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Swakkhar Shatabda；桑杰·萨哈；阿洛克·夏尔马；阿卜杜拉·德赞吉

iPHLoc-ES：利用进化和结构特征鉴定噬菌体蛋白位置。 （英语） Zbl 1394.92003号

J.西奥。生物。 435, 229-237 (2017).
摘要：噬菌体蛋白是能够显著影响细菌功能的病毒，可用于基于噬菌体的治疗。噬菌体在宿主细菌中的功能取决于其在宿主细胞中的位置。了解噬菌体蛋白在宿主细胞中的亚细胞位置对于了解其工作机制非常重要。本文提出了iPHLoc-ES，一种预测噬菌体蛋白亚细胞定位的方法。我们旨在解决两个问题：区分宿主定位和非宿主定位噬菌体蛋白，以及区分宿主定位蛋白在宿主细胞（膜或细胞质）中的位置。为此，我们提取噬菌体蛋白的进化和结构特征集，并使用支持向量机（SVM）作为分类器。我们还使用递归特征消除（RFE）来减少有效预测的特征数量。在使用标准评估标准的标准数据集上，我们的方法明显优于最先进的预测工具。iPHLoc-ES可作为独立工具使用，其来源如下：https://github.com/swakkhar/iPHLoc-ES网站/以及作为web应用程序来自：http://brl.uiu.ac.bd/iPHLoc-ES/.

引用于1文件

MSC公司：

92-08 生物问题的计算方法
第62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用；元分析

关键词：

蛋白质；位置；噬菌体；分类；特征选择

软件：

Phast公司；OOgenesis_Pred（OOgenesis红色）；爆炸；Gpos-PLoc公司；Unb-DPC公司；综合布线；pLoc-工厂；iPTM-mLys公司；POSSUM公司；PSI-爆炸；UniProt公司；pLoc-mEuk公司；github；PseKNC公司；iLoc-Gpos公司；pLoc-动物；病毒定位；VIRALpro公司；蜘蛛2；iPHLoc ES公司；物理预测；噬菌体标记；PHASTER公司；PHACTS公司；Gpos-mPLoc公司；Gneg-mPLoc公司；pLoc-m病毒；iLoc-Virus病毒
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\textit{S.Shatabda}等人，J.Theor。生物.435，229--237（2017；Zbl 1394.92003）
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