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塔尼娅·斯塔德勒;亚历山德拉·加夫鲁什基纳;Rachel C.M.沃诺克。;阿列克谢·德拉蒙德。;特蕾西·希思。

用于分析不同物种形成模式下地层范围数据的化石出生-死亡模型。 （英语） 兹比尔1397.92514

J.西奥。生物。 447, 41-55 (2018).
摘要：出生-死亡抽样模型产生了具有过去和现在样本的系统发育树。将“出生”解释为分支物种形成，将“死亡”解释为灭绝，将“采样”解释为化石保存和恢复，该模型也被称为化石出生-死亡（FBD）模型，在现存和化石样本上建立了系统发育树。该模型已经过数学分析，并成功应用于企鹅、植物和昆虫等不同分类水平的一系列数据集。然而，目前对该模型的数学处理不允许将一组时间上不同的化石标本分配给同一物种。
在本文中，我们提供了一个通用的数学FBD建模框架，该框架明确考虑了“地层范围”，将地层范围定义为与单个物种相关的谱系间隔，从物种首次出现化石到最后出现化石的时间范围。要将系统发育树中的化石样本序列指定给同一物种，即指定地层范围，我们需要定义物种形成模式。我们提供了三种常见物种形成模式的表达式：芽变（或不对称）物种形成、分叉（或对称）物种形成和再生物种形成。
我们的方程允许对古生物和新生物数据进行灵活的联合贝叶斯分析。此外，我们的框架直接适用于流行病学，其中地层范围是单个患者的观察感染持续时间，通过萌芽“出生”是传播，“死亡”是恢复，“取样”是对患者病原体进行排序。因此，我们提出了一个模型，该模型允许合并来自单个患者的随时间变化的多个观察结果。

引用于1文件

MSC公司：

92D15型 与进化有关的问题
60J85型 分支过程的应用
92B10型 数学生物学中的分类学、分支学、统计学

关键词：

生-死过程;全程采样;树优先;系统发育树;宏观进化;化石

软件：

Bayes先生;野兽
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{T.Stadler}等人，J.Theor。生物学447，41-55（2018；兹比尔1397.92514）
全文： 内政部 arXiv公司

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