中外加剂组分的推断。 (英语) Zbl 1405.92164号

摘要:现代历史混合体的特征在人类中普遍存在。我们提出了一个包含重复混合期的两个源种群混合的机制模型,并研究了有限但任意基因组大小的混合组分的分布。我们提供了基于模拟的方法来估计渗入参数,并讨论了当存在不同速率的重复混合事件时,达到平稳性对参数可估计性的影响。

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92D10型 遗传学和表观遗传学
90 C59 数学规划中的近似方法和启发式
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参考文献:

[1] Baird,S.J.,《系统遗传学:混合的费希尔标记》,《遗传》,97,81-83,(2006)
[2] Bertorelle,G。;Excoffier,L.,《从分子数据推断外加剂比例》,《分子生物学》。演变。,15, 1298-1311, (1998)
[3] Bryc,K。;Auton,A。;Nelson,M.R。;Oksenberg,J.R。;豪泽,S.L。;威廉姆斯。;弗罗门特,A。;Bodo,J.M。;Wambebe,C。;Tishkoff,S.A。;Bustamante,C.D.,《西非人和非裔美国人的全基因组人口结构和混合模式》,Proc。国家。阿卡德。科学。美国,107,786-791,(2010)
[4] Buerkle,C.A。;Lexer,C.,《混合作为遗传图谱的基础》,Trends Ecol。演变。,23, 686-694, (2008)
[5] Cavalli-Sforza,L.L。;博德默,W.F.,《人类种群遗传学》,第xvi卷,965,(1971),W.H.弗里曼,美国旧金山
[6] 查克拉波蒂,R。;Weiss,K.M.,《混合作为发现连锁基因和检测基因座间等位基因关联差异的工具》,Proc。国家。阿卡德。科学。美国,859119-9123,(1988)
[7] Chikhi,L。;布鲁福德,M.W。;Beaumont,M.A.,混合比例的估计:使用马尔可夫链的基于似然的方法蒙特卡罗,遗传学,1581347-1362,(2001)
[8] 克劳福德,M.H。;坎贝尔,B.C.,《人类迁徙的原因和后果:进化的观点》,第xv卷,550,(2012),剑桥大学出版社,英国剑桥
[9] W.J.埃文斯。;Spielman,R.S.,《传递/不平衡检验:历史、细分和混合》,《美国遗传学杂志》。,57, 455-464, (1995)
[10] Garant,D。;克鲁克,L.E。;Wilkin,T.A。;McCleery,R.H。;谢尔顿,B.C.,《野生鸟类种群内差异扩散驱动的进化》,《自然》,433,60-65,(2005)
[11] Goldberg,A。;Rosenberg,N.A.,Beyond 2/3 and 1/3:X染色体上性别偏见混合物的复杂特征,遗传学,201,263-279,(2015)
[12] Goldberg,A。;Verdu,P。;Rosenberg,N.A.,《常染色体混合水平是混合人群性别偏见的信息》,《遗传学》,1981209-1229,(2014)
[13] Gravel,S.,《当地祖先的群体遗传学模型》,遗传学,191,607-619,(2012)
[14] 砾石,S。;Zakharia,F。;Moreno-Estrada,A。;Byrnes,J.K。;马齐奥,M。;罗德里格斯·弗洛雷斯,J.L。;肯尼,E.E。;Gignoux,C.R。;Maples,B.K。;吉卜莱,W。;Dutil,J。;Via,M。;桑多瓦尔,K。;Bedoya,G。;基因组,P.,从全基因组和全基因组数据重建美洲原住民迁徙,PLos Genet。,9,e1004023,(2013)
[15] 吉勒莫德,T。;博蒙特,医学硕士。;西奥西,M。;科努埃,J.M。;Estoup,A.,利用微卫星数据的近似贝叶斯计算推断入侵物种的引入途径,遗传,104,88-99,(2010)
[16] 郭伟。;Fung,W.K。;施,N。;Guo,J.,关于混合连锁不平衡的公式,Hum.Hered。,60, 177-180, (2005)
[17] Hedrick,P.W.,Purging近交衰退与灭绝概率:全同胞交配,遗传,73363-372,(1994)
[18] 海伦塔尔,G。;巴斯比,G.B。;波段,G。;Wilson,J.F。;卡佩利,C。;Falush,D。;Myers,S.,《人类混合历史遗传图谱》,《科学》,343747-751,(2014)
[19] 科尔德休,C。;Boivin,T。;Burban,C.,《对比入侵过程印记了南欧入侵鳞状昆虫的遗传结构》,《遗传》,113,390-400,(2014)
[20] Kilinc,G.M。;Omrak,A。;Ozer,F。;冈瑟,T。;Buyukkarakaya,上午。;比卡奇,E。;贝尔德,D。;多内塔斯,H.M。;Ghalichi,A。;雅卡,R。;科普特金,D。;阿坎,南卡罗来纳州。;Parvizi,P。;Krzewinska,M。;Daskalaki,E.A.,阿纳托利亚第一批农民的人口发展。生物学,26,2659-2666,(2016)
[21] 柯克帕特里克,S。;凯莱特·Jr,C.D。;Vecchi,M.P.,《模拟退火优化》,《科学》,220671-680,(1983)·Zbl 1225.90162号
[22] 劳森·D·J。;Hellenthal,G。;迈尔斯,S。;Falush,D.,使用密集单倍型数据推断种群结构,PLos遗传学。,8,e1002453,(2012)
[23] 拉扎里迪斯一世。;帕特森,N。;米特尼克,A。;雷诺,G。;马利克,S。;Kirsanow,K。;苏曼特,P.H。;施莱伯,J.G。;卡斯特拉诺,S。;Lipson,M。;伯杰,B。;Economou,C。;博隆吉诺,R。;傅琦。;Bos,K.I。;Nordenfelt,S.,《古代人类基因组表明现代欧洲人有三个祖先种群》,《自然》,513409-413,(2014)
[24] Liang,M.,Nielsen,R.,2014年。了解混合比例。http://dx.doi.org/10.101/1008078; Liang,M.,Nielsen,R.,2014年。了解混合比例。http://dx.doi.org/10.101/1008078
[25] Lipson,M。;卢,P.R。;莱文,A。;Reich,D。;帕特森,N。;Berger,B.,混合参数和基因流来源的基于矩的高效推断,分子生物学。演变。,30, 1788-1802, (2013)
[26] 卢,P.R。;Lipson,M。;帕特森,N。;穆尔贾尼,P。;Pickrell,J.K。;Reich,D。;Berger,B.,利用连锁不平衡推断人类混合历史,遗传学,1931233-1254,(2013)
[27] Lohmueller,K.E。;布斯塔曼特,哥伦比亚特区。;Clark,A.G.,《在非裔美国人中发现最近混合的定向选择》,遗传学,187,823-835,(2011)
[28] Long,J.C.,混合种群的遗传结构,遗传学,127,417-428,(1991)
[29] 马利克,S。;李,H。;Lipson,M。;马西森,I。;Gymrek,M。;拉西莫,F。;赵,M。;北钦纳吉里。;Nordenfelt,S。;Tandon,A。;斯科格隆德,P。;拉扎里迪斯一世。;桑卡拉拉曼,S。;傅琦。;Rohland,N.,西蒙斯基因组多样性项目:142个不同种群的300个基因组,《自然》,538,7624201-206,(2016)
[30] 穆尔贾尼,P。;帕特森,N。;Hirschorn,J.N。;Keinan,A。;Hao,L。;Atzmon,G。;伯恩斯,E。;奥斯特雷尔,H。;价格,A.L。;Reich,D.,《非洲基因流入南欧、利凡提尼和犹太人的历史》,PLos Genet。,7,4,e1001373,(2011)
[31] Moreno-Estrada,A。;砾石,S。;Zakharia,F。;McCauley,J.L。;Byrnes,J.K。;Gignoux,C.R。;Ortiz-Tello,P.A。;马丁内斯,R.J。;赫奇斯,D.J。;莫里斯,R.W。;工程师,C。;桑多瓦尔,K。;Acevedo-Acevedo,S。;诺曼·P·J。;Layrisse,Z.,重建加勒比海的种群遗传历史,PLos Genet。,9、11、e1003925(2013)
[32] Oleksyk,T.K。;史密斯,M.W。;O'Brien,S.J.,《全基因组扫描自然选择足迹》,Philos。事务处理。R.Soc.B,365,185-205,(2010)
[33] 帕特森,N。;穆尔贾尼,P。;罗,Y。;马利克,S。;罗兰德,N。;詹,Y。;Genschoreck,T。;韦伯斯特,T。;Reich,D.,《人类历史中的古代混合体》,遗传学,192,3,1065-1093,(2012)
[34] 佩里,G.H。;Foll先生。;格雷尼尔,J.C。;帕廷,E。;Nedelec,Y。;帕西斯,A。;巴拉卡特,M。;砾石,S。;周,X。;Nsobya,S.L。;Excoffier,L。;金塔纳-穆里。;新泽西州多明尼。;巴雷罗,L.B.,《非洲雨林狩猎采集者中侏儒表型的适应性、聚合起源》,Proc。国家。阿卡德。科学。美国,111,E3596-3603,(2014)
[35] Pfaff,C.L。;E.J.帕拉。;博尼拉,C。;Hiester,K。;McKeigue,P.M。;麻省理工学院坎波。;Hutchinson,R.G。;费雷尔,R.E。;Boerwinkle,E。;施莱弗,M.D.,《混合种群中的种群结构:混合动力学对连锁不平衡模式的影响》,美国遗传学杂志。,68, 198-207, (2001)
[36] Pickrell,J.K。;Pritchard,J.K.,从全基因组等位基因频率数据推断种群分裂和混合,PLos Genet。,8,e1002967,(2012)
[37] Pool,J.E。;Nielsen,R.,《从移民区长度推断移民率的历史变化》,遗传学,181,711-719,(2009)
[38] 价格,A.L。;Tandon,A。;帕特森,N。;巴恩斯,K.C。;拉斐尔,N。;鲁钦斯基,I。;Beaty,T.H。;马蒂亚斯,R。;Reich,D。;Myers,S.,混合群体中不同祖先染色体片段的敏感检测,PLos Genet。,5,e1000519,(2009)
[39] 拉加万,M。;斯坦鲁肯,M。;哈里斯·K。;Schiffels,S。;拉斯穆森,S。;DeGiorgio,M。;阿尔布雷奇森,A。;缬草血清,C。;Avila-Arcos,M.C。;马拉斯皮纳斯,A.S。;埃里克森,A。;莫尔特克,I。;Metspalu,M。;洪伯格,J.R。;Wall,J.,《美洲原住民更新世和近期人口历史的基因组证据》,《科学》,3496250,aab3884,(2015)
[40] Reich,D。;Patterson,N.,混合映射能找到疾病基因吗?,菲洛斯。事务处理。R.Soc.B,360,1605-1607,(2005)
[41] Reich,D。;肯塔基州丹加拉吉。;帕特森,N。;价格,A.L。;辛格,L.,《重建印度人口历史》,《自然》,461489-494,(2009)
[42] 理查兹,C.M。;Church,S。;McCauley,D.E.,《种群大小和隔离对白硅藻花粉基因流的影响》,《进化》,53,63-73,(1999)
[43] 罗森博格,N.A。;Pritchard,J.K。;韦伯,J.L。;坎恩·H·M。;基德·K·K。;Zhivotovsky,洛杉矶。;Feldman,M.W.,《人类种群的遗传结构》,《科学》,2982381-2385,(2002)
[44] 桑卡拉拉曼,S。;Sridhar,S。;Kimmel,G。;Halperin,E.,估计混合种群中的本地祖先,《美国遗传学杂志》。,82, 290-303, (2008)
[45] 斯科格隆德,P。;马利克,S。;博托里尼,M.C。;Chennagiri,N。;Hunemeier,T。;Petzl-Erler,M.L。;Salzano,F.M。;帕特森,N。;Reich,D.,《美洲两个创始种群的遗传证据》,《自然》,525,104-108,(2015)
[46] 史密斯,M.W。;O'Brien,S.J.,《混合连锁不平衡映射:进展、限制和指南》,《自然评论遗传学》。,6, 623-632, (2005)
[47] Szpiech,Z.A。;Rosenberg,N.A.,关于私有微卫星等位基因的大小分布,Theor。大众。生物学,80,100-113,(2011)·兹比尔1297.92055
[48] Tang,H。;Choudhry,S。;梅,R。;摩根,M。;Rodriguez-Cintron,W。;伯查德,E.G。;Risch,N.J.,《波多黎各人祖先混合体的近期遗传选择》,美国遗传杂志。,81, 626-633, (2007)
[49] Tang,H。;科拉姆,M。;王,P。;朱,X。;Risch,N.,在混合个体中重建遗传祖先块,Amer。人类遗传学杂志。,79, 1-12, (2006)
[50] Tang,H。;彭杰。;王,P。;Risch,N.J.,《单个外加剂的估算:分析和研究设计考虑》,Genet。流行病。,28, 289-301, (2005)
[51] Verdu,P。;彭伯顿,T.J。;劳伦特,R。;肯普,B.M。;Gonzalez-Oliver,A。;哥罗德斯基,C。;休斯,C.E。;沙塔克,M.R。;Petzelt,B。;J.米切尔。;哈里·H。;威廉·T。;沃尔,R。;Cybulski,J.S。;罗森博格,N.A。;Malhi,R.S.,《北美西北部本地种群的混合模式和种群结构》,《公共科学杂志》。,10,e1004530,(2014)
[52] Verdu,P。;Rosenberg,N.A.,混合种群混合历史的一般力学模型,遗传学,1891413-1426,(2011)
[53] Vergeer,P。;Sonderen,E。;新泽西州乌博格,《测试引入策略:局部适应与杂种优势》,《保护》。生物学,18812-821,(2004)
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