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凯瑟琳·汤普森。；凯瑟琳·林宁（Catherine R.Linnen）。；劳拉·库巴特科

存在外部协变量时基于树的数量性状映射。 （英语） Zbl 1360.92015年

统计应用程序。遗传学。分子生物学。 15，第6号，473-490（2016）.
摘要：生物和生物医学科学的一个中心目标是确定形态和行为特征变异的分子基础。在过去的十年中，测序技术的改进以及关联映射方法的积极发展使得将单核苷酸多态性（SNP）与数量性状联系起来成为可能。然而，现有方法的一个主要局限性是，它们通常无法考虑复杂但生物真实的场景。先前的工作表明，通过使用每个SNP内的进化历史来估计随机样本个体之间的协方差结构，可以提高关联映射方法的性能。在这里，我们提出了一种方法，该方法可以用于分析各种数据类型，例如包括外部协变量的数据，同时考虑SNP之间的进化历史，从而提供了比现有方法更好的优势。现有的方法要么以计算成本为代价，要么无法完全建模这些关系。通过考虑SNP之间的宽尺度关系，该方法在计算上是可行的，并且受SNP之间进化历史的影响。我们表明，在分析复杂数据集时加入近似协方差结构可以提高数量性状映射的性能，并将该方法应用于鹿-小鼠数据。

MSC公司：

92B15号机组 普通生物统计学
第62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用；元分析
2015年1月62日 贝叶斯推断

关键词：

合并理论；全基因组关联研究；系统发育协方差；数量性状作图；单核苷酸多态性

软件：

pi-MASS公司；树LD；HTreeQA公司；单倍统计；树QA；国家；PLINK公司；SNPassoc公司；加迈尔；SNP统计
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\textit{K.L.Thompson}等人，《统计应用》。遗传学。分子生物学。15，第6号，473--490（2016；Zbl 1360.92015）
全文： 内政部

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