史密斯,大卫·J。 正则化stokeslet边界积分方程的最近邻离散化。 (英语) Zbl 1381.76052号 J.计算。物理学。 358, 88-102 (2018). 摘要:正则化斯托克斯勒方法由于概念简单、无网格,在生物流体力学中得到了广泛的应用。由于用于离散未知表面牵引力的自由度通常明显高于边界元方法所需的自由度,因此这种简单性在计算费用和精度方面都有一定程度的成本。我们描述了一种基于最近邻插值的无网格方法,该方法大大减少了离散未知牵引力所需的自由度,增加了实际可以解决的问题的范围,同时不会使建模者的任务过于复杂。最近邻技术针对浸没在非常粘性流体中的球体的刚体运动的经典问题进行了测试,然后应用于更复杂的生物物理问题,即计算由三个紧密间隔的非细长杆建模的大分子结构的旋转扩散时标。提出了一种通过数值求精找到所需力密度和求积点的启发式方法。提供了算法关键步骤的Matlab/GNU Octave代码,该代码主要使用基本的线性代数操作,并在github上提供了完整的实现。与标准Nyström离散化相比,通过重新定义力离散化相对于正交离散化,可以获得更准确、更有效的结果:观察到成本降低了10倍以上,精度提高了。这种改进只需要最小的额外技术复杂性。然后讨论了开发该算法的未来途径。 引用于7文件 MSC公司: 76D07型 斯托克斯和相关(Oseen等)流量 76M15型 边界元法在流体力学问题中的应用 76Z99型 生物流体力学 76-04 流体力学相关问题的软件、源代码等 关键词:斯托克斯流;正则stokeslet;边界积分;无网格 软件:github;倍频程;Matlab公司;BEMLIB公司 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{D.J.Smith},J.计算。物理学。358,88-102(2018;Zbl 1381.76052) 全文: DOI程序 arXiv公司 参考文献: [1] Taylor,G.I.,《微生物游动分析》,Proc。R.Soc.伦敦。A、 209447-461(1951)·Zbl 0043.40302号 [2] Hancock,G.J.,《微生物通过液体的自我脉动》,Proc。R.Soc.伦敦。B、 21796-121(1953)·Zbl 0050.19302号 [3] 格雷,J。;Hancock,G.J.,《海胆精子的推进》,《实验生物学杂志》。,32, 802-814 (1955) [4] Chwang,A.T。;Wu,T.Y.,关于微生物螺旋运动的注释,Proc。R.Soc.伦敦。B、 178、1052、327-346(1971) [5] Lauga,E。;Powers,T.R.,《游泳微生物的流体动力学》,《众议员议程》。物理。,72,第096601条pp.(2009) [6] Higdon,J.J.L.,鞭毛推进的流体动力学分析,J.流体力学。,90, 685-711 (1979) ·Zbl 0412.76097号 [7] 约翰逊,R.E。;Brokaw,C.J.,《Flagellar流体动力学:阻力理论和细长体理论之间的比较》,《生物物理学》。J.,25,113-127(1979) [8] Phan Thien,N。;Tran-Cong,T。;Ramia,M.,鞭毛推进的边界元分析,J.流体力学。,185, 533-549 (1987) [9] 拉米亚,M。;图洛克,D.L。;Phan Thien,N.,《流体动力相互作用在微生物运动中的作用》,《生物物理学》。J.,65,755-778(1993) [10] 功率,H。;Miranda,G.,斯托克斯流通过任意形状粒子的第二类积分方程公式,SIAM J.Appl。数学。,47, 4, 689-698 (1987) ·Zbl 0634.76029号 [11] Kliteberg,洛杉矶。;Tornberg,A.-K.,粘性流中固体颗粒的快速积分方程方法,使用展开求积,J.Compute。物理。,326, 420-445 (2016) ·Zbl 1373.76037号 [12] Zinchenko,A.Z。;Davis,R.H.,《许多可变形液滴流体动力相互作用的有效算法》,J.Compute。物理。,157, 2, 539-587 (2000) ·Zbl 0961.76055号 [13] Veerapaneni,S.K。;Gueyffer,D。;Zorin,D。;Biros,G.,《二维粘性流体中悬浮不可拉伸囊泡动力学模拟的边界积分方法》,J.Compute。物理。,228, 7, 2334-2353 (2009) ·Zbl 1275.76175号 [14] Veerapaneni,S.K。;Rahimian,A。;比罗斯,G。;Zorin,D.,《模拟三维囊泡流动的快速算法》,J.Compute。物理。,230, 14, 5610-5634 (2011) ·Zbl 1419.76475号 [15] Nazockdast,E。;Rahimian,A。;Zorin,D。;Shelley,M.,用于模拟应用于细胞力学的半柔性纤维悬浮液的快速平台,J.Compute。物理。,329173-209(2017)·Zbl 1406.92032号 [16] Pozrikidis,C.,BEMLIB软件库边界元方法实用指南(2002),CRC·Zbl 1019.65097号 [17] Cortez,R.,正则化Stokeslets方法,SIAM J.Sci。计算。,23, 4, 1204-1225 (2001) ·Zbl 1064.76080号 [18] 科尔特斯,R。;福奇,L。;Medovikov,A.,《三维正则Stokeslets方法:分析、验证和螺旋游泳应用》,Phys。流体,17,第031504条pp.(2005)·Zbl 1187.76105号 [19] 安利,J。;Durkin,S。;恩比德,R。;Boindala,P。;Cortez,R.,正则Stokeslet的图像方法,J.Compute。物理。,227, 4600-4616 (2008) ·Zbl 1388.76060号 [20] 科尔特斯,R。;Hoffmann,F.,《计算三维双周期正则Stokes流的快速数值方法》,J.Compute。物理。,258, 1-14 (2014) ·Zbl 1349.76596号 [21] 科尔特斯,R。;Varela,D.,平面墙附近正则Stokeslet和其他元素的通用图像系统,J.Compute。物理。,285, 41-54 (2015) ·Zbl 1351.76022号 [22] Smith,D.J.,应用于纤毛和鞭毛驱动流的边界元正则化Stokeslet方法,Proc。R.Soc.伦敦。A、 4653605-3626(2009)·Zbl 1195.76452号 [23] 史密斯·D·J。;史密斯,A.A。;Blake,J.R.,《数学胚胎学:结纤毛的流体力学》,J.Eng.Math。,70, 255-279 (2011) ·Zbl 1254.76186号 [24] 史密斯,A.A。;约翰逊,T.D。;史密斯·D·J。;Blake,J.R.,《斑马鱼胚胎中对称性破坏纤毛驱动的流动》,J.Fluid Mech。,705, 26-45 (2012) ·Zbl 1250.76198号 [25] 桑帕约,P。;费雷拉,R.R。;A.格雷罗。;平塔多,P。;塔瓦雷斯,B。;阿马罗,J。;史密斯,A.A。;蒙特内格罗·约翰逊,T。;史密斯·D·J。;Lopes,S.S.,《左右组织者流动动力学:纤毛活动的多少能可靠地产生侧向性?》?,Dev.Cell,29,6,716-728(2014) [26] Pozrikidis,C.,线性粘性流的边界积分和奇异性方法(1992),剑桥大学出版社·Zbl 0772.76005号 [27] 史密斯·D·J。;加夫尼,E.A。;布雷克·J·R。;Kirkman-Brown,J.C.,《人类精子在表面附近的聚集:模拟研究》,J.流体力学。,621, 289-320 (2009) ·Zbl 1171.76476号 [28] 科尔特斯,R。;Nicholas,M.,《斯托克斯流与正则力的细长体理论》,Commun。申请。数学。计算。科学。,7, 1, 33-62 (2012) ·Zbl 1452.76055号 [29] 蒙特内格罗·约翰逊,T.D。;Gadílha,H。;Smith,D.J.,精子通过微通道特征的散射:弹性流体动力学模型,开放科学。,第2、3条,第140475页(2015年) [30] Batchelor,G.K.,《流体动力学导论》(1967),剑桥大学·Zbl 0152.44402号 [31] Wegener,W.A.,允许平移-旋转耦合的不规则形状刚性大分子的扩散系数,生物聚合物,20303-326(1981) [32] Kim,S。;Karrila,S.J.,《微流体动力学:原理和选定应用》(2013),巴特沃斯·海尼曼:巴特沃斯·黑尼曼波士顿和伦敦 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配,可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。