伊丽莎白·德雷利奇;安德鲁·盖恩·杜瓦（Andrew Gainer-Dewar）;海瑟·A·哈灵顿。;何启军;克莉丝汀·海奇;斯维特拉纳·波兹纳诺维奇 几何组合学和计算分子生物学：RNA序列的分支多面体。 （英语） 兹比尔1360.92080 Harrington，Heather A.（编辑）等人，《离散数学中的代数和几何方法》。2015年1月11日，美国德克萨斯州圣安东尼奥市，AMS应用离散数学中代数和几何方法特别会议。诉讼程序。普罗维登斯，RI：美国数学学会（AMS）（ISBN 978-1-4704-2321-6/pbk；978-1-474-3743-5/电子书）。《当代数学》685137-153（2017）。 摘要：计算分子生物学中的问题产生了各种离散优化问题，如DNA序列比对和RNA二级结构预测。然而，最优解从根本上取决于目标函数中使用的参数。参数分析的目的是阐明这种依赖性，特别是因为它们与最优解的准确性和稳健性有关。几何组合学的技术，包括多面体及其正常扇形体，以前曾被用于对DNA序列比对和RNA分支结构的简单模型进行参数分析。在这里，我们提出了一个新的计算框架和基本结果的证明，它首次对用于实际RNA序列二级结构预测的最近邻热力学模型的分支部分进行了完整的参数分析。关于整个系列，请参见[Zbl 1362.00040号]. 引用于2文件 MSC公司： 92D20型 蛋白质序列，DNA序列 关键词：参数分析;次级结构;多面体 软件：伊斯梅夫;肌肉;MEGA公司;生物技术研究所 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \文本{E.Drellich}等人，Contemp。数学。685137-153（2017年；Zbl 1360.92080） 全文： DOI程序 arXiv公司