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亚尼尔·达姆蒂；伊兰·格罗诺；什洛莫·莫兰；伊拉克亚夫内

通过自适应距离函数比较进化距离。 （英语） Zbl 1400.92362号

J.西奥。生物。 440, 88-99 (2018).
摘要：基于距离的系统发育重建方法基于两步方法：首先，根据与给定分类群相关的DNA序列计算成对距离，然后使用这些距离重建分类群之间的系统发育关系。由于估计的距离是基于有限序列的，因此它们具有固有的噪声，并且这种噪声可能会导致重建误差。以前提高重建精度的尝试要么着眼于提高重建算法对这种随机噪声的鲁棒性，要么着眼于改进距离估计的准确性。在这里，我们的目标是通过利用重建算法基于一系列比较距离之间（或距离的线性组合）。我们首先检查序列数据中的随机噪声与两两距离估计之间比较的准确性之间的关系。这项检查导致了改进的距离比较方法，结果表明，这些方法与基于相似方法的方法一样准确，同时计算更简单、更高效。然后，我们扩展了这些方法，以提高四叉树的重建精度，并研究了未来的一些挑战。

MSC公司：

92D15型 与进化有关的问题

关键词：

基于距离的系统发育重建；DNA替代模型；自适应距离估计；距离比较；费希尔线性判别式

软件：

菲利普；生物技术研究所
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{Y.Damti}等人，J.Theor。生物学440，88-99（2018；Zbl 1400.92362）
全文： DOI程序

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