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JoséI·Aliaga。；佩德罗·阿隆索；JoséM·巴迪亚。；巴勃罗·查科恩；达沃尔·达维多维奇；洛佩斯·布兰科，何塞·R·。；恩里克·金塔纳·奥尔蒂。

多核结构和图形处理器上用于高分子功能运动模拟的快速带Krylov特征解算器。 （英语） Zbl 1352.65200号

J.计算。物理学。 309, 314-323 (2016).
摘要：我们介绍了一种新的迭代Krylov子空间特征解算器，用于在配备多核处理器和图形加速器（GPU）的桌面多线程平台上模拟大分子运动。该方法包括两个阶段，通过高性能的计算密集型过程，最初的问题首先简化为更简单的带结构形式。接下来是一个内存密集型但成本低的Krylov迭代，该迭代卸载后通过高效的数据并行内核在GPU上计算。实验结果显示了新特征解算器的性能。具体地说，当应用于具有数千个自由度的大分子的模拟，并且要计算的特征对的数量从小到中等时，新的求解器优于作为多线程体系结构的高性能数值线性代数包的一部分实现的其他方法。

引用于1文件

MSC公司：

65升15 常微分方程特征值问题的数值解法
2015财年65 矩阵特征值和特征向量的数值计算
2005年5月 并行数值计算
65日元10 特定类别建筑的数值算法

关键词：

计算生物学；高分子机械；特征值问题；Krylov子空间方法；多核处理器；图形处理器

软件：

ELPA公司；iMod（iMod）；SBR工具箱；血浆；LAPACK公司
PDF格式BibTeX公司 XML格式引用
\textit{J.I.Aliaga}等人，J.Compute。物理学。309、314--323（2016；Zbl 1352.65200）
全文： 内政部

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