×

从分子动力学模拟中进行集体模式挖掘:一种比较方法。 (英语) Zbl 1404.82056号

总结:集体模式的评估是分子动力学模拟分析的基础。有几种方法可用于提取该信息,即轨迹的法向模态分析、主成分和谱分析,这些方法因节点数量(频率、振幅或位移模式)而基本不同并由此定义了不同类型的集体激发和物理光谱观测。不同的观点在调和区和/或对于同原子系统收敛。然而,对于非简谐动力学和非平衡动力学,不同的量会带来不同的信息,只有对它们进行比较才能完整地了解系统的行为。为了进行这种比较分析,我们回顾并比较了不同的方法,将它们以不同的组合应用于两个物理相关性的例子:石墨烯和富勒烯(mathrm C_{60})。

MSC公司:

82C80码 时间相关统计力学的数值方法(MSC2010)
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用

参考文献:

[1] Ajori,S.、Ansari,R.和Haghhii,S.[2017]“具有联锁六边形图案(T6和T14)的三维金属碳纳米结构的振动特性:分子动力学研究”,Comp。马特。科学128,81-86。
[2] Allen,M.P.[2004]“计算软物质中的分子动力学模拟简介:从合成聚合物到蛋白质”,摘自《讲义》,编辑:Attig,N.,Binder,K.,Grubmüller,H.和Kremer,K.第23卷,NIC-Directors,Juelich,Germany,ISBN 3-00-012641-4,pp.1-28。
[3] Amadei,A.、Linssen,A.B.M.和Berendsen,H.J.C.【1993】“基本动力学蛋白质”,蛋白质17,412-425。
[4] Ansari,R.和Ajori,S.[2014]“氮化硼纳米管扭转振动特性的分子动力学研究”,Phys。莱特。a3782876-2880。
[5] Ansari,R.、Ajori,S.和Arash,B.[2012]“具有分层边界条件的单壁和双壁碳纳米管的振动:分子动力学研究”,Curr。申请。物理12,707-711。
[6] Ashcroft,N.W.和Mermin,N.D.[1976]固体物理学(桑德斯学院出版社,纽约)·Zbl 1118.82001号
[7] Bansil,R.、Berger,T.、Toukan,K.、Ricci,M.A.和Chen,S.H.[1986]“液态水OH伸缩振动光谱的分子动力学研究”,《化学》。物理学。第132、165-172页。
[8] Baroni,S.、de Gironcoli,S.,Dal Corso,A.和Giannozzi,P.[2001]“密度泛函微扰理论中的声子和相关晶体性质”,Rev.Mod。物理73,515-562。
[9] Born,M.和Huang,K.[1962]《晶格动力学理论》(克拉伦登出版社,牛津)·Zbl 0057.44601号
[10] Camiola,V.D.、Farchioni,R.、Pellegrini,V.和Tozzini,V[2015]“通过弯曲声子在石墨烯多层内的氢传输”,(2)D Mater2,014009。
[11] Cui,Q.和Bahar,I.[2006]正态模态分析、理论和应用(Chapman&Hall/CRC,纽约)。
[12] Daidone,I.和Amadei,A.[2012]“基本动力学:基础和应用”,WIREs Compute。分子科学2,762-770。
[13] Di Fenza,A.、Rocchia,W.和Tozzini,V.[2009]“HIV-1整合酶与HAT蛋白的复合物:关于变构抑制位点的多尺度模型、动力学和假设”,《蛋白质》76,946-958。
[14] Fabian,J.和Allen,P.B.[1996]《非晶硅振动态的非简谐衰减》,《物理学》。修订稿77,3839-3842。
[15] Farchioni,R.、Camiola,V.D.、Garberoglio,G.和Tozzini,V.[2018]“石墨烯弯曲声子的相干和非谐性:模拟研究”。
[16] Geim,A.和Novoselov,K.[2007]“石墨烯的兴起”,《国家材料》第6期,183-191页。
[17] Han,P.,Vilciauskas,L.和Bester,G.[2013]“硅团簇从头算分子动力学模拟中的Vibron-Vibron耦合”,新J.Phys.15,043039。
[18] Humphrey,W.、Dalke,A.和Schulten,K.[1996]“VMD-可视分子动力学”,J.Mol.Graph.14,33-38。
[19] Kaltzoglou,A.,Antoniadou,M.,Kontos,A.G.,Stoumpos,C.C.,Perganti,D.,Siranidi,E.,Raptis,V.,Trohidou,K.,Psycaris,V..,Kanatzidis,M.G.和Falaras,P.[2016]“Cs2SnX的光学振动特性(6(<mml:数学显示='inline``溢出='scroll``>\)《染料敏化太阳电池中的缺陷钙钛矿和孔传输效率》,J.Phys。化学。C120,11777-11785。
[20] Kohanoff,J.[1994],“短非热平衡分子动力学模拟的声子谱”,计算。马特。科学2,221-232。
[21] Koukaras,E.N.,Kalosakas,G.,Galiotis,C.和Papagelis,K.[2015]“从分子动力学模拟中获得的石墨烯的声子特性”,科学。代表5,12923。
[22] Lindsay,L.和Broido,D.A.[2010]“碳纳米管和石墨烯中晶格动力学和声子热传输的优化Tersoff和Brenner经验势参数”,Phys。版本B81205441。
[23] Lu,S.和McGaughey,A.J.H.[2017]“石墨烯/六角氮化硼异质结构的热导”,J.Appl。物理121、115103。
[24] Lv,W.和Henry,A.[2016]“使用Green-Kubo模态分析的非晶碳中的声子输运”,《新物理学杂志》108,181905。
[25] Sathyabnaryana,D.N.[2004]振动光谱、理论和应用(新时代国际(P)有限公司)。
[26] Tersoff,J.[1988]“共价体系结构和能量的新经验方法”,《物理学》。版本B379991。
[27] Thomas,M.、Brehm,M.、Fligg,R.、Vöhringer,P.和Kirchnerw,B.【2013】“从从头算分子动力学计算振动光谱”,Phys。化学。化学。物理15,6608-6622。
[28] Todorov,I.T.、Smith,W.、Trachenko,K.和Dove,M.T.[2006]“DL_POLY_3:通过大规模并行进行分子动力学模拟的新维度”,J.Mater。化学.161911-1918。
[29] Tozzini,V.、Bizzari,A.R.、Pellegrini,V、Nifos,R.、Giannozzi,P.、Iuliano,A.、Cannistraro,S.和Beltram,F.[2003]“绿色荧光蛋白的低频振动模式”,《化学》。物理287,33-42。
[30] Zakharchenko,K.V.、Katsnelson,M.I.和Fasolino,A.[2009]“石墨烯的有限温度晶格特性超出准谐波近似”,《物理学》。修订稿102046808。
[31] Zimmermann,M.T.、Kloczkowski,A.和Jernigan,R.L.[2011]“MAVENs:弹性网络和结构集合的运动分析和可视化”,BMC生物信息学12,264。
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。