乔纳森·基思（Jonathan M.Keith）。（编辑） 生物信息学。第一卷数据、序列分析和进化。第二版。 （英语） 兹比尔1378.92002 分子生物学方法1525.纽约州纽约市：Humana出版社/Springer（ISBN 978-1-4939-6620-2/hbk；978-1-493 9-6622-6/电子书）。x、 第491页。(2017). 生物信息学第一卷描述了数据、序列分析和进化，分为三个部分，即数据和数据库（第1部分）、序列分析（第2部分）和系统发育和进化（第3部分）。第1部分由七章组成，侧重于从几个包含精选信息的公共可用数据库中进行描述和信息检索；它还包含一些章节，指导读者从表达数据中创建或管理注释。在第一章中，作者回顾了三代测序：合成测序（Sanger测序，第一代）和切割测序（Maxam-Gilbert测序）、第二代测序（包括454个焦测序、Illumina测序和SOLiD测序）和第三代测速（包括离子洪流、太平洋生物和纳米孔）。作者讨论了整个基因组测序任务的一般步骤以及选择测序策略的选择和选项。本章最后概述了测序的应用，从比较基因组学到药物开发和微生物种群分析。在第二章中，详细介绍了一种特殊的方法PCAPSolexa，该方法用于将短读集合为长连续。它基于散列方法来确定读取之间的重叠，允许不匹配，以及基于图形的方法来确定形成contigs的唯一路径。在第三章中，作者回顾了使用结晶学测定蛋白质结构所需的步骤，并提供了有关X射线衍射、X射线探测器的使用以及数据测量和处理的基本细节；还包括一个实际操作的例子。在第四章中，作者介绍了INSDC（国际核苷酸序列数据库，由DDJB、ENA和GenBank组成）的结构，并通过示例显示了不同的使用角度。基因组、转录组或表达数据的检索以及一致条目的提交和维护均以示例形式呈现。在第五章中，作者提出了使用公开信息检索和注释基因组的方法，并通过展示如何使用进化保守性和变异或表达数据注释基因组来补充一些不太常用的生物体公共资源的稀缺性。在第六章中，作者描述了本体论的理论背景，并以基因本体论和生物路径交换本体论为例说明了它们的应用。还提供了计算富集度和可视化生成路径的方法。在第七章中，作者回顾了常用于蛋白质分类的方法（考虑到潜在的进化保守性和差异性，使用结构域作为区分特征），如自动域序列聚类、全链聚类和基于模式和剖面的多序列比对。还介绍了PROSITE、Pfam和SMART等领域数据库。本书的第二部分是序列分析，从第八章开始，作者介绍了多重序列比对的理论方面（包括基于动态规划和渐进比对协议的方法）及其在推断生物体之间进化联系中的作用。还研究了输入数据的副作用（或输入序列的预选、转录长度不相等或存在亚家族）。还讨论了常见工具的示例，如PRALINE、MUSCLE、T-coffee、MAFFT、ProbCons、Kalign、MSAPprobs和Clustal Omega。第九章是前一章讨论的继续；作者扩展了相似矩阵（如PAM和BLOSSUM）的特征描述，并在LAGAN、MumMER、BLASTZ和AVID等工具上提供了进一步的示例。第十章的作者描述了更多的基因组信息来源，包括Ensembl数据库、Vega、NCBI的地图查看器和UCSC基因组浏览器，并回顾了基于序列的搜索、基于基序的搜索和基于矩阵的搜索。还介绍了以RNA标识符为索引的数据库，如microRNA和piwiRNA数据集。在第十一章中，作者回顾了用于注释基因的常用计算工具，包括概率工具（例如，基于隐马尔可夫模型（HMM））或监督或非监督方法，包括支持向量机或自组织映射。还讨论了基因预测注释管道的后处理组件。本部分的最后一章重点介绍了使用changeptGUI识别和表征转录本的分割结构，changeptGUI是一种基于贝叶斯分割和分类模型的工具，随后是蒙特卡罗-马尔可夫链（MCMC）模拟。为了说明这些步骤和结果的解释，作者给出了一个经过计算的示例，并进行了详细说明。第三部分是系统发育学，从第十三章自然选择开始。在本章中，作者描述了在编码序列中观察到的自然选择的典型特征，并基于示例（在R中）将其纳入CODEML模型（PAML包的一部分）。在第十四章中，作者温和地介绍了推断系统发育树，从对序列数据的假设开始，调整树的评分，并使用最大似然方法推断时间依赖关系；还描述了优化结果树的方法。在第十五章中，在前一章的基础上，作者讨论了理解现有算法的固有缺陷和假设的重要性，以尝试确定进化的最佳模型。其中，详细讨论了树的平稳性、可逆性和同质性。在第十六章中，作者讨论了基于系统发育树比较的横向基因转移（LGT）事件检测方法。将此任务的主要步骤与常用工具（如BLAST、MUCLE、MAFFT、CLNN和其他工具）进行并排比较。在第十七章中，作者讨论了进化的另一个来源，基因重组，以及使用RDP4工具在系统发育树上的签名。通过实例回顾了理论方面、输入和结果解释。本部分最后介绍了使用guenomu工具使用贝叶斯方法进行树协调的方法。通过实例评估了这种方法的必要性，以及各种参数的影响。这本书组织有序，是生物信息学研究（序列分析、数据库和系统发育树推断）的一个良好而可靠的起点。众多的例子和对常用工具的详细解释为后续更深入的研究奠定了基础。这本章节集适合广泛的受众，从本科生到已有的研究，以及从数学和计算机科学到生物学和医学的各种背景。审核人：Irina Ioana Mohorianu（诺维奇） 引用于1审查 MSC公司： 92-02 与生物学有关的研究博览会（专著、调查文章） 92-08 生物学问题的计算方法 92C40型 生物化学、分子生物学 92D15型 与进化有关的问题 92D10型 遗传学和表观遗传学 00年1月15日 杂项特定利益物品的收集 关键词：基因组数据库;基因组测序;装配;蛋白质结晶学;基因组注释;本体;蛋白质结构域;多序列比对;大规模序列比较;数据库搜索;序列分割;自然选择;系统发育树推断;进化的最优模型;横向基因转移;遗传重组;物种树估计 软件：生物爪哇;PAML公司;猿;法国皇家医学会;香皂;巴利巴斯;光谱仪;贝叶斯先生;GOSim公司;SeqVis系列;RAP搜索2;细胞景观;模型测试;R（右）;生物技术研究所;生物蟒蛇;MAFFT公司;基因标记S;植物醇;ZCURVE公司;菲尼克斯;ALLPATHS公司;第二阶段;线索GO;DIALIGN公司;PhyloBayes 3;普拉林;InterProScan公司;分区查找器;克里蒂卡;制造商;TICO公司;IQ树;合奏休息;EasyGene公司;CCP4型;库特;摩尔代表;AWTY（空载）;GFF-Ex公司;拉米戈;异质;康塞德;STRait剃须刀;SPAdes系列;AMoRe公司;美国财务会计准则第3号;生物门户;图案猎人;集群;小牛肠碱性磷酸酶;对比度;mGene公司;防护测试3;MulRF公司;狂热的;SAB标记;康拉德;BED工具;国际GTP;埃弗里斯特;OrthoDB公司;jModel测试;Jalview公司;OXBench公司;壁画;CodonPhyML（密码物理ML）;BRIG公司;TOPAL公司;YASS公司;生物城;CGView（CGView）;Dotlet公司;J水獭;PCAP公司;REGANOR公司;片段基因扫描;DensiTree公司;YACOP公司;黑豹;FIMO公司;CATH公司;菲利普;TRANSFAC公司;HAMAP公司;后勤分配;PIRSF公司;FunTree（趣味树）;通用3D;M-咖啡;SEAVIEW公司;PHYLO_WIN公司;影院;Cgaln公司;匹配;ExaBayes公司;MEME-LaB公司;piRNABank公司;CLANN公司;HIVE-六边形;GENCODE（通用代码）;束带;BLASTZ公司;IGV公司;AceView（AceView）;全球导航数据库;UCSC基因组浏览器;piRNA探索;modENCODE（模式编码）;生物++;黄金;生物钟;RAxML公司;MOCAT公司;拆分树;ClustalW公司;生物之星;肌肉;卡林;拉根;kClust公司;T-咖啡;BMGE公司;天鹅绒;马格西;浪子;INDELible（索引）;PhyloBayes MPI;rBiopaxParser公司;示踪剂;JBROWSE公司;H块;Samtools公司;比尤蒂;lncRNA数据库;树皮;UniProt公司;HMMER公司;FlyBase飞基;布拉特;模块主控器;Stampy公司;下一个GenMap;Savant基因组浏览器;M-GCAT公司;Cd命中;piR基础;GOstat公司;pIQPNNI公司;VCF工具;消音器 PDF格式BibTeX公司 XML格式引用 \textit{J.M.Keith}（编辑），生物信息学。第一卷数据、序列分析和进化。第二版。纽约州纽约市：Humana Press/Springer（2017；Zbl 1378.92002） 全文： 内政部