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图层，标记;约翰·A·罗兹。

系统发生树和欧几里德嵌入。 （英语） Zbl 1357.92058号

数学杂志。生物。 74，编号1-2，99-111（2017）.
摘要：最近观察到D.M.de Vienne博士等[“系统发育距离矩阵的欧几里德性质”，《系统生物学》60，第6期，826–832（2011；doi:10.1093/sysbio/syr066)]进化树上分类群之间距离的简单平方根变换允许将分类群嵌入欧几里德空间。虽然这样做的理由是基于沿着树的连续角色进化的扩散模型，但这里我们对其给出了一个直接和初步的解释，提供了大量额外的见解。我们使用这种嵌入来重新解释NJ和BIONJ树构建算法之间的差异，并举例说明这种嵌入如何反映数据中的树结构。

引用于1审查
引用于3文件

MSC公司：

92D15型 与进化有关的问题
92B10型 数学生物学中的分类学、分支学、统计学
51K99美元 距离几何图形
05C90年 图论的应用

关键词：

系统发育树;距离法;多维缩放;邻居加入

软件：

iGLASS系统;Phylo-MCOA公司;生物技术研究所
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{M.Layer}和\textit{J.A.Rhodes}，J.数学。生物学74，编号1--2，99-111（2017；Zbl 1357.92058）
全文： 内政部 arXiv公司

参考文献：

[1] Allman ES，Degnan JH，Rhodes JA（2013）通过STAR方法进行物种树推断及其推广。计算机生物学杂志20（1）：50-61。doi:10.1089/cmb.2012.0101 ISSN 1066-5277·doi:10.1089/cmb.2012.0101
[2] Bruno WJ，Socci ND，Halpern AL（2000）加权邻域连接：基于距离的系统发育重建的相似方法。分子生物学进化17（1）：189-197·doi:10.1093/oxfordjournals.molbev.a202231
[3] Critchley F，Fichet B（1994）有限集上包含不同主类的偏序，以及它们的一些基本性质。In：分类和差异分析。收录于：统计学课堂讲稿，第93卷。纽约州施普林格，第5-65页·Zbl 0847.62048号
[4] de Vienne DM，Aguileta G，Ollier S（2011）系统发育距离矩阵的欧几里德性质。系统生物学60（6）：826-832·doi:10.1093/sysbio/syr066
[5] de Vienne DM、Ollier S、Aguileta G（2012）《Phylo-MCOA：使用多重共惯性分析在系统发育学中检测异常基因和物种的快速有效方法》。分子生物学进化29（6）：1587-1598·doi:10.1093/molbev/msr317
[6] Felsenstein J（1985）系统发育和比较方法。美国国家125:1-15·doi:10.1086/284325
[7] Gascuel O（1994）关于Sattath和Tversky、Saitou和Nei以及Studier和Keppler从进化距离推断系统发育的算法的注释。分子生物学进化11（6）：961-963
[8] Gascuel O（1997）BIONJ：基于简单序列数据模型的NJ算法的改进版本。分子生物学进化14（7）：685-695·doi:10.1093/oxfordjournals.molbev.a025808
[9] Jewett EM，Rosenberg NA（2012）《iGLASS:从基因树估算物种树的GLASS方法的改进》。计算机生物学杂志19:293-315·doi:10.1089/cmb.2011.0231
[10] M层（2014）系统发生树和欧几里德嵌入。阿拉斯加大学费尔班克斯分校硕士论文·Zbl 1357.92058号
[11] Liu L，Yu L（2011）从无根基因树估算物种树。系统生物学60:661-667·doi:10.1093/sysbio/syr027
[12] Liu L，Yu L，Pearl DK，Edwards SV（2009）使用序列之间的合并时间估计物种系统发育。系统生物学58:468-477·doi:10.1093/sysbio/syp031
[13] Liu L，Yu L，Pearl DK（2010）最大树：种树的一致估计。数学生物学杂志60:95106·Zbl 1311.92138号 ·doi:10.1007/s00285-009-0260-0
[14] Mossel E，Roch S（2010）不完全谱系分类：从多个位点进行一致的系统发育评估。IEEE/ACM Trans-Comput生物信息7:166-171·doi:10.1109/TCBB.2008.66
[15] Saitou N，Nei M（1987）邻居连接方法：一种重建系统发育树的新方法。分子生物学进化4:406-425
[16] Studier J，Keppler K（1988）关于Saitou和Nei邻域连接算法的注记。分子生物学进化5:729-731
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