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贾苍志;杨青（Yang，Qing）;邹全（音）

NucPosPred：通过普通PseKNC的四种不同模式预测物种特异性基因组核小体定位。 （英语） Zbl 1397.92010号

J.西奥。生物。 450, 15-21 (2018).
摘要：核小体是真核细胞染色质的基本结构，在DNA转录、复制和修复、RNA剪接等许多生物过程的调控中发挥着重要作用。由于核小体的重要性，决定核小体在基因组中定位的因素应该被研究。高分辨率核小体定位图现在可用于生物体，包括酿酒酵母，黑腹果蝇和秀丽隐杆线虫，通过应用计算工具识别核小体定位。在这里，我们描述了一种称为NucPosPred的新型预测器，该预测器专门用于大规模识别核小体定位秀丽隐杆线虫和D.黑腹果蝇基因组。NucPosPred针对每个物种分别进行了优化，用于四种类型的DNA序列特征提取，并考虑了两种分类算法（梯度增强决策树和支持向量机）。使用NucPosPred获得的总准确度为92.29%秀丽隐杆线虫88.26%D.黑腹果蝇优于先前的方法，并证明了核小体定位的物种特异性预测的潜力。为了方便大多数实验科学家，预测器NucPosPred的网络服务器位于http://121.42.167.206/NucPosPred/index.jsp.

引用于1文件

MSC公司：

92-08 生物学问题的计算方法
92C40型 生物化学、分子生物学

关键词：

核小体定位;核苷酸组成;KNN公司;GBDT公司;支持向量机

软件：

pLoc-动物;iKcr-PseEns公司;pSumo光盘;iOri-人类;iHSP-PseRAAAC系统;综合布线;国际RSpot-TNCPseAAC;iNuc-PseKNC;iDNA-甲基;iSuc-选择权;iRNAm5C-PseDNC;pSuc-Lys公司;前言;MemHyb（内存）;普南-PC;2L-piRNA;iATC-mHyb公司;iDNA6mA-PseKNC公司;PseKNC公司;iRSpot-PseDNC公司;iNuc-STNC;iRNA-2甲基;iRNA-PseColl基因;iNuc-PhysChem;NucPosPred（数字位置预测）;iRSpot-EL接口;iPromoter-2L型;pLoc-mEuk公司;国际RNA-AI;伦敦银行支持向量机;Stata公司
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\textit{C.Jia}等人，J.Theor。生物学450，15-21（2018；Zbl 1397.92010）
全文： 内政部

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