塞尔吉奥·德切尔奇；何塞·科尔梅纳雷斯；卡塔拉诺，奇亚拉·伊娃；米歇拉·斯帕格诺洛；埃米尔·阿列克索夫；沃尔特·罗基亚 在算法和模型之间：基于泊松-玻尔兹曼的溶液中生物分子静电表征的不同分子表面定义。 （英语） Zbl 1373.92005年 Commun公司。计算。物理学。 13，第1期，61-89（2013）. 摘要：物理上合理且计算效率高的分子表面的定义是生物分子系统隐式溶剂连续建模以及分子图形领域中一个非常有趣且长期存在的问题。在这项工作中，评估了两个分子表面作为广泛使用的Connolly-Richards表面的替代品用于静电计算的适用性：滴状表面、隐式高斯原子中心表面和皮肤表面。作为优点，我们考虑了表面可微性和相对于原子位置的表面积连续性，以及与显式溶剂模拟的一致性。几何分析似乎使皮肤优先于滴状表面，并指出由溶质体积中的间隙引起的表面不连通性与表面积对原子中心的依赖性之间的意外关系。为了评估重现显式溶剂结果的能力，开发了特定的软件工具，以便在使用DelPhi解算器进行Poisson-Boltzmann计算时使用蒙皮曲面。结果表明，从最后一个角度来看，蒙皮和Connolly曲面具有可比较的性能。 引用于1文件 MSC公司： 92-08 生物学问题的计算方法 92C40型 生物化学、分子生物学 关键词：Connolly-Richards曲面；泊松-玻尔兹曼计算；静电计算 软件：MetaMol公司；SIMS系统；DelPhi Web服务器；沃罗++；ReMESH公司 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{S.Decherchi}等人，Commun。计算。物理学。13，第1号，61--89（2013；Zbl 1373.92005） 全文： 内政部 链接