×
丹·德布拉西奥;约翰·凯塞西奥格鲁

多序列比对的参数建议。 （英语） Zbl 1388.92001号

计算生物学26.商会：施普林格出版社（ISBN 978-3-319-64917-7/hbk；978-3-319-64918-4/ebook）。xiv，152页。(2017).
出版商描述：本书开发了一种称为参数建议的新方法，用于查找序列比对器的参数设置，从而对给定的输入序列集进行质量比对。在此框架中，参数顾问是一个为输入自动选择参数设置的过程，它有两个主要成分：
\（\项目符号\）
（a） 顾问考虑的参数选择集，以及
\（\项目符号\）
（b） 用于对对准器产生的对准进行排序的对准精度估计器。
将参数顾问与对准器耦合时，一旦顾问在学习阶段接受培训，用户只需输入序列进行对准，并从对准器接收输出对准，其中顾问已自动选择参数设置。
本章首先阐述了参数建议的基础，然后介绍了建议的应用和扩展。内容
\（\项目符号\）
检查参数建议公式及其计算复杂性，
\（\项目符号\）
开发学习高精度估计器的方法，
\（\项目符号\）
提出了寻找良好参数选择集的近似算法，以及
\（\项目符号\）
评估在真实生物数据上表现良好的建议的软件实现。
还探索了参数建议的应用
\（\项目符号\）
自适应局部重排，其中对序列的局部区域执行建议，以自动适应变化的突变率，以及
\（\项目符号\）
集合对准，其中建议应用于对准器集合，以有效生成比集合中的单个对准器质量更高的新对准器。
本书最后提供了未来研究建议方向。

MSC公司：

92-02 与生物学有关的研究博览会（专著、调查文章）
92-08 生物学相关问题的计算方法
92D20型 蛋白质序列，DNA序列

关键词：

多序列比对;对准精度;等级对齐

软件：

充分满足;探针Cons;科学Py;CPLEX公司;MAFFT公司;里昂;蛋白石;RASCAL公司;小背包;普罗瓦林;UniProt公司;莫韦;巴利巴斯;PCMA公司;方面;PMFastR项目;卡林;指南2;合并对齐;Clustal X公司;重新校准器;罢工;M-咖啡;OXBench公司;ClustalW公司;TCS（牵引力控制系统）;木乃伊;吵闹;水;SAB标记;T-咖啡;AlexSys公司;肌肉;装饰铝;直径-TX;促销3D;MSA探测器;国际RMSD
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{D.DeBlasio}和\textit{J.Kececioglu}，多序列比对参数建议。查姆：施普林格（2017；Zbl 1388.92001）
全文： 内政部 链接