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iBATCGH:转录组和CGH数据的综合贝叶斯分析。 (英语) Zbl 1357.62010年

Frigessi,Arnoldo(编辑)等人,《高维数据的统计分析》。2014年阿贝尔研讨会。根据2014年5月5日至5月9日在挪威卡贝瓦格举行的第十一届阿贝尔研讨会上的陈述,选出论文。查姆:施普林格(ISBN 978-3-319-27097-5/hbk;978-3-3169-27099-9/电子书)。阿贝尔研讨会11,105-123(2016)。
摘要:我们描述了一种集成不同来源的高通量数据的方法。更具体地说,iBATCGH是一个基于层次贝叶斯模型的转录组和基因组数据综合分析软件包。通过测量误差模型的规范,我们将基因表达水平与潜在拷贝数状态相关联,而潜在拷贝数又与通过隐马尔可夫模型观察到的替代CGH测量相关联。相关关联的选择是使用变量选择先验函数来执行的,该先验函数明确合并了相邻拷贝数状态之间的依赖信息。后验推理是通过马尔可夫链蒙特卡罗技术进行的,该技术有效地探索了所有可能关联的空间。在本章中,我们回顾了模型并介绍了iBATCGH中提供的功能,iBATCGH是一个基于推理算法的C实现的R包。最后,我们通过卵巢癌的案例研究来说明该方法。
关于整个系列,请参见[Zbl 1341.62038号].

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62-04 统计相关问题的软件、源代码等
62C10个 贝叶斯问题;贝叶斯过程的特征
第62页第10页 统计学在生物学和医学中的应用;元分析
2015年1月62日 贝叶斯推断
65二氧化碳 蒙特卡罗方法
60J05型 一般状态空间上的离散马尔可夫过程
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全文: 内政部