杰里米·萨姆纳。;彼得·贾维斯。;安德鲁·弗朗西斯。 计算细菌进化距离的代表理论方法。 (英语) 兹比尔1377.92064 《物理学杂志》。A、 数学。西奥。 50,第33号,文章ID 335601,14页(2017). 小结:在细菌及其基因组重排下进化模型的背景下,我们探索了群体表征理论在进化历史推断中的新应用。我们的贡献是展示在一个非常一般的最大似然设置中,如何使用初等矩阵代数来回避棘手的组合计算,并将问题转化为一个符合标准数值逼近技术的特征值估计问题。 引用于7文件 MSC公司: 92D15型 与进化有关的问题 92D10型 遗传学和表观遗传学 关键词:系统发育学;群论;细菌;基因组重排;最大似然 软件:野兽;SageMath公司;PhyML(物理建模语言) PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{J.G.Sumner}等人,J.Phys。A、 数学。西奥。50,第33号,文章ID 335601,14 p.(2017;Zbl 1377.92064) 全文: 内政部 arXiv公司 参考文献: [1] Bader D、Moret B和Yan M 2001一种计算有符号排列之间倒置距离的线性时间算法及其实验研究J.计算。生物。8 483-91 ·doi:10.1089/106652701753216503 [2] Barry D和Hartigan J A 1987同源DNA序列之间的异步距离生物计量学43 261-76 ·Zbl 0622.92012号 ·doi:10.2307/2531811 [3] Bhatia S、Feijáo P和Francis A R 2016基因组重排中的位置和内容范式:基因组学中疯狂的排列世界(arXiv:1610.00077)·Zbl 1404.92126号 [4] Bryant D、Galtier N和Poursat M-A 2005分子系统发育学中的可能性计算进化和系统发育数学ed O Gascuel(牛津:牛津大学出版社)第33-62页·Zbl 1090.62120号 [5] Bryant D和Moulton V 2004邻居网:构建系统发育网络的聚合方法分子生物学。进化。21 255-65 ·doi:10.1093/molbev/msh018 [6] 伯纳姆K P和安德森D 2002模型选择与多模型推理(伦敦:施普林格)·Zbl 1005.62007号 [7] Ceccherini-Silberstein T、Scarabotti F和Tolli F 2008有限群上的调和分析:表示理论Gelfand对和Markov链第108卷(剑桥:剑桥大学出版社)·Zbl 1149.43001号 ·doi:10.1017/CBO9780511619823 [8] Clark C、Egri-Nagy A、Francis A R和Gebhardt V 2016 Cayley图中的细菌系统发育(arXiv:1601.04398) [9] Darling A E、Miklós I和Ragan M A 2008细菌种群基因组重排动力学公共科学图书馆-遗传学。4 e1000128·doi:10.1371/journal.pgen.1000128 [10] Sage Developers Sage数学软件(版本v7.0)2016http://sagemath.org [11] Drummond A J和Rambaut A 2007野兽:采样树的贝叶斯进化分析BMC演变。生物。7 214 ·doi:10.1186/1471-2148-7-214 [12] Egri-Nagy A、Gebhardt V、Tanaka M M和Francis A R 2014细菌基因组反转过程的理论模型数学杂志。生物。69 243-65·Zbl 1293.92015年 ·doi:10.1007/s00285-013-0702-6 [13] Eriksen N和Hultman A 2004估计固定次数反转后的预期反转距离高级申请。数学。32 439-53 ·Zbl 1051.92029号 ·doi:10.1016/S0196-8858(03)00054-X [14] Farris J S 1970计算瓦格纳树的方法系统。生物。19 83-92 ·doi:10.1093/sysbio/19.1.83 [15] Felsenstein J 1978简约或相容性方法会产生积极误导的案例系统。Zool(动物园)。27 401-10 ·doi:10.2307/2412923 [16] Felsenstein J 1981 DNA序列进化树:最大似然法《分子进化杂志》。17 368-76·doi:10.1007/BF01734359 [17] Felsenstein J 2004年推断系统发育(马萨诸塞州桑德兰:Sinauer Associates) [18] Fitch W M 1971致力于定义进化过程:特定树拓扑的最小变化系统。生物。20 406-16 ·doi:10.1093/sysbio/20.4406 [19] Francis A R 2014细菌基因组进化的代数观点数学杂志。生物。69 1693-718 ·Zbl 1302.92089号 ·doi:10.1007/s00285-013-0747-6 [20] Gascuel O(ed)2005年进化和系统发育数学(牛津:牛津大学出版社)·Zbl 1104.92332号 [21] Grindley N D F、Whiteson K L和Rice P A 2006位点特异性重组机制每年。生物化学评论。75 567-605 ·doi:10.1146/annurev.biochem.73.011303.073908 [22] Guindon S、Dufayard J-F、Lefort V、Anisimova M、Hordijk W和Gascuel O 2010估计最大似然系统发育的新算法和方法:评估PhyML 3.0的性能系统。生物。59 307-21 ·doi:10.1093/sysbio/syq010 [23] Hannenhalli S和Pevzner P A 1999将卷心菜转化为萝卜:用多项式算法对有符号排列进行反向排序美国临床医学杂志46 1-27 ·兹比尔1064.92510 ·数字对象标识代码:10.1145/300515.300516 [24] Huson D H和Bryant D 2005系统发育网络在进化研究中的应用分子生物学。进化。23 254-67 ·doi:10.1093/molbev/msj030 [25] Jukes T H和Cantor C R 1969哺乳动物蛋白质代谢章节蛋白质分子的进化(纽约:学术版)第21-132页 [26] Kimura M 1980通过核苷酸序列的比较研究估算碱基替换进化速率的简单方法《分子进化杂志》。17 111-20 ·doi:10.1007/BF01731581 [27] Klippel A、Kanaar R、Kahmann R和Cozzarelli N R 1993增强子非依赖性Gin重组酶突变体的链交换和DNA结合分析EMBO J。12 1047-57 ·doi:10.1002/j.1460-2075.1993。tb05746.x [28] Lockhart P J,Steel M A,Hendy M D和Penny D 1994在更现实的序列进化模型下恢复进化树分子生物学。进化。11 605-12 [29] Maslen D K、Orrison M E和Rockmore D N 2003使用Lanczos迭代计算同型投影SIAM J.矩阵分析。申请。25 784-803 ·Zbl 1069.65037号 ·doi:10.1137/S0895479801399778 [30] Penny D 2005分子钟相对论自然436 183-4 ·doi:10.1038/436183a [31] 萨根B E 2001对称群:表示、组合算法和对称函数(数学研究生课文)第二版(纽约:施普林格)·Zbl 0964.05070号 ·doi:10.1007/978-1-4757-6804-6 [32] Saitou N和Nei M 1987重建系统发育树的邻居连接方法分子生物学。进化。4 406-25 [33] Sankoff D和Blanchette M 1997比较基因组学中断点的中位数问题国际计算与组合数学会议。(纽约:Springer)第251-63页·Zbl 0889.92023号 ·doi:10.1007/BFb0045092 [34] 样本C和钢M 2003系统发育学(牛津:牛津大学出版社)·Zbl 1043.92026 [35] Serdoz S、Egri-Nagy A、Sumner J、Holland B G、Jarvis P D、Tanaka M M和Francis A R 2017成对重排距离的最大似然估计J.西奥。生物。423 31-40 ·Zbl 1370.92111号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2017.04.015 [36] Sneath P H A和Sokal R R 1973数字分类学:数字分类的原理与实践(加利福尼亚州旧金山:W H Freeman)·Zbl 0285.92001 [37] Sumner J G、Fernández-Sánchez J和Jarvis P D 2012 Lie Markov模型J.西奥。生物。298 16-31 ·Zbl 1397.92515号 ·doi:10.1016/j.jtbi.2011.12.017 [38] Trefethen L N和Bau D 1997数值线性代数(宾夕法尼亚州费城:工业与应用数学协会)·兹伯利0874.65013 ·doi:10.137/1.9780898719574 [39] Wang L-S、Warnow T、Moret B M E、Jansen R K和Raubeson L A 2006年远程基因组重排系统发育《分子进化杂志》。63 473-83 ·doi:10.1007/s00239-005-0216-y [40] 韦尔奇·R·A等2002年尿致病性大肠杆菌全基因组序列揭示的广泛镶嵌结构程序。美国国家科学院。科学。99 17020-4 ·doi:10.1073/pnas.252529799 [41] Yang W 2010拓扑异构酶和位点特异性重组酶:结构和机制的相似性批评。生物化学评论。分子生物学。45 520-34 ·doi:10.3109/10409238.2010.513375 [42] Yang Z和Rannala B 1997使用DNA序列进行贝叶斯系统发育推断:马尔可夫链蒙特卡罗方法分子生物学。进化。14 717-24 ·doi:10.1093/oxfordjournals.molbev.a025811 此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。它的项目与zbMATH标识符启发式匹配,并且可能包含数据转换错误。在某些情况下,zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献,而不要求完整或完全匹配。