×
曹继国;王良良;黄忠文;盖俊毅;吴荣玲

多重动态性状的功能映射。 （英语） Zbl 1373.62537号

《农业杂志》。生物环境。斯达。 22，第1号，60-75（2017）.
许多生物现象在时间和空间上经历发展变化。功能定位旨在定位影响发育模式的基因，有助于研究生物变化的遗传结构。通常，生物过程由发育和生理成分网络介导，因此，最好用多种表型来描述。在本文中，我们建立了一个多元功能定位模型，该模型可以检测和表征同时控制多个动态性状的数量性状位点（QTL）。由于QTL的真实基因型未知，因此使用混合分布对多个动态性状的测量进行建模。利用非参数回归方法估计了多个动态性状的函数均值，避免了函数均值的任何参数假设。我们提出了轮廓似然法来估计混合模型。利用似然比检验检验不同但发育相关性状是否存在多效性效应。通过仿真研究，验证了该方法的有限样本性能。我们还通过识别同时控制大豆三个动态性状的QTL来证明我们的方法。这三个动态性状是整个大豆的叶、茎和根的时间进程生物量。利用950个微卫星标记构建了遗传连锁图谱。新模型有助于我们理解复杂动态性状随时间变化的遗传控制机制。

引用于1文件

MSC公司：

62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用；元分析
62G08号 非参数回归和分位数回归

关键词：

\（B\）-花键;功能映射;多元模型;数量性状位点;大豆

软件：

fda（右）;Matlab公司;混合的
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit｛J.Cao｝等人，J.Agric。生物环境。Stat.22，No.1，60-75（2017；Zbl 1373.62537）
全文： DOI程序 arXiv公司

参考文献：

[1] Anholt，R.R.和T.F.C.Mackay（2004年）。果蝇复杂行为的定量遗传分析。《自然评论：遗传学》5838-849·doi:10.1038/nrg1472
[2] Cao，J.和J.Ramsay（2012年）。通过参数级联进行线性混合效应建模。《美国统计协会杂志》105，365-374·Zbl 1397.65093号 ·doi:10.1198/jasa.2009.tm09124
[3] Churchill，G.A.和R.W.Doerge（1994年）。数量性状映射的经验阈值。遗传学138（3），963-971。
[4] Das，K.和M.J.Daniels（2014）。一种双变量稀疏纵向数据同时协方差估计的半参数方法。生物统计学70（1），33-43·Zbl 1419.62334号 ·doi:10.1111/biom.12133
[5] Das，K.，J.Li，Z.Wang，C.Tong，G.Fu，Y.Li，M.Xu，K.Ahn，D.Mauger，R.Li和R.Wu（2011）。全基因组关联研究的动态模型。人类遗传学129（6），629-639·doi:10.1007/s00439-011-0960-6
[6] de Boor，C.（2001）。花键实用指南。纽约：施普林格·Zbl 0987.65015号
[7] Doebley，J.、A.Stec和L.Hubbard（1997年）。玉米顶端优势的进化。《自然》386，485-488·doi:10.1038/386485a0
[8] Frary，A.、T.C.Nesbitt、A.Frary、S.Grandillo、E.van der Knaap、B.Cong、J.P.Liu、J.Meller、R.Elber、K.B.Alpert和S.D.Tanksley（2000年）。fw2.2：番茄果实大小进化的数量性状位点关键。科学289，85-88·doi:10.1126/science.289.5476.85
[9] Gallavotti，A.、Q.Zhao、J.Kyozuka、R.B.Meeley、M.K.Ritter、J.F.Doebley、M.E.Pe和R.J.Schmidt（2004年）。不育秸秆1在玉米结构中的作用。《自然》432630-635·doi:10.1038/nature03148
[10] Ghosh，P.和T.Hanson（2010年）。多元纵向数据的半参数贝叶斯方法。澳大利亚和新西兰统计杂志52（3），275-288·Zbl 1373.62381号 ·doi:10.1111/j.1467-842X.2010.00581.x
[11] Haley，C.S.和S.A.Knott（1992年）。一种利用侧翼标记绘制线交数量性状位点的简单方法。遗传69，315-324·doi:10.1038/hdy.1992.131
[12] He、Q.L.、A.Berg、Y.Li、C.E.Vallejos和R.L.Wu（2010年）。植物结构、发育和进化的基因建模：功能映射符合植物本体论。遗传学趋势26，39-46·doi:10.1016/j.tig.2009.11.004
[13] Jansen，R.C.和P.Stam（1994年）。通过区间映射将数量性状高分辨率映射到多个位点。遗传学136，1447-1455。
[14] Kao，C.H.和Z.B.Zeng（2002）。利用Cockerham模型模拟数量性状位点的上位性。遗传学160，1243-1261。
[15] Knapp，S.J.（1991）。使用分子标记绘制多个数量性状位点：回交、重组自交和加倍单倍体后代的模型。西奥。申请。基因81，333-338·doi:10.1007/BF00228673
[16] Lander，E.S.和D.Botstein（1989年）。利用RFLP连锁图绘制数量性状的孟德尔因子。遗传学121185-199。
[17] Li、C.B.、A.L.Zhou和T.Sang（2006年）。《通过减少粉碎来驯化水稻》，《科学》3111936-1939年·doi:10.1126/science.1123604
[18] Li，R.、S.W.Tsaih、K.Shockley、I.M.Stylianou、J.Wergedahl、B.Paigen和G.A.Churchill（2006年）。多重数量性状的结构模型分析。公共科学图书馆遗传学2（7），e114·doi:10.1371/journal.pgen.0020114
[19] Li，Y.和R.L.Wu（2010）。生长和发展的功能图。《生物评论》85，207-216·文件编号：10.1111/j.1469-185X.2009.00096.x
[20] Lin，X.和R.Carroll（2006）。一般重复测度问题中的半参数估计。英国皇家统计学会杂志，B68系列，69-88·Zbl 1141.62026号 ·文件编号：10.1111/j.1467-9868.2005033.x
[21] Ma，C.X.，G.Casella和R.L.Wu（2002年）。《性状过程中数量性状位点的功能定位：理论框架》，《遗传学》1611751-1762。
[22] MATLAB（2015）。版本8.6（R2015b）。马萨诸塞州纳蒂克：The MathWorks Inc。
[23] Paterson，A.H.、E.S.LANDER、J.D.Hewitt、S.PETERSON、S.E.LINCOLN和S.D.Tanksley（1988年）。通过使用限制性片段多态性的完整连锁图将数量性状解析为孟德尔因子。《自然》335721-726。
[24] Ramsay，J.O.和B.W.Silverman（2005）。功能数据分析（第二版）。纽约：施普林格·Zbl 1079.62006号
[25] Sen，S.和G.A.Churchill（2001年）。数量性状映射的统计框架。遗传学159371-387。
[26] Sithole，J.S.和P.W.Jones（2007年）。双变量纵向模型，用于同时检测两种药物的处方变化及相关误差。应用统计杂志34（3），339-352·Zbl 1156.62368号 ·网址：10.1080/02664760601005020
[27] Thiébaut，R.、H.Jackmin-Gadda、G.Chéne、C.Leport和D.Commages（2002年）。使用sas-proc混合的二元线性混合模型。生物医学中的计算机方法和程序69（3），249-256·doi:10.1016/S0169-2607（02）00017-2
[28] Trefethen，L.N.和D.Bau（1997年）。数字线性范围。费城：工业和应用数学学会（SIAM）·Zbl 0874.65013号 ·doi:10.137/1.9780898719574
[29] Wang，H.、T.Nussbaum-Wagler、B.L.Li、Q.Zhao、Y.Vigoroux、L.L.M.Faller、K.Bomblies和J.F.Doebley（2005）。玉米裸粒的起源。《自然》436，714-719·doi:10.1038/nature03863
[30] Weiss，L.A.、M.Abney、E.H.Cook和C.Ober（2005年）。全血血清素水平的性别特异性遗传结构。美国人类遗传学杂志76，33-41·doi:10.1086/426697
[31] Weiss，L.A.、L.Pan、M.Abney和C.Ober（2006年）。人类数量性状的性别特异性遗传结构。《自然遗传学》38，218-222·doi:10.1038/ng1726
[32] 韦勒，J.I.（1986）。借助遗传标记绘制和分析数量性状位点的最大似然技术。生物统计学42，627-640·doi:10.2307/2531212
[33] Wu，R.L.、J.Cao、Z.W.Huang、Z.Wang、J.Y.Gai和C.E.Vallejos（2011年）。系统映射：如何通过生物系统的设计原则改进复杂性状的遗传映射。BMC系统生物学5（84），1-11。
[34] Wu，R.L.和M.Lin（2006）。功能图谱-如何绘制和研究动态复杂性状的遗传结构。《自然评论遗传学》7，229-237·doi:10.1038/nrg1804文件
[35] Wu，R.L.、C.-X.Ma和G.Casella（2007年）。数量性状的统计遗传学：连锁、图谱和QTL。纽约：Springer-Verlag·Zbl 1126.92036号
[36] Yang，J.、R.Wu和G.Casella（2009年）。数量性状基因座的非参数函数映射。生物统计学65，30-39·Zbl 1159.62086号 ·doi:10.1111/j.1541-0420.2008.01063.x
[37] Yang，R.Q.和S.Z.Xu（2007）。动态性状数量性状位点的贝叶斯收缩分析。遗传学1761169-1185·doi:10.1534/genetics.106.064279
[38] 曾振斌（1994）。数量性状基因座的精确定位。遗传学1361457-1468。
[39] Zhao，W.、W.Hou、R.C.Littell和R.L.Wu（2005）。多元纵向数量性状功能映射的结构化前相关模型。分子遗传学和生物学中的统计方法4（1）·Zbl 1159.62086号
此参考列表基于出版商或数字数学图书馆提供的信息。其项与zbMATH标识符进行启发式匹配，可能包含数据转换错误。在某些情况下，zbMATH Open的数据对这些数据进行了补充/增强。这试图尽可能准确地反映原始论文中列出的参考文献，而不要求完整或完全匹配。