克劳迪娅·达安布罗西奥;武、基;卡莱尔·拉沃尔;利贝蒂，利奥;纳尔逊·马库兰 从距离数据实现蛋白质图的新的误差度量和方法。 （英语） Zbl 1358.05085号 离散计算。地理。 57，第2号，371-418（2017）. 摘要：区间距离几何问题在于在简单无向图（G=（V，E）\）的\（\mathbb｛R｝^K\）中找到一个实现，该图的非负区间分配给边，使得对于每条边，相邻顶点的实现之间的欧几里得距离在边区间边界内。在本文中，我们主要研究蛋白质在空间构象中的应用，这是确定蛋白质功能的一个基本步骤：给定一些原子间距离的区间估计，找到它们的形状。在完成这项任务的不同方法系列中，我们研究了基于数学规划的方法，这些方法非常适合处理区间。我们想回答的基本问题是：对于这个问题，什么是最好的这种方法？评估溶液质量最有意义的误差度量是坐标均方根偏差。我们首先介绍了一种新的误差测量方法，它解决了蛋白质主干的一个特殊特征，即许多部分反射也会产生可接受的主干。然后，我们给出了这个问题的一组新的和现有的二次和半定规划公式，以及一组用于求解这些公式的新的和已有的方法。最后，我们根据新的和现有的误差度量对所有可行解算器（+）公式组合进行了计算评估，发现最佳方法是基于乘法权重更新的新启发式方法。 引用于14文件 MSC公司： 05C12号 图形中的距离 05年10月 平面图；图论的几何和拓扑方面 05C90年 图论的应用 92D20型 蛋白质序列，DNA序列 90C20个 二次规划 90C22型 半定规划 关键词：距离几何图形;蛋白质构象;数学规划 软件：相位提升;Matlab公司;COIN或;AMPL公司;SNLSDP公司;YALMIP公司;莫塞克;伊波特 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{C.D'Ambrosio}等人，《离散计算》。地理。57，第2号，371--418（2017；Zbl 1358.05085） 全文： 内政部 arXiv公司 哈尔 参考文献： [1] Alfakih，A.，Khandani，A.，Wolkowicz，H.：通过半定规划解决欧几里德距离矩阵完成问题。计算。最佳方案。申请。12, 13-30 (1999) ·Zbl 1040.90537号 ·doi:10.1023/A:1008655427845 [2] 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